vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-03-19T14:24:20+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4333Fichiers dans un répertoire /upload2021-03-19T14:24:20+01:00Mathieu GiraudFichiers dans un répertoire /upload
Il y a actuellement 100k+ fichiers dans le seul répertoire `/uploads` sur un serveur de prod.
Apparament pas de soucis avec des fs récents : https://stackoverflow.com/questions/466521/how-many-files-can-i-put-in-a-directory
Mais... es...
Il y a actuellement 100k+ fichiers dans le seul répertoire `/uploads` sur un serveur de prod.
Apparament pas de soucis avec des fs récents : https://stackoverflow.com/questions/466521/how-many-files-can-i-put-in-a-directory
Mais... est-ce une bonne pratique ? git ou d'autres logiciels font parfois des répertoires pour "ranger" un grand nombre de fichiers, est-ce recommandé ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4317Faire évoluer vidjil_format ?2020-06-11T22:18:16+02:00Mathieu GiraudFaire évoluer vidjil_format ?
Actuellement `vidjil_format_version` est toujours `2016b`. Est-on vraiment compatible avec les champs que l'on sortait il y a quatre ans ?
On a ajouté des choses (normalisations, distributions, ...), comme on n'a rien cassé est-ce norm...
Actuellement `vidjil_format_version` est toujours `2016b`. Est-on vraiment compatible avec les champs que l'on sortait il y a quatre ans ?
On a ajouté des choses (normalisations, distributions, ...), comme on n'a rien cassé est-ce normal qu'on n'ait pas changé le numéro de version ? Mais... si quelqu'un avait fait un script qui parsait tout `2016b` il y a quatre ans, désormais il ne parserait pas tout...
Rien de pressé, mais y-a-t-il des choses à faire évoluer ? #4316
Enfin notre ~doc là-dessus est peut-être moins complète que sur d'autres points. Rajouter des `tangle` ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4314Ne pas creer l'object Graph si il n'y a qu'un seul sample2020-06-03T18:27:55+02:00Thonier FlorianNe pas creer l'object Graph si il n'y a qu'un seul sampleDans le cas ou il n'y a qu'un sample, il arrive que l'on est l'update qui tombe sur une erreur (#4298).
Outre la correction des erreurs, il serait aussi opportun de ne pas instancier cet objet si il n'est pas nécessaire.Dans le cas ou il n'y a qu'un sample, il arrive que l'on est l'update qui tombe sur une erreur (#4298).
Outre la correction des erreurs, il serait aussi opportun de ne pas instancier cet objet si il n'est pas nécessaire.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4309Afficher la sequence colorée d'un clone dans le getHTMLinfo2020-06-23T12:14:51+02:00Thonier FlorianAfficher la sequence colorée d'un clone dans le getHTMLinfoPour le moment, la méthode pour le faire passe par l'objet `Sequence`, qui est très fortement imbriqué avec le `Segmenter`.
Il faudrait donc modifier celui-ci pour y ajouter des bypass en cas de besoin et juste afficher l'information sa...Pour le moment, la méthode pour le faire passe par l'objet `Sequence`, qui est très fortement imbriqué avec le `Segmenter`.
Il faudrait donc modifier celui-ci pour y ajouter des bypass en cas de besoin et juste afficher l'information sans les parties permettant d'ajouter des espaces, gaps, mutations,...
Il y a quelques fois ou un simple `if semgenter != undefined` suffit, mais d'autre ou ce n'est pas possible.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4301Graph without a logarithmic scale2020-07-29T11:01:24+02:00Mathieu GiraudGraph without a logarithmic scaleDo we need a switch to display the ~"client-graph" without a logarithmic scale ?Do we need a switch to display the ~"client-graph" without a logarithmic scale ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4297Utiliser les alertes de gitlab ?2020-05-23T08:00:17+02:00Mathieu GiraudUtiliser les alertes de gitlab ?Gitlab 13.0, alertes: https://docs.gitlab.com/ee/user/project/operations/alert_management.html
Et de [nombreuses issues](https://gitlab.com/gitlab-org/gitlab/-/issues?label_name=Category%3AAlert+Management) et aussi
https://about.gitlab...Gitlab 13.0, alertes: https://docs.gitlab.com/ee/user/project/operations/alert_management.html
Et de [nombreuses issues](https://gitlab.com/gitlab-org/gitlab/-/issues?label_name=Category%3AAlert+Management) et aussi
https://about.gitlab.com/direction/monitor/debugging_and_health/alert_management/
Intérêt (pour nous) ? Par rapport à #3745 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4216Permettre de lancer des analyses sur l'ensemble des clones2020-03-11T12:01:57+01:00Thonier FlorianPermettre de lancer des analyses sur l'ensemble des clonesEn lien avec #4036: Pour le moment, nous n'avons qu'une configuration qui permettent d'analyser l'ensemble des clones (Export AIRR, non public), et présent jusqu'à 5 reads minimum. On obtient des fichiers de tailles bien plus importantes...En lien avec #4036: Pour le moment, nous n'avons qu'une configuration qui permettent d'analyser l'ensemble des clones (Export AIRR, non public), et présent jusqu'à 5 reads minimum. On obtient des fichiers de tailles bien plus importantes, et aussi des temps de calculs augmentés.
