vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-11-26T16:47:54+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4029Bar plot en multi-sample, verrouillage de l'axe y size ?2019-11-26T16:47:54+01:00Mathieu GiraudBar plot en multi-sample, verrouillage de l'axe y size ?Discuté avec @flothoni vdj#921
Quand on compare des samples, le changement d'axe y peut être bizarre, typiquement si un sample est mono-clonal 50% et les autres poly-clonaux, top à ~1%. Évidemment on ne peut pas faire de log ici.
Mais....Discuté avec @flothoni vdj#921
Quand on compare des samples, le changement d'axe y peut être bizarre, typiquement si un sample est mono-clonal 50% et les autres poly-clonaux, top à ~1%. Évidemment on ne peut pas faire de log ici.
Mais... si on verrouille pour que tout soit visble, la distribution poly-clonale est écrasée.
Verrouiller plutôt à l'échelle minimale, et donc des gros clones sortiraient par le haut ?
Pas par défaut, mais une option pour cela ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4028DOM et ids2021-11-22T12:37:06+01:00Mathieu GiraudDOM et ids@flothoni : "Il y a peu d'ids de DOM, j'en ai rajouté un certain nombre récemment pour les ~"dev-tests". Était-ce voulu le fait de ne pas mettre d'id (performance) ? Ou peut-on en mettre systématiquement désormais (c'est ce que je fais)"...@flothoni : "Il y a peu d'ids de DOM, j'en ai rajouté un certain nombre récemment pour les ~"dev-tests". Était-ce voulu le fait de ne pas mettre d'id (performance) ? Ou peut-on en mettre systématiquement désormais (c'est ce que je fais)"
@magiraud : cela m'a l'air raisonnable, je ne m'y connais pas pour la performance.
@mikael-s ? @Zeud ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4026Distributions et graphe2020-02-25T19:30:47+01:00Mathieu GiraudDistributions et grapheDéjà évoqué il y a quelques jours avec @flothoni et @mikael-s.
Actuellement on les affiche tous (car pas de top), illisible. Et même on les affiche *tous* (si 3 distributions, somme plus grosse)
- 1) en afficher aucun, simple
- 2) af...Déjà évoqué il y a quelques jours avec @flothoni et @mikael-s.
Actuellement on les affiche tous (car pas de top), illisible. Et même on les affiche *tous* (si 3 distributions, somme plus grosse)
- 1) en afficher aucun, simple
- 2) afficher la somme: plus complexe ? Et même trompeur: un trait qui relierait deux points ne montrerait pas nécessairement les mêmes clones. Probablement juste un *point gris* sera quand même informatif
Bref, pour l'instant solution simple, en attendant de discuter à l'intérêt de la solution 2.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4018clones virtuels, filter/focus/hide2019-11-28T17:15:44+01:00Thonier Florianclones virtuels, filter/focus/hideJe suis en train de réfléchir au comportement et l'implémentation des actions de focus sur les clones de distributions. Si je fais une sélection de 3 clones de distributions et que je fais un focus sur eux, que dois-je voir ?
Je me dem...Je suis en train de réfléchir au comportement et l'implémentation des actions de focus sur les clones de distributions. Si je fais une sélection de 3 clones de distributions et que je fais un focus sur eux, que dois-je voir ?
Je me demande si je dois ne voir plus qu'eux à taille constante, c'est à dire la même, qu'ils soient focus ou non, ou bien si leur taille doit refléter les clones qui ont été cachés par le focus.
Dans un second temps, je me demande si on ne devrais pas rajouter des actions dans le `menu filter`:
* Hide distributions clones: explicite
* Show only distribution clones: dans ce cas, cacher tous les clones réels pour ne plus qu'afficher les clones de distributions. Ce comportement n'est pas possible avec le slider du top car il restera toujours, à la marge, des clones que le slider empêche de cacher (à moins de réduire sa valeur minimum à 0). Un bouton me semble plus explicite dans ce cas.
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4015clones virtuels: le preset 0 fait apparaitre les clones qui ne sont pas du lo...2020-07-21T17:48:52+02:00Thonier Florianclones virtuels: le preset 0 fait apparaitre les clones qui ne sont pas du locus courrant sur la grillSur le preset 0, si nous avons des clones de différents locus, nous avons les clones de distributions qui apparaissent consentement. Cela est dû au fait qu'ils n'ont pas de locus désignés. Cela peut poser souci par exemple dans ce graphi...Sur le preset 0, si nous avons des clones de différents locus, nous avons les clones de distributions qui apparaissent consentement. Cela est dû au fait qu'ils n'ont pas de locus désignés. Cela peut poser souci par exemple dans ce graphique.
