vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-06-15T11:15:57+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5038Bookmark clonotypes2022-06-15T11:15:57+02:00Mathieu GiraudBookmark clonotypesIdée de @duez sur #1547:
> Même hue (rouge/chaud), mécanisme standard, on clique et il affecte le premier de disponible. En allant dans le menu, on peut avoir plus de choix, sémantique.
Vu ce qui a été fait dans !1199, on va déjà voir ...Idée de @duez sur #1547:
> Même hue (rouge/chaud), mécanisme standard, on clique et il affecte le premier de disponible. En allant dans le menu, on peut avoir plus de choix, sémantique.
Vu ce qui a été fait dans !1199, on va déjà voir à l'usage comment réagissent les usagers, et on se repose la question dans quelques mois voir si un autre mécansime est nécessaire.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5028À score égal, favoriser les allèles les plus communs2022-05-19T09:40:47+02:00Mathieu GiraudÀ score égal, favoriser les allèles les plus communsEt... est-ce que les *01 sont plus communs que les *02 ou *03 ?
(On pourrait dire "on favorise les mutations à un tel endroit", mais cela signifierait juste de changer le score.)
Cas très particulier: quand les séquences sont identiqu...Et... est-ce que les *01 sont plus communs que les *02 ou *03 ?
(On pourrait dire "on favorise les mutations à un tel endroit", mais cela signifierait juste de changer le score.)
Cas très particulier: quand les séquences sont identiques: #4640.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5026Comment savoir qu'un sample/set est déjà analysé par un humain ?2022-05-20T16:31:12+02:00Thonier FlorianComment savoir qu'un sample/set est déjà analysé par un humain ?Des utilisatrices du workshop me demandaient comment tagger qu'un sample était déjà fait. Idem pour un sample.
Je n'ai pas trouvé de réponse. Il faudrait un champ, une checkbox pour dire que celui-ci est fait.
Demande une réflexion.Des utilisatrices du workshop me demandaient comment tagger qu'un sample était déjà fait. Idem pour un sample.
Je n'ai pas trouvé de réponse. Il faudrait un champ, une checkbox pour dire que celui-ci est fait.
Demande une réflexion.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5019Afficher un échantillon sans l'impact des autres échantillons2023-06-30T11:13:41+02:00Mikaël SalsonAfficher un échantillon sans l'impact des autres échantillonsSuite de #2442.
Demande lors du VW. Certes on a un moyen de faire un "compare sample" sur chaque échantillon, mais ce n'est pas le plus pratique. Les utilisatrices aimeraient voir la même chose en visualisant leur run.
Aurait-on moyen ...Suite de #2442.
Demande lors du VW. Certes on a un moyen de faire un "compare sample" sur chaque échantillon, mais ce n'est pas le plus pratique. Les utilisatrices aimeraient voir la même chose en visualisant leur run.
Aurait-on moyen de restreindre la vue au top X de l'échantillon courant, sans avoir les autres clonotypes, donc ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4994Gestion flexible des tags2022-04-15T12:00:05+02:00Mathieu GiraudGestion flexible des tagsDonnera-t-on un jour la possibilités aux usagèr·es de créer de nouveaux tags ?Donnera-t-on un jour la possibilités aux usagèr·es de créer de nouveaux tags ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4991Algo: ne reconnaître des clones que à partir d'une longueur minimale2022-04-08T19:21:16+02:00Mathieu GiraudAlgo: ne reconnaître des clones que à partir d'une longueur minimale
Dans le cadre de #2820/!364, mais aussi d'autres, on peut vouloir limiter la taille des
> On pourrait plutôt faire le filtre au niveau du clone : on ne le considère que si son average read length est suffisant. Comme cela, la détectio...
Dans le cadre de #2820/!364, mais aussi d'autres, on peut vouloir limiter la taille des
> On pourrait plutôt faire le filtre au niveau du clone : on ne le considère que si son average read length est suffisant. Comme cela, la détection continue à bien se faire, mais cela ne fait pas partie des clones sortis
C'est une possibilité, mais on peut même le faire... juste en sortie du KmerSegmenter, ne pas le stocker dans les ReadStorage, ce qui peut alléger encore, surtout dans des cas extrêmes où on voudrait utiliser cette option parce qu'il y aurait
(Bref cela ferait comme quand on a une longueur inférieure à `--window`.)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4965Maintenance régulière autodelete=True ?2022-03-18T11:19:57+01:00Mathieu GiraudMaintenance régulière autodelete=True ?Suggestion de @duez.