Si on veut adopter les distributions et ~"app-stats", il faudra pouvoir y passer. Comment procéder dans ce cas ?
PS: pour les distributions, on augmente à la fois le résultat `.vidjil`, mais aussi le `fused`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4198Chevauchement up/downstream : diviser par 2 ?2020-02-21T09:51:40+01:00Mathieu GiraudChevauchement up/downstream : diviser par 2 ?
Depuis #3133 et https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/606/diffs?commit_id=52aa017c75c30eee8bd826ccaaaca63fac495885#aebf9c17d51c0c1fbadd922e57cf2143bcc70201_143_162 :
> Should we divide by 2 the length so that we don't ha...
Depuis #3133 et https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/606/diffs?commit_id=52aa017c75c30eee8bd826ccaaaca63fac495885#aebf9c17d51c0c1fbadd922e57cf2143bcc70201_143_162 :
> Should we divide by 2 the length so that we don't have overlaps between up and downstream?
Effectivement, depuis !606 les `up` et `down` contiennent tous les deux la séquence, enfin, quand l'espace est de taille minimale à l'intérieur d'un locus (d'ailleurs, est-ce régulier ou pas ?).
Si on chargeait cela simultanément, cela ferait des `ambiguous` et limiterait l'intérêt d'avoir prolongé... mais bon, on ne les charge pas simultanément. Bref ~"wont-fix" ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4196Scatterplots "plutôt carrés" ?2020-02-20T17:53:24+01:00Mathieu GiraudScatterplots "plutôt carrés" ?En discutant sur #4195, on a refait le constat que nos vues ~"client-grid", ~"client-bar" (et ~"client-graph") sont plutôt pensées "rectangulaires". On a habituellement un ratio x:y de 4:1 à 3:1, rarement vers 2:1 (sauf quand on fait bo...En discutant sur #4195, on a refait le constat que nos vues ~"client-grid", ~"client-bar" (et ~"client-graph") sont plutôt pensées "rectangulaires". On a habituellement un ratio x:y de 4:1 à 3:1, rarement vers 2:1 (sauf quand on fait bouger le séparateur) ou moins. Le choix des axes V/J par défaut va dans ce sens (très peu de J).
Pourrait-on afficher des ~"client-grid" 1:1 (voire 1:1,5) ? A priori rien ne l'empêche (et @duez: "quand elle existe, la barre de locus pourrait être horizontale"). Certaines combinaisons d'axes devraient déjà faire quelque chose de joli (similarity, compare, ...).
À voir si il faudra trouver un joli `sp2` par défaut pour le panel C de #4195. Rien d'urgent pour l'instant.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4188Retirer les séquences de faible complexité des germlines ?2022-02-17T18:36:48+01:00Mathieu GiraudRetirer les séquences de faible complexité des germlines ?Voir a089d5b6ed dans !606 :
> It appears that `cacacacacac` exists in a J+down sequence.
Maybe we should remove low-complexity sequences?Voir a089d5b6ed dans !606 :
> It appears that `cacacacacac` exists in a J+down sequence.
Maybe we should remove low-complexity sequences?Algo 2022.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4180Nouvelle vue dessinant les chromosomes et les locus2020-12-04T14:19:03+01:00Mathieu GiraudNouvelle vue dessinant les chromosomes et les locusÉvoqué avec @mikael-s et @duez
Probablement mauvaise idée ~"wont-fix": avoir une vue où serait dessinés les locus sur les chromosome, type figures des publis Biomed 2, pour mieux réaliser d'un coup d'oeil sur quels chromosomes/locus se ...Évoqué avec @mikael-s et @duez
Probablement mauvaise idée ~"wont-fix": avoir une vue où serait dessinés les locus sur les chromosome, type figures des publis Biomed 2, pour mieux réaliser d'un coup d'oeil sur quels chromosomes/locus se sont passés les recombinaisons.
(En utilisant les dessins qui auraient du être fait il y a quelques temps par un graphiste ?)
Mais comment représenter les recombinaisons ? Des points/bars à des positions ?
