vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-11-23T13:37:35+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4579Comment relancer les fuse sur un serveur2020-11-23T13:37:35+01:00Thonier FlorianComment relancer les fuse sur un serveurJ'ai mis à jour fuse pour qu'il remonte un nouveau warning (#4566).
Ce nouveau warning peut avoir une incidence non nul sur une interprétation. Comment est-il possible de relancer les fuse sur un certain nombre d'analyses récentes ? Dan...J'ai mis à jour fuse pour qu'il remonte un nouveau warning (#4566).
Ce nouveau warning peut avoir une incidence non nul sur une interprétation. Comment est-il possible de relancer les fuse sur un certain nombre d'analyses récentes ? Dans ce cas, faut-il aussi avoir la version spécifique du fuse disponible quelque part ? Comment être certain que l'analyse que l'on regarde ait inclut cette fonction lors du fuse ?
* La technique actuellement serait possiblement de conseiller de relancer au moins une analyse puisque l'on sait que le fuse se fera automatiquement une fois celle-ci finit.
* Ne serait-il pas possible de le faire automatiquement ? Dans ce cas, on crash ou on obstrue le serveur car il y en aurait pour très longtemps (et ce n'est pas pour aller en s'améliorant.
* Ne lancer que sur les XXX analyses les plus récentes ?
* Avoir un bouton spécifique dans la page du set sans avoir a relancer une analyse ? Ce bouton ne serait disponible que si la version du fuse est différente par exemple ?
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4557Avoir un champ type "created/uploaded_time" pour les sets, les samples ?2021-04-20T10:24:36+02:00Mathieu GiraudAvoir un champ type "created/uploaded_time" pour les sets, les samples ?Évoqué ce midi, à propos de !837 : avoir un nouveau champ en BD. Que veut-on exactement ? Création, upload ?
cc @duez @flothoniÉvoqué ce midi, à propos de !837 : avoir un nouveau champ en BD. Que veut-on exactement ? Création, upload ?
cc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4550task.py devrait accéder à un dictionnaire pour les (pre-, post-)process, voir...2020-11-13T20:03:34+01:00Mathieu Giraudtask.py devrait accéder à un dictionnaire pour les (pre-, post-)process, voire pour les process ?Suggestion de @duez : un dictionnaire dans `defs.py`, on ne devrait pas avoir à changer `task.py` pour un nouveau pré/post-process qui est juste "une commande à trous" (possiblement avec wrapper)
Discussion avec @duez / @flothoni : les ...Suggestion de @duez : un dictionnaire dans `defs.py`, on ne devrait pas avoir à changer `task.py` pour un nouveau pré/post-process qui est juste "une commande à trous" (possiblement avec wrapper)
Discussion avec @duez / @flothoni : les tasks demandent plus de choses... mais ne faudrait-il pas un wrapper autour de vidjil-algo ou d'autres tâches pour que ~"server-task.py" ne s'occupe que du scheduling ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4538Devrait-on toujours lancer le fuse quand il y a de très nombreux échantillons ?2023-11-09T11:04:58+01:00Mathieu GiraudDevrait-on toujours lancer le fuse quand il y a de très nombreux échantillons ?Combien de temps prend un ~"server-fuse" sur 50+ échantillons qui seraient dans un même run ? Souhaite-t-on toujours le garder ? (Sinon, on ne visualise plus les résultats, mais veut-on inciter à visualiser dans le client autant de résul...Combien de temps prend un ~"server-fuse" sur 50+ échantillons qui seraient dans un même run ? Souhaite-t-on toujours le garder ? (Sinon, on ne visualise plus les résultats, mais veut-on inciter à visualiser dans le client autant de résultats ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4529vmi et fenêtre serveur2020-11-13T19:34:10+01:00Mathieu Giraudvmi et fenêtre serveurLa fenêtre serveur pourrait être une vue de ~"vmi-responsive".
Derrière reflexion sur modal (cc @flothoni), que j'aimerais pouvoir éviter, mais à voir si cela fait sens.La fenêtre serveur pourrait être une vue de ~"vmi-responsive".
Derrière reflexion sur modal (cc @flothoni), que j'aimerais pouvoir éviter, mais à voir si cela fait sens.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4520visu3/sp2 : quels presets ?2020-10-13T18:51:49+02:00Mathieu Giraudvisu3/sp2 : quels presets ?Fait partie de #4513.
