vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-11-23T15:43:40+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2567possibilité de revenir en arrière après normalisation2021-11-23T15:43:40+01:00Ghost Userpossibilité de revenir en arrière après normalisationIl pourrait etre utile de permettre un retour au valeur de base apres normalisation. avec peut etre un bouton annuler?Il pourrait etre utile de permettre un retour au valeur de base apres normalisation. avec peut etre un bouton annuler?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2566clareté de l'affichage de la normalisation2021-11-23T15:40:24+01:00Ghost Userclareté de l'affichage de la normalisationDans l'interface rien n'indique qu'une normalisation a eu lieu . Il pourrait etre interessant d'afficher le pourcentage normaliser tout en laissant affiché le pourcentage non normalisé.Dans l'interface rien n'indique qu'une normalisation a eu lieu . Il pourrait etre interessant d'afficher le pourcentage normaliser tout en laissant affiché le pourcentage non normalisé.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2536Faut-il maintenir un groupe vide2017-06-15T14:58:37+02:00Thonier FlorianFaut-il maintenir un groupe videVoilà le situation actuelle :
Un hôpital à 2 groupes, ingénieurs (avec l'ensemble des droits) et techniciens (sans le droits de sauvegarder les analyses)
Le premier comporte plusieurs membres, le second un seul.
On me demande de donne...Voilà le situation actuelle :
Un hôpital à 2 groupes, ingénieurs (avec l'ensemble des droits) et techniciens (sans le droits de sauvegarder les analyses)
Le premier comporte plusieurs membres, le second un seul.
On me demande de donner tous les droits à ce dernier membre. La question est donc de savoir si il vaut mieux que je déplace ce membre dans le groupe ingé qui ont tous les droits, et laisser un groupe vide derrière moi, ou bien de donner le droit manquant à ce second groupe, mais poser des soucis si un nouveau membre s'y rajoute.
Perso, je penche pour la première option. Vous êtes d'accord ?
@mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2495Retour à l'utilisateur à l'ouverture du compare sample/patients si de trop no...2021-11-23T16:42:53+01:00Thonier FlorianRetour à l'utilisateur à l'ouverture du compare sample/patients si de trop nombreux fichiersUne erreur liée à une incompréhension de ma part de la fonction m'a fait cliquer sur compare sample depuis la liste des patients. Or , vu le nombre de fichiers, j'ai ruiné le serveur, et comme je ne comprenais pas, j'ai cliqué une second...Une erreur liée à une incompréhension de ma part de la fonction m'a fait cliquer sur compare sample depuis la liste des patients. Or , vu le nombre de fichiers, j'ai ruiné le serveur, et comme je ne comprenais pas, j'ai cliqué une seconde fois ^^'
Il faudrait une alerte signalant que la charge sur de trop nombreux patients sera lourde pour le serveur, et demander confirmation.
Pourquoi pas en plus mettre la div "progress" si l'utilisateur valide son choix.
@RyanHerb @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2492mutliple_scatterplot : id des clones dans le dom2021-11-23T16:44:58+01:00Mathieu Giraudmutliple_scatterplot : id des clones dans le domDiscussion avec @heto et @RyanHerb : un des soucis vu par les tests fonctionnels (voir en particulier `clone_in_scatterplot` dans les tests) est qu'on va avoir plusieurs objets avec le même id type `circle45`. Ce n'est pas bien, des effe...Discussion avec @heto et @RyanHerb : un des soucis vu par les tests fonctionnels (voir en particulier `clone_in_scatterplot` dans les tests) est qu'on va avoir plusieurs objets avec le même id type `circle45`. Ce n'est pas bien, des effets bizarres peuvent survenir.
* Créer des ids différents ? `0circle45` ? Demande d'avoir un identifiant par `sp`.