#3192 (et #1887) sont probablement plus réalisables.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4179Rupture de l'axe des Y / broken Y-axis2020-02-12T16:48:49+01:00Mathieu GiraudRupture de l'axe des Y / broken Y-axisDiscuté avec @mikael-s et @duez : devrait-on couper l'axe des Y pour voir un fond polyclonal sous un clone majoritaire (au lieu de la technique habituelle avec ~"client-filter") ?
Le soucis est qu'on veut toujours voir "l'écrasement". P...Discuté avec @mikael-s et @duez : devrait-on couper l'axe des Y pour voir un fond polyclonal sous un clone majoritaire (au lieu de la technique habituelle avec ~"client-filter") ?
Le soucis est qu'on veut toujours voir "l'écrasement". Par exemple, si le clone 1 est > 3-4 fois le clone 2, couper l'axe pour qu'il soit toujours au moins 2x plus gros que le clone 2. Ces cas peuvent cependant être très fréquents pour des échantillons de diag.
(Au passage, pas exactement sur le même sujet, https://www.data-to-viz.com/caveat/cut_y_axis.html)
@duez : "si on fait un truc automatique, il faudra avoir une préférence pour l'enlever"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4159maj de la liste des patients/runs necessite un refresh de la page2020-01-24T09:24:37+01:00Thonier Florianmaj de la liste des patients/runs necessite un refresh de la pageAprès avoir créé un/des patient(s), run(s), il est parfois nécessaire de rafraîchir la page pour permettre de les voir apparaître dans la liste.
Il me semble que nous ne rafraîchissons pas toujours car cela est coûteux en terme d'accès ...Après avoir créé un/des patient(s), run(s), il est parfois nécessaire de rafraîchir la page pour permettre de les voir apparaître dans la liste.
Il me semble que nous ne rafraîchissons pas toujours car cela est coûteux en terme d'accès à la base (mais pas si long je crois). C'est ça ? De même, est-il possible de le lancer au moment ou l'on arrive sur la page d'ajout/édition d'un sample pour ne pas avoir à attendre dans ce cas ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4156Zone de commentaire par clone sur le rapport et/ou le panel info d'un clone2021-11-19T11:06:57+01:00Thonier FlorianZone de commentaire par clone sur le rapport et/ou le panel info d'un clone~"REN-Rennes" n'utilise pour le moment pas la génération de rapport depuis l'interface. ils copient/collent les exports fasta, font leur design d'amorce dans un fichier texte.
Une solution serait d'avoir la possibilité d'ouvrir une zone...~"REN-Rennes" n'utilise pour le moment pas la génération de rapport depuis l'interface. ils copient/collent les exports fasta, font leur design d'amorce dans un fichier texte.
Une solution serait d'avoir la possibilité d'ouvrir une zone de texte associée à chaque clone présent dans le rapport. Pour ne pas encombrer inutilement le rapport, nous pourrions imaginer un bouton"`+` ou autre à la fin de la ligne clone qui permettrai d'ajouter une zone de texte en dessous de chaque clone pour que les utilisateurs puissent y coller ce genre d'informations supplémentaires.
Point bonus; ces informations doivent-elles être sauvegardées dans le `.analysis` ? Dans ce cas quelle serait le meilleur endroit pour les rentrer ? Depuis le panel info d'un clone via une zone texte ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4152only/except pour remplacer feature-a ?2020-02-20T16:36:27+01:00Mathieu Giraudonly/except pour remplacer feature-a ?Cas particulier de #3588, viendra une fois qu'on aura du recul déjà sur #4148.
De quoi `feature-a` doit dépendre ? Je vois déjà:
```yaml
only:
changes:
- algo/**/*
- doc/vidjil-algo.md # les tangles
- germline/g...Cas particulier de #3588, viendra une fois qu'on aura du recul déjà sur #4148.
De quoi `feature-a` doit dépendre ? Je vois déjà:
```yaml
only:
changes:
- algo/**/*
- doc/vidjil-algo.md # les tangles
- germline/germline_id
- germline/*.g
- tools/**/* # on pourrait être plus précis
```
Les `**/*` ailleurs que dans `algo/` peuvent être problématiques, le soucis est qu'on risque de lancer souvent pour rien #3397 (mais c'est très bien si on détecte ainsi des problèmes).
À l'inverse, même si on ne couvre pas 100% (et c'est déjà le cas actuellement, ou on "oublie" de nommer correctement une branche à certains moments), normalement on a un pipeline hebdomadaire sur `dev` qui teste tout, il faudra veiller à ce qu'il soit bien conservé.
Bref, a priori quelques fichiers `germline/`, plutôt que `germline/**/*` (le but est bien de pouvoir travailler sur une `feature-g` indépendamment de l'algo)
Quelque part cela fait réfléchir à nos dépendances (et à #1491 :).2020-04-02https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4146Surveiller par CI des mesures de temps2020-01-21T16:39:22+01:00Mathieu GiraudSurveiller par CI des mesures de tempsExtrait de #2196 (mais pourrait aussi s'appliquer à ~"cpp-speed" et ~"server-speed"):
> Idéalement, un jour on aimerait (...) surveiller cela par ~"dev-ci".