Pour remedier à ce souci, il faudrait être capable de deviner le locus depuis certaines valeurs d'axes, mais pas toujours possible, ni même fiable (seg5==TRDV1 => TRD ou TRD+). Une solution encore moins pratique serait d'inclure en plus, de manière constante, cette information dans les distributions générées par `fuse.py`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4013clone virtuels: gestion du tag2019-10-24T14:32:01+02:00Thonier Florianclone virtuels: gestion du tagDepuis la mise en place des clones virtuels, je ne suis pas certains du comportement attendu sur les tags.
Pour le moment, nous affichons toujours la petite étoile qui permet d'ouvrir le menu des tags.
Dans ce menu, il y a les tuiles q...Depuis la mise en place des clones virtuels, je ne suis pas certains du comportement attendu sur les tags.
Pour le moment, nous affichons toujours la petite étoile qui permet d'ouvrir le menu des tags.
Dans ce menu, il y a les tuiles qui sont sans effet, mais pourtant cliquable (les mettre en disable ?). Ensuite, la gestion du normalize n'est semble-t-il pas correcte non plus.
Pas d'effet provoqué par ces clones sur le `multitag` (qui permet d'inférer un tag à l'ensemble des clones sélectionnés). Pour l'instant, ils ne semblent pas être pris en compte et seuls les clones réels sont taggés. J'ai vérifié en jouant sur le filtre des tags).
Une solution temporaire serait de retirer le bouton tag dans un premier temps tant que nous n'avons pas trancher sur ces points, ou bien de mettre le contenu en disable (comme la normalisation lors d'un multitag).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4009Quelle devrait être la position par défaut du slider top ?2019-10-24T13:02:19+02:00Mathieu GiraudQuelle devrait être la position par défaut du slider top ?Évoqué hier: on montre depuis longtemps aux utilisateurs qu'ils peuvent avoir plus de clones avec le slider. Est-ce qu'il est encore pertinent d'avoir un slider top par défaut non au maximum ? Lien avec !515 ?
cc @flothoniÉvoqué hier: on montre depuis longtemps aux utilisateurs qu'ils peuvent avoir plus de clones avec le slider. Est-ce qu'il est encore pertinent d'avoir un slider top par défaut non au maximum ? Lien avec !515 ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4005Evaluer un fastq en amont des preprocess et analyse2019-10-11T11:19:05+02:00Thonier FlorianEvaluer un fastq en amont des preprocess et analyseJe suis tombé aujourd'hui sur des fichiers fastq comportant des erreurs :
```
@NB501924:75:HT525AFXY:1:11101:16318:8143 1:N:0:ATTGAGGA
+
```
Ni pear ni vidjil ne sont capable de prendre ces fichiers en l'état (#1723).
On pourrait im...Je suis tombé aujourd'hui sur des fichiers fastq comportant des erreurs :
```
@NB501924:75:HT525AFXY:1:11101:16318:8143 1:N:0:ATTGAGGA
+
```
Ni pear ni vidjil ne sont capable de prendre ces fichiers en l'état (#1723).
On pourrait imaginer l'appel d'un script qui se charge de vérifier que le format ou le contenu est correct et exploitable.
Dans certain cas, il pourrait aussi corriger certaines erreurs comme celle-ci (attention dans le cas d'un merge d’ailleurs à bien prendre en compte aussi l'équivalent R2/R3).
De plus, il faudrait dans ce cas rendre disponible un rapport depuis l'interface, qui indique que tout est bon pour passer à la suite de l'analyse, ou indiquer que non et l'indiquer clairement à l'utilisateur.
Je sais qu'il existe des scripts permettant de vérifier la conformité du formatage des fasta/fastq. Je ne sais pas si il existe un script tout fait permettant de vérifier ce type d'erreurs, et d'autres qui nous viendrait en tête.
A chaud:
* vérifier le format,
* vérifier des erreurs d'entrées,
* vérifier le nombre de lignes R1vsR2,
* vérifier les séquences vides,
* vérifier la présence de N ou autres caractères non souhaités
* ...