On a actuellement les mêmes presets... mais entre une vue plutôt "horizontale" pour sp1 (2x1 ou 3x1), ici c'est franchement "vertical" (1x2 ?).
Ne pas proposer `MODE_BAR` pour visu3/sp2 ? Vu le faible espace x dis...Fait partie de #4513.
On a actuellement les mêmes presets... mais entre une vue plutôt "horizontale" pour sp1 (2x1 ou 3x1), ici c'est franchement "vertical" (1x2 ?).
Ne pas proposer `MODE_BAR` pour visu3/sp2 ? Vu le faible espace x disponible, c'est plus dur d'avoir des choses pertinentes ?
Ou prévoir des presets adaptés ? (Ou d'autres vues :imp:)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4518vmi et raccourcis claviers2020-10-13T18:43:39+02:00Mathieu Giraudvmi et raccourcis claviers
Quels raccourcis seraient utiles après #4512/#4513 ?
Voir aussi #1227, #4517
Quels raccourcis seraient utiles après #4512/#4513 ?
Voir aussi #1227, #4517https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4511Utiliser un framework javascript ?2022-02-19T14:21:20+01:00Mathieu GiraudUtiliser un framework javascript ?Mentionné ces derniers temps à la fois avec @duez et @flothoni, et discussion qui date de plusieurs années : prend-on un jour une décision d'utiliser un framework ? (curieux qu'il n'y ait pas déjà d'autres issues là-dessus).
- Bootstra...Mentionné ces derniers temps à la fois avec @duez et @flothoni, et discussion qui date de plusieurs années : prend-on un jour une décision d'utiliser un framework ? (curieux qu'il n'y ait pas déjà d'autres issues là-dessus).
- Bootstrap (a priori non)
- Angular
- React
- Vue
- ...
Pourquoi pas, mais décision lourde à débattre / comparer les possibilités / ...
Les choses déjà actées :
- chart.js est en cours d'évaluation par ~"app-stats", on verra si on l'utilise plus largement
- pour le côté responsive/gestion des vues, en ce moment ~"vmi-responsive"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4510docker/.../defs{,_http}.py et defs.py.sample2021-10-06T17:32:00+02:00Mathieu Girauddocker/.../defs{,_http}.py et defs.py.sampleLe `defs.py.sample` se retrouve -- partiellement -- dans le `defs.py` de `docker/` sur lequel sont basés notre docker et nos tests. On ne peut pas le copier directement, il y a certains réglages... mais cela fait que `defs.py.sample` n'e...Le `defs.py.sample` se retrouve -- partiellement -- dans le `defs.py` de `docker/` sur lequel sont basés notre docker et nos tests. On ne peut pas le copier directement, il y a certains réglages... mais cela fait que `defs.py.sample` n'est pas vraiment testé, et rend plus difficile le suivi des changements Docker #XXXX.
Ne devrait-on pas plutôt conserver dans `docker/` un patch de `defs.py.sample` et l'appliquer pour générer `docker/.../defs.py` ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4504Mieux fragmenter le tutorial ?2022-05-20T11:23:13+02:00Mathieu GiraudMieux fragmenter le tutorial ?
En 2019, nous avions fait "Day 1" et "Day 2", en ne donnant pas tout d'un coup. En 2020, on a donné les 11 pages, je ne suis pas sûr que cette taille incite à tout faire.
Générer deux (ou trois) .pdf indépendants, avec des noms adapté...
En 2019, nous avions fait "Day 1" et "Day 2", en ne donnant pas tout d'un coup. En 2020, on a donné les 11 pages, je ne suis pas sûr que cette taille incite à tout faire.
Générer deux (ou trois) .pdf indépendants, avec des noms adaptés, et les référencer tels quels depuis www.vidjil.org/doc ?
Derrière, penser chacun des 2-3 tutoriaux comme indépendants, pouvant être fait sans faire le reste ?
cc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4501Voir plusieurs échantillons sans les impacts croisés2020-09-29T17:26:38+02:00Mathieu GiraudVoir plusieurs échantillons sans les impacts croisés
Une autre manière que #2442, mais pas forcément souhaitable.
