vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-06-23T11:34:52+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1567Splitter un clone / ré-analyser un sous-ensemble de reads2021-06-23T11:34:52+02:00Vidjil TeamSplitter un clone / ré-analyser un sous-ensemble de readsÉvoqué directement par Alice (et Matin il y a longtemps). Ma première réaction : non, l’algo ne marche pas comme cela !
Mais bon… si on est capable de récupérer les reads d’une fenêtre, on pourrait les ré-analyser avec d’autres paramètr...Évoqué directement par Alice (et Matin il y a longtemps). Ma première réaction : non, l’algo ne marche pas comme cela !
Mais bon… si on est capable de récupérer les reads d’une fenêtre, on pourrait les ré-analyser avec d’autres paramètres (par exemple un `-w 100` ou `200`, voire un `-w` égal à la taille du read, comme dans l'option `-!`),voire avec un autre programme... le browser n’y verrait que du feu, on pourrait avoir des windows de taille différente. Au final, ce serait un bouton « split to reads ».
On s’éloigne de la philosophie de l’algo, mais pourquoi pas ? D’ailleurs, si certains reads sont trouvés par d’autres méthodes (grep, séquences connues, xxx, autre heuristique, autre logiciel…), leur id va peut-être varier.
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Marc: "Cela pourrait aussi être fait directement dans la première passe de Vidjil. On détecte mauvais coverage/..., et on applique d'autres paramètres"
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Avec les données de la Pitié on a tendance à rassembler des choses qui ne devraient pas l'être. Il serait bien que la taille de la fenêtre s'adapte automatiquement aux données, sans avoir à relancer le jeu de données en tâtonnant pour savoir quelle taille de fenêtre est la mieux (une puissance de 10 ou pas ? ;) )
Exemple de jeu où on fait n'importe quoi avec la taille de fenêtre par défaut : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=914&config=26
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Argh... je pensais à cette tâche justement en voyant votre échange de mail...
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1561.vidjil : pouvoir stocker plusieurs gènes D2020-12-11T13:11:20+01:00Vidjil Team.vidjil : pouvoir stocker plusieurs gènes DLe fichier .vidjil ne permet de stocker qu'un gène 5', « 4' » et 3'. On pourrait en avoir plusieurs (c'est au moins vrai pour le « 4' », mais tant qu'à le gérer pour celui-là autant le faire pour les autres aussi). Ça veut dire avoir des...Le fichier .vidjil ne permet de stocker qu'un gène 5', « 4' » et 3'. On pourrait en avoir plusieurs (c'est au moins vrai pour le « 4' », mais tant qu'à le gérer pour celui-là autant le faire pour les autres aussi). Ça veut dire avoir des listes pour "5", "4" et "3" ( avec les "start" et "end" à l'intérieur) ?
D'ailleurs le nombre de délétions n'est jamais stocké explicitement dans un champ à part : il apparaît dans le nom de la segmentation mais c'est tout. Une occasion pour l'ajouter ?
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évoqué vendredi dernier. Pas facile, faire du 4b (et éventuellement 4c ?)
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1559model.js et vues: updateXxx(), découpage judicieux ?2019-11-04T06:50:47+01:00Vidjil Teammodel.js et vues: updateXxx(), découpage judicieux ?La doc devrait mieux expliquer le fonctionnement de `update()` / `updateModel()` / `updateElem()` / `updateElemStyle()` / `updateStyle()` et surtout leur relation entre eux. Je ne sais pas si c'est dans chaque fonction, ou plutôt au débu...La doc devrait mieux expliquer le fonctionnement de `update()` / `updateModel()` / `updateElem()` / `updateElemStyle()` / `updateStyle()` et surtout leur relation entre eux. Je ne sais pas si c'est dans chaque fonction, ou plutôt au début de `model.js`,
J'ai par exemple du mal à comprendre pourquoi `updateModel()` est appelé par certaines fonctions.
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1554Pourcentages par système en bas à droite2023-06-29T14:59:02+02:00Vidjil TeamPourcentages par système en bas à droitepas si simple
getPrintableSize() est défini dans clone.js, ok si tous les clones viennent du même système.
Que faire si on sélectionne des clones de plusieurs systèmes différents ? (Dans ce cas, n'avoir que le % global ?) (sauf si même...pas si simple
getPrintableSize() est défini dans clone.js, ok si tous les clones viennent du même système.
Que faire si on sélectionne des clones de plusieurs systèmes différents ? (Dans ce cas, n'avoir que le % global ?) (sauf si même groupe de système)
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Bof… c'est une infomation qu'on a si on se concentre sur un seul système. Et si on commence à afficher plein de pourcentages (global, par système, par système similaires…) ça va commencer à ne plus être très lisible (et pourquoi l'afficher ici mais pas dans la liste ?).
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à inclure dans la réflexion sur en bas à droite.
C'est fait pour l'instant s'il y a qu'un système, à voir si cela pourrait être amélioré.
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http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=297&config=11 sélectionner le clone avec l'intron.