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4000updateStats(): dans model.js ?2019-10-08T11:39:29+02:00Mathieu GiraudupdateStats(): dans model.js ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3998Calcul size_distrib : avec ou sans les clones filtrés ?2019-10-16T13:12:24+02:00Mathieu GiraudCalcul size_distrib : avec ou sans les clones filtrés ?#3902
- quand on cache un clone, on aimerait qu'il ne soit pas remplacé par du rose...
- mais... quand on cherche sur `ACCT`, que veut-on ?
cc @flothoni#3902
- quand on cache un clone, on aimerait qu'il ne soit pas remplacé par du rose...
- mais... quand on cherche sur `ACCT`, que veut-on ?
cc @flothoniMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3993Flash et docker2020-09-21T09:22:31+02:00Mathieu GiraudFlash et dockerSuite à #3911.
Doit-on packager Flash ou pas ? Attention, même question que MiXCR...
Ou juste demander que Flash soit installé, puis `defs.DIR_FLASH`.
Voir #2759.Suite à #3911.
Doit-on packager Flash ou pas ? Attention, même question que MiXCR...
Ou juste demander que Flash soit installé, puis `defs.DIR_FLASH`.
Voir #2759.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3986Arrondis et distributions2019-11-26T14:37:30+01:00Mathieu GiraudArrondis et distributionsÉvoqué plusieurs fois ces derniers temps à propos de #3902/!515 avec @flothoni et @mikael-s.
Pour l'instant, `average length` est arrondi à 1.0 (mais des valeurs telles que 0.1 pourraient être envisageables).
`GC content` pourrait l'êtr...Évoqué plusieurs fois ces derniers temps à propos de #3902/!515 avec @flothoni et @mikael-s.
Pour l'instant, `average length` est arrondi à 1.0 (mais des valeurs telles que 0.1 pourraient être envisageables).
`GC content` pourrait l'être par exemple à 0.001 / 0.1%.
Si on a arrondi un axe à 1.0, il manque des infos pour l'afficher à 0.5 dans le client.
Mais est-ce bien le scatterplot / ~"client-responsive" qui choisit la largeur des barres ? Et en cas de zoom/focus ?
On peut déjà faire !515 en prenant 1.0 pour `average length`, et y réfléchir plus en détail après.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3983Average length différents suivant les points ?2019-10-23T10:37:07+02:00Mathieu GiraudAverage length différents suivant les points ?Évoqué dans le cadre de !515.
@flothoni : "Pour l'instant, `average length`, `coverage` et `coverage info` sont individuels par sample. Cela peut donner des infos". Lien aussi avec #3970 ? Si on a choisi une séquence, pourquoi garde-t-o...Évoqué dans le cadre de !515.
@flothoni : "Pour l'instant, `average length`, `coverage` et `coverage info` sont individuels par sample. Cela peut donner des infos". Lien aussi avec #3970 ? Si on a choisi une séquence, pourquoi garde-t-on cela ? Et pas d'autres choses ?
Dans !585, est-ce que ce cela implique de refaire des calculs à chaque changement de point ? Bof.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3974Indexation de la base de données2019-08-23T14:53:06+02:00Mathieu GiraudIndexation de la base de donnéesEst-ce que cela vaudrait le coup d'utiliser quelque chose type Lucene (ou Solr, ou ElasticSearch) pour indexer la DB, que ce soit pour améliorer #2295 ou pour d'autres types de requêtes ?Est-ce que cela vaudrait le coup d'utiliser quelque chose type Lucene (ou Solr, ou ElasticSearch) pour indexer la DB, que ce soit pour améliorer #2295 ou pour d'autres types de requêtes ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3971Définition des axes dans fuse.py2023-06-29T15:12:23+02:00Mathieu GiraudDéfinition des axes dans fuse.pyDans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/503/diffs#9bd873768c2aee285edc7e9c0ba05f8c2125ca47_126_156, voir dans `fuse.py`, la fonction `get_value()` et la suivante :
```
if axe == "seg3":
retu...Dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/503/diffs#9bd873768c2aee285edc7e9c0ba05f8c2125ca47_126_156, voir dans `fuse.py`, la fonction `get_value()` et la suivante :
```
if axe == "seg3":
return self.d["seg"]["3"]["name"]
if axe == "lenSeq":
return len(self.d["sequence"])
if axe == "evalue":
return self.d["evalue"]["val"]
if axe == "seg5_delRight":
return self.d["seg"]["5"]["delRight"]
...