> Un test sur un slave fixe, et trouver comment indiquer cela (un temps en dur...Extrait de #2196 (mais pourrait aussi s'appliquer à ~"cpp-speed" et ~"server-speed"):
> Idéalement, un jour on aimerait (...) surveiller cela par ~"dev-ci".
> Un test sur un slave fixe, et trouver comment indiquer cela (un temps en dur dans un fichier, et le test plante si +/- 10%) ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4139Nouvelle vue dédiée à l'affichage de beaucoup de samples2020-12-04T13:51:17+01:00Mathieu GiraudNouvelle vue dédiée à l'affichage de beaucoup de samplesDepuis #4105 :
> À terme, il faudra une autre ~"client-views" dédiée à cela.
On fait pour l'instant des choses pour améliorer le ~"client-graph" actuel, mais se poser les questions de ce que l'on veut si on a 50, 100, 500+ échantillons...Depuis #4105 :
> À terme, il faudra une autre ~"client-views" dédiée à cela.
On fait pour l'instant des choses pour améliorer le ~"client-graph" actuel, mais se poser les questions de ce que l'on veut si on a 50, 100, 500+ échantillons, ce qui pourrait arriver avec single cell #3233 ou autres. Ne pas recréer ~"app-stats" non plus :)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4135N'avoir qu'un sample ouvert par shift+clic sur la nouvelle graph-list2020-06-08T11:23:22+02:00Thonier FlorianN'avoir qu'un sample ouvert par shift+clic sur la nouvelle graph-listCertain utilisateurs aimerait n'afficher qu'un sample à la fois. On peux maintenant le faire avec le travaille sur #4105.
Une fonction intéressante à rajouter est de pouvoir restreindre l'affichage à un seul sample.
Pour le moment, il ...Certain utilisateurs aimerait n'afficher qu'un sample à la fois. On peux maintenant le faire avec le travaille sur #4105.
Une fonction intéressante à rajouter est de pouvoir restreindre l'affichage à un seul sample.
Pour le moment, il faudrait faire hide all, puis ajouté le sample d'intérêt, puis cahcer le sample qui a du rester actif lors du hide all (long et fastidieux).
Je pense que l'une des solutions est de détecter lors du clic/dblclick l'appui sur la touche `shift` pour conserver le même comportement que sur les locus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4129réflexion sur les intéractions sur la liste, renommage des clones2020-06-23T09:35:04+02:00Thonier Florianréflexion sur les intéractions sur la liste, renommage des clonesA l'usage, je me demande si nous pourrions pas modifier des interactions avec la liste des clones.
Par exemple, un double clic actuellement passe en mode édition le nom du clone. Je me demande si cette action de devrait pas être réalis...A l'usage, je me demande si nous pourrions pas modifier des interactions avec la liste des clones.
Par exemple, un double clic actuellement passe en mode édition le nom du clone. Je me demande si cette action de devrait pas être réalisée depuis la fenêtre info. Via un bouton édition par exemple, que ce soit directement dans la liste ou bien dans le panneau info.
Dans ce cas en plus, on libère le double clic qui permettrait de switcher ce panneau show/hide. Je pense que les utilisateurs utilise bien plus souvent cette action que le renommage et que ça simplifierait son appel.
De plus, le mode édition ne se ferme que si l'on click sur le bouton save. Nous pourrions aussi détecter l'appui sur la touche echap ou bien un clic en dehors de cette zone pour fermer celle-ciÉhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4126Panneau clone info, afficher les size 0 avec un fond gris ?2020-01-17T17:12:07+01:00Thonier FlorianPanneau clone info, afficher les size 0 avec un fond gris ?Je repense à l'utilisation lorsque l'on ouvre un clone et que nous avons beaucoup de samples. Quand on cherche à lire la contamination, il y aurait un moyen d'améliorer la lecture de sa présence. Pour ce faire, il faudrait mettre une cou...Je repense à l'utilisation lorsque l'on ouvre un clone et que nous avons beaucoup de samples. Quand on cherche à lire la contamination, il y aurait un moyen d'améliorer la lecture de sa présence. Pour ce faire, il faudrait mettre une couleur dans la case associée à sa taille si il a une valeur nulle (ou inversement suivant ce qui est la plus lisible, mais je préfère la première pour une utilisation plus courante).
De même, on pourrait imaginer avoir un bouton qui cache les colonnes des samples dans lesquels il n'est pas présent pour plus de lisibilité. Version hard: avoir même un seuil modulable par l'utilisateur pour cacher ces samples.