Une autre manière que #2442, mais pas forcément souhaitable.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4482Avoir un process de déploiement / création d'images Docker2023-03-28T16:10:24+02:00Mathieu GiraudAvoir un process de déploiement / création d'images Docker
En particulier, quand devons-nous éditer `docker/CHANGELOG` ?
Un MR template ?
En particulier, quand devons-nous éditer `docker/CHANGELOG` ?
Un MR template ?Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4474clipboard.js : faire Ctrl-V dans un patient/run/set quand il y a du .csv dev...2020-09-22T09:48:51+02:00Mathieu Giraudclipboard.js : faire Ctrl-V dans un patient/run/set quand il y a du .csv devrait créer un/des patient(s)/run(s)/set(s)
Suggestion de @mikael-s
À rediscuter, peut être sympa, à voir en tout cas après !783 et déploiement/retour des usagers.
Suggestion de @mikael-s
À rediscuter, peut être sympa, à voir en tout cas après !783 et déploiement/retour des usagers.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4454Index d'overlaps: une seule fonction dans fuse.py ?2020-09-03T17:21:27+02:00Mathieu GiraudIndex d'overlaps: une seule fonction dans fuse.py ?Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/465#note_370823
@mikael-s, ton avis ?
cc @flothoniVoir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/465#note_370823
@mikael-s, ton avis ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4452Sample metadata: How could we specify in a .vidjil file that a sample is a di...2020-08-05T15:10:21+02:00Mathieu GiraudSample metadata: How could we specify in a .vidjil file that a sample is a diagnosis sample?Or that it has other tags/properties ?
@flothoni : "see also !654"Or that it has other tags/properties ?
@flothoni : "see also !654"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4449Graphe : avoir des exports png/svg plus beaux2020-08-04T10:09:28+02:00Mathieu GiraudGraphe : avoir des exports png/svg plus beauxLes export `png` ne font pas très propres quand on les inclut dans un article.
Certes, avoir de nouveau un export `svg` #3464 améliorerait déjà les choses, et permettrait de retravailler à volonté, mais on pourrait proposer un export pl...Les export `png` ne font pas très propres quand on les inclut dans un article.
Certes, avoir de nouveau un export `svg` #3464 améliorerait déjà les choses, et permettrait de retravailler à volonté, mais on pourrait proposer un export plus propre par défaut (même si ce ne sera jamais "parfait").
Je parle ici du ~"client-graph".
Ne faudrait-il pas retravailler le ~"client-less-css" du svg ? Les lignes qui servent à représenter les clones qui n'apparaissent qu'une seule fois sont elles pertinentes en export ? Mettre des points/croix pour les clones ?
Fonte : avoir quelque chose de plus neutre que notre fonte par défaut ?
Légendes du ~"client-graph" : mettre plus d'informations, comme dans !747 ? Et #1951.
Des éléments à supprimer toujours/parfois ? #4448, #4201 ?
Et le format : le "wide" du `graph.resize(1400,800)` en dur est trop espacé s'il n'y a que 2 ou 3 samples. Dynamique par rapport au nombre de samples ?
cc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4419Taille des sorties / utilisation du disque dans un serveur, particulièrement ...2020-07-31T17:52:24+02:00Mathieu GiraudTaille des sorties / utilisation du disque dans un serveur, particulièrement en -y allBeaucoup d'issues ces derniers temps sur la taille des sorties et l'occupation du disque en `-y all`.
Issue ici pour faire le point, que ce soit sur les choses déjà faites ou les choses possibles.
cc @flothoni @mikael-s
Sur un lanceme...Beaucoup d'issues ces derniers temps sur la taille des sorties et l'occupation du disque en `-y all`.
Issue ici pour faire le point, que ce soit sur les choses déjà faites ou les choses possibles.
cc @flothoni @mikael-s
Sur un lancement de `vidjil-algo`, indépendament de tout ~server :
- --no-windows, --no-airr, --no-windows #3861
- clone.fa #4386
- .vdj.fa #4387 (et #3795)
- .vidjil allégé #4036 (#4334, #4343)
- .vidjil.gz #4253
Sur interaction avec ~"server-database" / ~"server-hosting" :
- vijdil.gz #2015 (après #4254)
- supprimer .vidjil après insertion dans db #4388
- nettoyer régulièrement `/tmp/` vdj#1083.