Avant de le faire, a-t-on une idée du nombre de fichiers concernés ?Suggestion de @duez.
Avant de le faire, a-t-on une idée du nombre de fichiers concernés ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4934Fusionner deux locus ?2022-01-28T11:14:20+01:00Mikaël SalsonFusionner deux locus ?Voir vidjil/support/lille-hemato#44
Pourrait-on choisir de fusionner deux locus ? Ou alors de changer certains clones de locus ? On peut le faire individuellement en changeant leur désignation VDJ (mais c'est un peu fastidieux), mais on...Voir vidjil/support/lille-hemato#44
Pourrait-on choisir de fusionner deux locus ? Ou alors de changer certains clones de locus ? On peut le faire individuellement en changeant leur désignation VDJ (mais c'est un peu fastidieux), mais on pourrait fournir un moyen d'attribuer un autre locus à un ensemble de clones sélectionnés.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4928Droits 'read-only' sur le serveur ?2022-01-07T12:58:58+01:00Mathieu GiraudDroits 'read-only' sur le serveur ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4882Supported browsers, mai 2022/20242023-05-17T16:03:06+02:00Mathieu GiraudSupported browsers, mai 2022/2024Suite à #1077, #2427, #4860, #4862, !1041
Une proposition pour fixer un cap vers où l'on va:
- mai 2022 (reporté depuis sept 2021, on attendait #4862)
- on droppe les legacy FF32 et Chrome49
- les supported FF78 et Chrome79 devi...Suite à #1077, #2427, #4860, #4862, !1041
Une proposition pour fixer un cap vers où l'on va:
- mai 2022 (reporté depuis sept 2021, on attendait #4862)
- on droppe les legacy FF32 et Chrome49
- les supported FF78 et Chrome79 deviennent les **extended support**, supportés jusqu'à au moins mai 2024 (!1051)
- les nouveaux supported deviennent FF98 ESR (ou autre si une autre sort) et Chrome XX.
- mai 2024 : nouvelle itération
Par rapport à ce qu'on avait mis l'année dernière (!802), on repousse donc les échéances de quelques mois, mais cela me semble sain, maintenant qu'il y a le warning #4862, que les utilisateurs
- aient 6 mois pour se préoccuper (et nous contacter si besoin)
- et que, en changeant vers le supported, ils savent qu'ils sont à l'abri pour plus de 2 ans (d'où !1051)
Ceci est toujours modulé par ce qu'on se rendrait compte par des stats (#2417) et/ou des retours d'usagers.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4871Design des annotations dans l'aligneur2021-10-01T11:59:34+02:00Mathieu GiraudDesign des annotations dans l'aligneurRéflexion globale sur couleurs/formes/...
- primers [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1013#note_570430)
- qualité #2313Réflexion globale sur couleurs/formes/...
- primers [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1013#note_570430)
- qualité #2313https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4863Visualiser les primers à l'extérieur de la séquence ?2021-09-24T15:01:03+02:00Mathieu GiraudVisualiser les primers à l'extérieur de la séquence ?Depuis !1013:
> Il reste maintenant le cas des primers retrouvés à des positions en dehors de la séquence. Typiquement, le clone de test qunit `test4`:
> * en ec-ngs, ses primers sont inclut dans la séquence.
> * en biomed2, ce qu'il e...Depuis !1013:
> Il reste maintenant le cas des primers retrouvés à des positions en dehors de la séquence. Typiquement, le clone de test qunit `test4`:
> * en ec-ngs, ses primers sont inclut dans la séquence.
> * en biomed2, ce qu'il est probablement, son primer3 est dans la séquence (à l’extrémité 3'), mais le primer5 est en dehors, juste avant la séquence (de -20 à -1).
On en reparle donc dans quelque temps quand on aura déjà le retour des usagers sur leur utilisation !1013.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4832Scheduler indépendant de web2py/py4web ?2021-11-22T13:51:55+01:00Mathieu GiraudScheduler indépendant de web2py/py4web ?