```
Beaucoup de choses donc codées en dur, @flothoni, on avait évoqué un jour ces choses. Il y a une partie de ~bikeshedding, mais pas que... si j'ai bien compris, c'est le pendant de `js/axes.js` et on a besoin de cela pour construire les distributions. Est-ce indispensable ? Comme c'est très gros, mettre déjà cela dans un fichier séparé `axes.py` ? (Mais c'est une méthode de `Clone`...)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3970fuse.py: quelle séquence conserver ? plus grande, meilleur top, plus de reads ?2022-05-20T11:45:37+02:00Thonier Florianfuse.py: quelle séquence conserver ? plus grande, meilleur top, plus de reads ?Un utilisateur [compare deux protocoles](https://app.vidjil.org/browser/index.html?custom=60329&custom=60331&clone=0) IGH: FR1 et primer leader.
Mais lors du fuse, nous conservons par défaut la séquence de la première analyse, à priori...Un utilisateur [compare deux protocoles](https://app.vidjil.org/browser/index.html?custom=60329&custom=60331&clone=0) IGH: FR1 et primer leader.
Mais lors du fuse, nous conservons par défaut la séquence de la première analyse, à priori sans considération sur la taille, qui est pourtant bien plus significative dans le second cas.
Nous devrions rajouter une vérification dans le script.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3969Clones virtuel et liste2019-10-29T09:09:11+01:00Mathieu GiraudClones virtuel et listeSoulevé par @mikael-s à propos de #3945 : à terme, les clones de distribution ne devraient peut-être pas tous apparaître dans la liste... mais les gros sont tout de même très intéressants. Peut-être les mettre sous un "smaller clones" ? ...Soulevé par @mikael-s à propos de #3945 : à terme, les clones de distribution ne devraient peut-être pas tous apparaître dans la liste... mais les gros sont tout de même très intéressants. Peut-être les mettre sous un "smaller clones" ? Uniquement certains ? À voir plus tard, voir déjà ce que cela donne.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3965Utiliser la Notifications API du navigateur web ?2019-08-19T11:27:27+02:00Mathieu GiraudUtiliser la Notifications API du navigateur web ?Serait-ce pertinent d'utiliser en plus de notre système la Notifications API (voire la Push API) ?
https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/API/Notifications_API/Using_the_Notifications_API
https://caniuse.com/#feat=notificationsSerait-ce pertinent d'utiliser en plus de notre système la Notifications API (voire la Push API) ?
https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/API/Notifications_API/Using_the_Notifications_API
https://caniuse.com/#feat=notificationshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3959clones virtuels: gestion des couleurs2019-12-10T10:58:34+01:00Thonier Florianclones virtuels: gestion des couleursPour le moment, nous avons une gestion simple de la couleur: nous demandons la valeur du clone pour l'axe XXX, et nous retournons la valeur correspondante à cette entrée. Si elle n'existe pas, nous retournons une couleur lambda (probable...Pour le moment, nous avons une gestion simple de la couleur: nous demandons la valeur du clone pour l'axe XXX, et nous retournons la valeur correspondante à cette entrée. Si elle n'existe pas, nous retournons une couleur lambda (probablement grise il me semble).
Nous pourrions imaginer pour les clones virtuels une couleur lambda différente, voir carrément une couleur différente pour tous les axes.
Une version simple serait de donner un paramètre alpha sur la couleur différent suivant le statu du clone. Ainsi, un clone non défini aura un gris classique, tandis que le clone virtuel aurait un gris pâle.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3946Show normalized_reads field into getHTMLinfo2020-03-23T13:17:44+01:00Thonier FlorianShow normalized_reads field into getHTMLinfoLink to #3943: For the moment, we didn't show this info inti HTMLinfo. We could set it, into `representative sequence`. We also should show thatr a sample have not been computed for normalization. A text field ? "not computed" ?
@magir...Link to #3943: For the moment, we didn't show this info inti HTMLinfo. We could set it, into `representative sequence`. We also should show thatr a sample have not been computed for normalization. A text field ? "not computed" ?
@magiraud @mikael-s @meidanis