Documenter également cela:
- pour vidjil-algo, 1 sample
- pour "server requirements"
Avec 2020.06, sur `-g germline/homo-sapiens.g -r 1 -y all` (pas fait `-3` ou autre, mais cela devrait être négligeable)
Autres colonnes/lignes bienvenues.
| | S22 | L3.0 | lil #4386
| ---- | ------ | ------ | ------ |
| *.fasta.gz* |*405 KB*| -- |
| *.fastq.gz* | -- |*308 MB*|
| .vidjil | 16 MB | 180 MB |
| .tsv | 3.3 MB | 30 MB |
| .vdj.fa | 3.5 MB | 56 MB |
| .windows.fa | 726 KB | 7.1 MB |
| seq/* | 43 MB | 415 MB | 15.1 GB
| total | 66 MB | 687 MB | 27.3 GB
| ---- | ------ | ------ |
| .vidjil.gz | 980 K | 15 MB |
Et .edges et .log sont négligeables.
(au passage, `--gz` et gzip du fichier .vidjil donnent en gros la même taille... mais pas exactement le même fichier)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4399cluster by size2020-07-09T13:35:33+02:00Mathieu Giraudcluster by sizeEn particulier dans le preset "compare two samples", on a plein de clones arrivant au même endroit. On aimerait parfois les regrouper. Ne pourrait-on pas avoir un `cluster by size`, qui, d'un coup, regrouperait les clones de taille `[0.1...En particulier dans le preset "compare two samples", on a plein de clones arrivant au même endroit. On aimerait parfois les regrouper. Ne pourrait-on pas avoir un `cluster by size`, qui, d'un coup, regrouperait les clones de taille `[0.1%, 1%[`, `[0.01%, 0.1%[`, ... ? Ceux au-dessus de 1%, il y en a peu, on pourrait les laisser seuls.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4371Pouvoir figer ou versionner les configs pour qualification2021-02-24T16:54:53+01:00Mathieu GiraudPouvoir figer ou versionner les configs pour qualificationQuelques réflexions suite à la discussion de hier: dans l'esprit d'une qualification, on doit pouvoir précisément tracer la ~"server-config".
Une possibilité est de pouvoir *figer* les ~"server-config": un champ booléen "figé".
C'est un...Quelques réflexions suite à la discussion de hier: dans l'esprit d'une qualification, on doit pouvoir précisément tracer la ~"server-config".
Une possibilité est de pouvoir *figer* les ~"server-config": un champ booléen "figé".
C'est une action manuelle, par les ~"server-admin", de figer une config. Une config figée est... figée, elle ne peut plus être modifiée dans l'interface. On pourrait toujours la dupliquer pour modifier quelque chose. Une config figée apparaît avec par exemple avec un "*" dans la liste.
Une config figée ne peut pas se supprimer dans l'interface, mais elle peut se désactiver: elle n'apparaît plus dans la liste des configs, ou en tout cas pas dans la liste principale. Concrètement, cela peut juste vouloir changer la *classification* de la config, qui elle n'est pas figée. (Et permettre d'accéder à des résultats de config, même si on ne peut plus relancer, avoir un booléen "désactivé" sur une classification, ou sur une config ?)
Peut-être peut-on tout de même renommer la config (genre "Human default (2019.05)" pour suivre les anciennes versions ?)
Autre solution évoquée: *versionner* les ~"server-config": ajouter un champ "date", un champ "previous_id", et, à chaque modification, ne pas écraser mais dupliquer. Aussi possible (génère un peu plus d'entrées quand on fait des tests)... mais ne me semble pas aussi fort que de figer (et l'usager ne se rend pas compte si on modifie quelque chose sans le prévenir).
cc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4343Blancs dans .vidjil ?2020-07-28T09:59:34+02:00Mathieu GiraudBlancs dans .vidjil ?Avec --gz cela change rien #2015, mais sinon en ce moment on a beaucoup de blancs.
Et c'est tout de même agréable de pouvoir lire un .vidjil.Avec --gz cela change rien #2015, mais sinon en ce moment on a beaucoup de blancs.
Et c'est tout de même agréable de pouvoir lire un .vidjil.