Celery ? https://docs.celeryproject.org/en/stable/
Autres choses ?
Celery ? https://docs.celeryproject.org/en/stable/
Autres choses ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4815Gethtmlinfo, pouvoir afficher les positions, ou la taille des matchs des segm...2021-07-13T10:22:12+02:00Thonier FlorianGethtmlinfo, pouvoir afficher les positions, ou la taille des matchs des segmentsCe matin, on se demandait comment était réparti les matchs dans le V ou le J. On n'a aucune info depuis cette fenêtre (`gethtmlinfo`) sur ces positions, sur la taille en nombre entre start/pos.
Quelque part, l'info se retrouve si on reg...Ce matin, on se demandait comment était réparti les matchs dans le V ou le J. On n'a aucune info depuis cette fenêtre (`gethtmlinfo`) sur ces positions, sur la taille en nombre entre start/pos.
Quelque part, l'info se retrouve si on regarde dans le segmenteur, on peut avoir aisément une estimation rapide, mais pas la taille. Par exemple, pour savoir combien de bases du V sont disponibles dans le cadre des hypermutations en LLC.
Je ne pense pas que créer une nouvelle ligne soit pertinent pour cette donnée car au bout d'un moment cela deviendrait illisible (à moins d'avoir des presets par maladie par exemple).
Cette issue demande réflexion.
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4812Pouvoir supprimer les amorces (avant envoi vers service tiers)2021-11-22T16:38:41+01:00Thonier FlorianPouvoir supprimer les amorces (avant envoi vers service tiers)Une utilisatrice me demande si on peut supprimer les séquences d'amorces avant envoie vers IMGT par exemple.
Avec le travail qui a été fait pour le genescan, on devrait pouvoir imaginer la détection automatique des amorces, puis leur s...Une utilisatrice me demande si on peut supprimer les séquences d'amorces avant envoie vers IMGT par exemple.
Avec le travail qui a été fait pour le genescan, on devrait pouvoir imaginer la détection automatique des amorces, puis leur soustraction au besoin. Cela devrait être testé, voir comment ça fonctionne par exemple avec les séquences consensus par exemple.
On peut déjà faire quelques tests avec même temps que #3152.
Il faudrait proposer ça comme une option ? Le faire de manière automatique ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4802Pouvoir affiché plus de clones pour les données de capture2021-05-27T18:07:20+02:00Thonier FlorianPouvoir affiché plus de clones pour les données de captureUn utilisateur avec des données de capture demande à afficher plus de clones. Cela lui est utile puisque dans son cas, il a 390 reads , mais avec 320 clones. On a donc beaucoup de clones avec 1 seul read qui sont cachés de manière semi-a...Un utilisateur avec des données de capture demande à afficher plus de clones. Cela lui est utile puisque dans son cas, il a 390 reads , mais avec 320 clones. On a donc beaucoup de clones avec 1 seul read qui sont cachés de manière semi-aléatoire (reproductible entre 2 lancement; ou entre 2 séquençages ? A priori oui puisque conservé de par la fenêtre).
Une possibilité que je vois est de modifier dans la configuration le top du fuse pour en afficher un seuil plus haut de clonotype. On pourrait utilisé un hack que j'ai déjà testé: on donne un top ex æquo, avec plusieurs occurrence pour un top donné. Ça fonctionne, mais ça n'empêchera pas que beaucoup de clones détériore quand même les performances. (mais moins que par exemple une analyse avec 30 samples).
L'autre point est la limite côté client. Est-il possible d'ajouter une variable dans le fichier vidjil pour repousser le limite de 100 clonotypes ?
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4792Qu'est-ce qu'un bon test fonctionnel browser/server ? Améliorer les tests uni...2021-10-08T11:41:39+02:00Mathieu GiraudQu'est-ce qu'un bon test fonctionnel browser/server ? Améliorer les tests unitaires ?Discuté avec @flothoni et @duez : que ce soit watir ou cypress, que doit être un bon test fonctionnel pour ne pas être juste du "clique-bouton" + "parse" ?