* Utiliser des classes au lieu des ids ? Mais souci quand on clique dessus, est-on capable de savoir où on est ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2454Comparer des frameworks responsive2019-04-18T13:04:32+02:00Mathieu GiraudComparer des frameworks responsivecc @RyanHerb
Un côté Bootstrap/Foundation et un côte Skeleton/Xxxx/Xxxx...cc @RyanHerb
Un côté Bootstrap/Foundation et un côte Skeleton/Xxxx/Xxxx...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2446Extraire une vue Info de builder.js2017-06-07T14:25:30+02:00Mathieu GiraudExtraire une vue Info de builder.jsQue fait vraiment `builder.js` ? `Builder` est une vue, qui crée entre autres l’élément `#info`, mais pas que :
* il y a au moins la gestion `#visu-separator`/`#vertical-separator` (qui serait différente dans un ~"client-responsive")...Que fait vraiment `builder.js` ? `Builder` est une vue, qui crée entre autres l’élément `#info`, mais pas que :
* il y a au moins la gestion `#visu-separator`/`#vertical-separator` (qui serait différente dans un ~"client-responsive").
* et il y a aussi des choses pour le menu `#top-container`
Afin d’y voir plus clair, une possibilité serait déjà d’extraire une nouvelle vue appelée `Info` qui ne s'occuperait que de `#info`.
@heto, comme tu as mentionné il y a pas longtemps les `separator` et les vues, est-ce que c’est quelque chose qui te tenterait ? Avant de coder, ce serait bien d'en rediscuter déjà ici.
@RyanHerb, comme tu as pas mal touché de chose dans ce fichier, tu as peut-être d'autres idées ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2444Customisation du client pour certains utilisateurs ou groupes2021-04-17T06:24:27+02:00Mathieu GiraudCustomisation du client pour certains utilisateurs ou groupesPour #1684 ou d'autres, on pourrait être tenté de faire des axes d'analyse pour certains utilisateurs, non visibles des autres. Plus généralement, on aimerait aussi parfois donner "certaines" fonctionnalités à certains utilisateurs, qu'e...Pour #1684 ou d'autres, on pourrait être tenté de faire des axes d'analyse pour certains utilisateurs, non visibles des autres. Plus généralement, on aimerait aussi parfois donner "certaines" fonctionnalités à certains utilisateurs, qu'elles soient en développement ou pertinentes pour quelques utilisateurs (#2043). Le `devel-mode` et le `beta-mode` peuvent être une solution, mais ce n'est pas très flexible...
On pourrait donner accès à un autre client, statique, quelque part, avec du `.js` modifié. Ou souhaite-t-on pouvoir donner un bout de `.js` en fonction de l'utilisateur ? Le ~server serait agnostique par rapport à cela, on aurait juste un `lille.js` quelque part ? ou bien en champ un base de données ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2442Afficher un échantillon sans l'impact des autres échantillons2022-05-17T11:59:25+02:00Mathieu GiraudAfficher un échantillon sans l'impact des autres échantillonsUn échange avec Aurélie ~"LIL-Lille" a fait ressortir que le même échantillon (par exemple de diagnostic) est affiché différemment lorsqu'il est accompagné d'autres échantillons (par exemple de suivi).
C'est un point attendu vu le fonct...Un échange avec Aurélie ~"LIL-Lille" a fait ressortir que le même échantillon (par exemple de diagnostic) est affiché différemment lorsqu'il est accompagné d'autres échantillons (par exemple de suivi).
C'est un point attendu vu le fonctionnement de ~"server-fuse" , mais cela peut être trompeur pour l'usager (en particulier sur la qualification "polyclonal" d'un échantillon). @RyanHerb, pourrais-tu mettre la capture transmise par Aurélie (je ne la retrouve pas) ?
Laisse-t-on cela ainsi ? Aurait-on un moyen simple de voir un échantillon sans l'influence des autres ? Recalculer un top local, avoir un autre fonctionnement du slider ? Marquer d'une certaine manière certains clones dans le fuse ?Web 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2439Diminuer les heartbeats sur la BDD2024-02-06T12:00:08+01:00Mikaël SalsonDiminuer les heartbeats sur la BDDDans #1985 nous avions vu que de nombreuses requêtes étaient exécutées par Web2py pour vérifier si de nouvelles tâches étaient arrivées dans la file d'attente. On avait diminué l'intervalle de vérification pour alléger la pression sur la...Dans #1985 nous avions vu que de nombreuses requêtes étaient exécutées par Web2py pour vérifier si de nouvelles tâches étaient arrivées dans la file d'attente. On avait diminué l'intervalle de vérification pour alléger la pression sur la base de données.