Marc: "les choses intelligentes devraient être surtout dans les tests unitaires,...Discuté avec @flothoni et @duez : que ce soit watir ou cypress, que doit être un bon test fonctionnel pour ne pas être juste du "clique-bouton" + "parse" ?
Marc: "les choses intelligentes devraient être surtout dans les tests unitaires, le test fonctionnel pourrait juste vérifier que les choses sont au bonne endroit. Vouloir avoir trop de scénarios complexe ne couvre pas de toute façon"
Mathieu: "Ok en général, mais par contre les scénarios type tutorial/doc sont intéressants à être testés"
Marc: "Oui, le scénarion utilisé 90% du temps doit être testé. Mais pas le scénario ultra-bizarre de composition de deux fonctionnalités, tester plutôt au plus près de la fonctionnalité en cause, et donc unitaire."
Florian: "Autre perspective: qu'a-t-on envie avoir comme test échoués ? Le but d'un test est qu'il échoue quand il le faut pour nous aider. Et dans le passé, a-t-on eu beaucoup de tests ainsi ?"
Marc: "On devrait faire plus de chose en tests unitaires (et pas de parse à faire). Typique fonction de reset, loading. Et d'ailleurs quand un test QUnit échoue, je sais que c'est problème majeur"
Florian: "Absolument !"
Discussion sur un cas particulier: bug sur clone de distribution #4789. Marc: "Un bon réflexe est de faire des tests... mais si on le fait fonctionnel, c'est trop loin, on s'intéresse à une interaction trop particulière sur des millions de combinaisons. Rajouter plutôt un test unitaire au bon endroit sur le comportement fautif." Point très intéressant à creuser.
Si vous voyez des liens/posts là-dessus, n'hésitez pas à les mettre.Web 2021.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4766Évaluer Playwright2021-04-29T18:23:09+02:00Mathieu GiraudÉvaluer Playwright
À côté de Cypress #3655 (et de Puppeteer #3659), une étoile montante est https://playwright.dev/
Deux liens pro-Playright:
- https://medium.com/sparebank1-digital/playwright-vs-cypress-1e127d9157bd
- https://medium.com/uk-hydrographic-...
À côté de Cypress #3655 (et de Puppeteer #3659), une étoile montante est https://playwright.dev/
Deux liens pro-Playright:
- https://medium.com/sparebank1-digital/playwright-vs-cypress-1e127d9157bd
- https://medium.com/uk-hydrographic-office/why-we-chose-playwright-over-cypress-db4770cf5204
cc @flothoniTests-Dev-2021-05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4754Pouvoir afficher de manière générique une feature de l'aligneur (ou un axe)2021-04-14T11:35:00+02:00Mathieu GiraudPouvoir afficher de manière générique une feature de l'aligneur (ou un axe)Depuis #4746 :
> https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_499892 :
> `toFasta` existe toujours, tout comme `isDNA`, `isAA`, `isPos`, `findPotentialField`.
Discussion avec @mikael-s et @duez : à voir si on veut c...Depuis #4746 :
> https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_499892 :
> `toFasta` existe toujours, tout comme `isDNA`, `isAA`, `isPos`, `findPotentialField`.
Discussion avec @mikael-s et @duez : à voir si on veut conserver ce mécanisme (et restaurer les tests sur `findPotentialField` et autres), à savoir pouvoir afficher des choses même si elles ne pas décrites dans
`aligner_layer.js`.
Même question pour les axes.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4745Import/export du serveur : conserver les identifiants2021-04-14T17:19:47+02:00Mikaël SalsonImport/export du serveur : conserver les identifiantsOn a eu divers problème avec l'export et le réimport de données du serveur (#4717/#4718 mais aussi un souci où ce n'est pas le bon fuse qui était pris en compte).
Pourquoi ne pas conserver les identifiants tel quel ?
Et on placerait l'...On a eu divers problème avec l'export et le réimport de données du serveur (#4717/#4718 mais aussi un souci où ce n'est pas le bon fuse qui était pris en compte).
Pourquoi ne pas conserver les identifiants tel quel ?
Et on placerait l'autoincrement sur les tables de la bases bien au-delà du niveau actuel afin de ne pas poser de problème si on doit réimporter de nouvelles données.