Le [manuel de Web2py](http://web2py.com/books/default/chapter/29/04/the-core#queue_task-) dit ceci :
> Since version 2.4.1 if you pass an additional parameter immediate=True it will force the main worker to reassign tasks. Until 2.4.1, the worker checks for new tasks every 5 cycles (so, 5*heartbeats seconds). If you had an app that needed to check frequently for new tasks, to get a snappy behaviour you were forced to lower the heartbeat parameter, putting the db under pressure for no reason. With immediate=True you can force the check for new tasks: it will happen at most as heartbeat seconds are passed
N'aurait-on pas intérêt à mettre `immediate=True` pour toutes nos tâches ? Il n'y a pas un nombre tel de jobs que cela justifie d'interroger la base de données toutes les 2 ou 3 secondes. Ça aura en plus l'intérêt d'avoir des tâches plus rapidement assignées pour nos utilisateurs ?
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2433algo : mauvaise dénomination du Vh si séquence trop courte2021-11-23T16:33:29+01:00Thonier Florianalgo : mauvaise dénomination du Vh si séquence trop courteLors de tests de QC à Rennes, nous nous sommes aperçu que vidjil retournait anormalement beaucoup de V4-34 là ou il aurait du y avoir des V4-(59-61, ...).
Il se trouve que sur la portion des segments V séquencée est trop courte. Ainsi, ...Lors de tests de QC à Rennes, nous nous sommes aperçu que vidjil retournait anormalement beaucoup de V4-34 là ou il aurait du y avoir des V4-(59-61, ...).
Il se trouve que sur la portion des segments V séquencée est trop courte. Ainsi, on a une identité de 100% sur plusieurs segments, et nous pourrions faire la distinction uniquement sur des données plus longues.
Cependant, nous n'avons aucun retour à l'écran sur la compatibilité de la séquence avec de nombreux sous-segments. Il faudrait donc intégrer un tel retour. C'est d'ailleurs ce que semble faire immonuSeq lorsqu'il y a des incertitudes. Il donne le segment V inconnu, et il a un champs étiquette du segmentV (segmentV-tiles) avec une liste de segments compatibles.
Concrètement, pour de la clinique, on sais que le CDR3 que l'on trouve est bon, mais le design de l'AJO peut être biaisé par cette erreur. Pour la recherche, l’interprétation aussi, puisque nombre de séquences se retrouvent finalement regroupées sous les même segments alors qu'ils s sont peut-être différents dnas la séquence manquante (et n'ont donc pas la même signification biologique).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2426Ordre des chargements pour app.js/require.js2021-11-23T16:35:29+01:00Mathieu GiraudOrdre des chargements pour app.js/require.js@RyanHerb, dans 2c92e6e2, tu as amélioré l'ordre de chargement dans `app.js` pour #2412.
Est-ce que tu pourrais en profiter pour faire une autre passe pour se demander si tout est bien dans l'ordre ?
Par exemple, faudrait-il charger `m...@RyanHerb, dans 2c92e6e2, tu as amélioré l'ordre de chargement dans `app.js` pour #2412.
Est-ce que tu pourrais en profiter pour faire une autre passe pour se demander si tout est bien dans l'ordre ?
Par exemple, faudrait-il charger `model` et `model_loader` avant le reste ? D'autres choses ?
Si on fait cela, est-ce que cela aurait des conséquences sur la performance ?
Au passage, dans 6399680 j'ai mis à jour `require.js`, apparament cela a marché du premier coup.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2401Intégration de Axes() dans m (Model)2022-06-21T13:35:39+02:00Ghost UserIntégration de Axes() dans m (Model)Avec le temps, on sera sans doute de plus en plus amené à utiliser les axes fournis par `Axes.available`.
Mais il faut pour cela écrire quelque chose comme
```js
(new Axes(this.m)).available()
```
(avec souvent d'autres choses derrière...Avec le temps, on sera sans doute de plus en plus amené à utiliser les axes fournis par `Axes.available`.
Mais il faut pour cela écrire quelque chose comme
```js
(new Axes(this.m)).available()
```
(avec souvent d'autres choses derrière qui plus est). Ou bien la stocker dans une variable, mais qui ne sert pas vraiment.
Devoir créer une instance de `Axes` à la volée de cette façon à chaque fois ne me paraît pas très pertinent/élégant, notamment dans la mesure où elle peut tout à fait être unique, comme pour les vues.
Je me demande donc si il ne serait pas intéressant d'en faire un attribut de `Model`, `m.ax` par exemple, pour pouvoir la récupérer facilement.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2396Axes/colonne: recréer productif/IMGT2022-04-08T12:04:08+02:00Mathieu GiraudAxes/colonne: recréer productif/IMGTMettre les valeurs toIMGT dans des axes.
Voir aussi #2387
Vu avec @RyanHerb @hetoMettre les valeurs toIMGT dans des axes.
Voir aussi #2387
Vu avec @RyanHerb @hetoWeb 2017.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2357segmenteur, gènes VDJ : quels objets créer ?2017-05-15T17:27:02+02:00Mathieu Giraudsegmenteur, gènes VDJ : quels objets créer ?Réflexion technique pour #1925/#2137. Comment rajouter les gènes VDJ dans le segmenteur ?
- **Créer des clones.** Ces clones seraient créés (et supprimés) à la volée.
Non quantifiables (type #1921), mais aussi non affichées dans liste/...Réflexion technique pour #1925/#2137. Comment rajouter les gènes VDJ dans le segmenteur ?
- **Créer des clones.** Ces clones seraient créés (et supprimés) à la volée.
Non quantifiables (type #1921), mais aussi non affichées dans liste/plot/graphe. Peut-être même non sélectionnables et non sélectionnés (mais le segmenteur les affiche). En tout cas cela permet une vue uniforme clones/gènes, les séquences s'affichent naturellement dans le segmenteur, modulo #2354/#2355. C'est l’occasion (pas facile) d’aller au bout de #1921 et de faire que les "clones" sont des objets génériques affichés ou pas dans certaines vues. Voir aussi ce qui s'affiche "à gauche" de la séquence (#1763/#2175).
- **Étendre highlight.**
Ce qui concerne ci-dessus les vues autre que le segmenteur ne se retrouve pas (mais on perd la possibilité d’utiliser les gènes VDJ dans d'autres vues.). Pour l'instant les highlights sont attachés à un clone : #2354/#2355 demandent alors une refonte complète (pas facile) de l'affichage des highlights (ce qui peut être une bonne chose), mais on risque de perdre la signification d'un highlight. Nécessite #1982 (quoique, si ce sont des séquenes de même taille), mais pas de soucis pour #1763/#2175.
- **Créer un nouvel objet à la fois pour les clones et les gènes VDJ.**
Cet objet "sequence" pourrait ressembler à un highlight étendu (mais les highlights resteraient par clone/gène VDJ, plus cohérent). Uniformise l'affichage des séquences comme dans la première solution mais ne nécessite pas de gérer les autres vues à la #1921. Demande tout de même de réfléchir à #1763/#2175.
Dans tous les cas, implique une certaine dose de ~"dev-refactor".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2351Comment désactiver un compte ? Le retirer d'un groupe ?2020-06-10T22:16:52+02:00Mikaël SalsonComment désactiver un compte ? Le retirer d'un groupe ?Discussion avec @flothoni à propos d'un compte utilisateur à désactiver :
> pour le compte […] qui doit être
> désactivé, on peux se contenter de lui retirer les droits d'accès à tous
> les groupes sans pour autant lui effacé son c...Discussion avec @flothoni à propos d'un compte utilisateur à désactiver :
> pour le compte […] qui doit être
> désactivé, on peux se contenter de lui retirer les droits d'accès à tous
> les groupes sans pour autant lui effacé son compte non ? Cela assure un
> backup si pour une raison ou une autre elle revient à avoir besoin d'un
> accès à son compte ?
>
> En fait, ça me pose une seconde question. Si elle est dans plusieurs
> groupes, le sien et celui de [son hôpital], comment sont réattribué ses
> fichiers si on l’efface ou la supprime du compte de [son hôpital]?
Quel processus pour désactiver un compte ? Le supprimer du groupe de son hôpital ne permettrait plus à son hôpital d'accéder aux fichiers uploadés par l'utilisatrice. On ne peut pas retirer tout droit à l'utilisatrice car les droits pertinents ici sont ceux du groupe.
Faut-il supprimer son mot de passe pour empêcher toute connection ?
@RyanHerb, expert des groupes ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2327Export csv : autres infos2022-06-20T17:03:49+02:00Mathieu GiraudExport csv : autres infosOn n'a pas touché à l'export csv depuis plus de deux ans (e8d2913, a8b354b4, f6de8a5b6e, de79ac2a).
Profiter de #2326 pour éventuellement rajouter d'autres choses.
Productivité ? Nom original ? D'autres idées ?
cc @RyanHerb @mikael-sOn n'a pas touché à l'export csv depuis plus de deux ans (e8d2913, a8b354b4, f6de8a5b6e, de79ac2a).
Profiter de #2326 pour éventuellement rajouter d'autres choses.
Productivité ? Nom original ? D'autres idées ?
cc @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2259Lancer tous les tests should-vdj avec une seule instance de Vidjil ?2022-02-16T16:22:00+01:00Mikaël SalsonLancer tous les tests should-vdj avec une seule instance de Vidjil ?J'anticipe que les tests avec Aho seront plus longs car :
1. la construction de l'automate est plus longue que de mettre des k-mers dans une table ;
2. la destruction de l'automate est assez longue (il faut parcourir l'automate en profo...J'anticipe que les tests avec Aho seront plus longs car :
1. la construction de l'automate est plus longue que de mettre des k-mers dans une table ;
2. la destruction de l'automate est assez longue (il faut parcourir l'automate en profondeur pour le détruire).
Ce n'est pas un problème en pratique car c'est bien l'étape d'analyse des données qui dominera largement le temps. Mais c'est un problème pour les tests car Vidjil est lancé très souvent avec un rechargement à chaque fois des germlines, surtout pour les should-vdj. Pourrait-on faire un gros fichier .fa concaténant tous les should-vdj et lancer Vidjil une seule fois dessus ?
cc @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2247Inventaire des warnings dans le fichier .vidjil et ailleurs2021-02-03T09:08:25+01:00Mathieu GiraudInventaire des warnings dans le fichier .vidjil et ailleursPour l'instant, on a quelques warnings par clone qui sont affichés, côté ~client, dans `builder.js`. On pourrait avoir un mécanisme plus général, pour afficher dans le ~client des warnings. Nous avons ajouté un champ `warn`) dans le `.v...Pour l'instant, on a quelques warnings par clone qui sont affichés, côté ~client, dans `builder.js`. On pourrait avoir un mécanisme plus général, pour afficher dans le ~client des warnings. Nous avons ajouté un champ `warn`) dans le `.vidjil, que ce soit par clone ou en global #2916. Mais cela ne suffit pas pour les ~"server-pre-process"...
Inventaire des warnings possibles, à compléter / discuter / implémenter -> https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/dev/doc/warnings.md
cc @mikael-s @RyanHerb @flothoniThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2244Deux scatterplots, en particulier lorsqu'il y a qu'un seul sample2017-11-18T12:24:04+01:00Mathieu GiraudDeux scatterplots, en particulier lorsqu'il y a qu'un seul sampleDiscuté avec @aurelBZH, @RyanHerb et @mikael-s il y a quelques jours, mais aussi il y a fort longtemps avec @Zeud.
On pourrait mettre deux scatterplots, typiquement pour avoir une vue "Genescan" en même temps qu'une vue grille "V/J". ...Discuté avec @aurelBZH, @RyanHerb et @mikael-s il y a quelques jours, mais aussi il y a fort longtemps avec @Zeud.
On pourrait mettre deux scatterplots, typiquement pour avoir une vue "Genescan" en même temps qu'une vue grille "V/J". Ce serait particulièrement pertinent pour l'affichage par défaut d'un seul sample (où, pour l'instant, le graphe est minimisé)... et donnerait plus d'informations à nos usagers d'un premier coup d'oeil pour les échantillons type diagnostic.
- Cela ferait en fait trois zones à droites (un graphe, deux scatterplots). N'oublions pas que le graphe est présent mais minimisé quand il n'y a qu'un point. Comment gérer cela ? Aller jusqu'à quelque chose de générique (`n` vues stackées, penser en particulier au responsive #1740 ?)
- Pour ~"client-api", quelque chose comme `plot2=x,y`
cc @flothoniWeb 2017.11