C'est sur deux lignes (ce qui décale le segmenteur), pas super lisible et on se retrouve avec trois pourcentages dont on ne comprend pas bien à quoi ils correspondent
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1553Changer le germline d'un clone2017-12-04T14:55:54+01:00Vidjil TeamChanger le germline d'un cloneCela permettrait de répondre à plusieurs questions :
- bouger des clones mal affectés, en récupérer (xxx > IGH+)
- et ignorer vraiment des clones dont on ne veut pas (un locus > xxx)
1) Si c'est dans le .analysis, est-ce que l'info pa...Cela permettrait de répondre à plusieurs questions :
- bouger des clones mal affectés, en récupérer (xxx > IGH+)
- et ignorer vraiment des clones dont on ne veut pas (un locus > xxx)
1) Si c'est dans le .analysis, est-ce que l'info passe bien ?
2) Quelle procédure pour changer ? (réfléchir aussi au changement de V / de J, peut-être dans le info)
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pour 2), le germline apparait maintenant dans getInfoHtml, ce serait le bon endroit pour avoir un bouton pour éditer
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Marc : « en soit c'est facile, mais ça change toutes les stats et il faudrait la sauvegarder ou rejouer le changement »
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Marc : « il crée la liste des gènes en fonction des gènes réellement utilisés. C'est fait à chaque fois qu'on change de germline. Il faudrait relancer la fonction qui calcule cela quand on change le germline d'un clone. »
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Dépend de « changer les gènes V/D/J d'un clone » : https://www.producteev.com/workspace/t/555b3f53b1fa09245f000000
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Vu ensemble : ok, bien, n'afficher les listes déroulantes que lorsqu'on clique sur un bouton "edit" dans la barre de titre "segmentation"
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fait.
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voir les changments de stats induits
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Parfait, merci !
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e105a41: Je viens de faire en sorte que le bouton ne soit visible que lorsqu'on est en mode développement (faire Ctrl-A). J'ai en effet besoin de mettre à jour le browser sur rbx et d'utiliser master.
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Oups... tu as commité des choses aujourd'hui dans "florian", mais sans récupérer avant ce que j'avais mis dans "master" hier... cela sent le conflit lorsque tu vas devoir merger...
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Euh... en fait non, ton dernier commit 9b1ea5b est bien une reprise de ce qui est dans master... mais c'est bizarre, ce n'est pas un commit de merge. On en discutera demain.
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... en tout cas c'est très joli comme cela !
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@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1547Mettre plus de tags (couleurs) sur les clones (v2)2022-06-15T11:16:31+02:00Vidjil TeamMettre plus de tags (couleurs) sur les clones (v2)Alice n'a pas assez de choix dans les couleurs. Un menu avec 16 couleurs rique d'être un peu long… Si on fixe les couleurs attention à toujours avoir des couleurs daltonien compliant.
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Dégradé de couleur par système ? Pour s'y retrouv...Alice n'a pas assez de choix dans les couleurs. Un menu avec 16 couleurs rique d'être un peu long… Si on fixe les couleurs attention à toujours avoir des couleurs daltonien compliant.
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Dégradé de couleur par système ? Pour s'y retrouver dans tous ses clones
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En mono-système, le système actuel est le bon.
En multi...
Une solution pourrait être d'avoir toujours des labels "sémantiques" (clone 1 / clone 2 / clone 3 / standard ....) mais de multiplier cela par les couleurs de système.
Quelques part ce serait même plus logique, cela ferait un seul système de couleur pour tout, au lieu de deux (icônes locus + tags.)
On pourrait d'ailleurs ne multiplier que par 3-4 labels, et avoir des gris/noir pour les trucs autres.
Mais faire tout cela serait peut-être dommage pour le cas mono-système.
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@nobodyWeb 2022.05Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1535Sélection par colonne/ligne et clones invisibles2016-11-29T14:37:35+01:00Vidjil TeamSélection par colonne/ligne et clones invisiblesActuellement, la sélection par colonne/ligne sélectionne aussi les clones pas visibles (par exemple parce que le top est trop bas, mais peut-être aussi filter ?).
Discuter ensemble avant de changer, voir si ce qui est souhaitable ou non...Actuellement, la sélection par colonne/ligne sélectionne aussi les clones pas visibles (par exemple parce que le top est trop bas, mais peut-être aussi filter ?).
Discuter ensemble avant de changer, voir si ce qui est souhaitable ou non.
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commit a6f43b
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1527Coding practice: que met-on dans le contrôleur ?2016-11-30T20:36:26+01:00Vidjil TeamCoding practice: que met-on dans le contrôleur ?Il y a des requêtes BDD dans les contrôleurs. Est-ce vraiment leur place ? Ne faudrait-il pas mettre les requêtes dans les modèles ?
Ne faudrait-il pas découper aussi la partie récupération des paramètres (request.vars) du code lui-même...Il y a des requêtes BDD dans les contrôleurs. Est-ce vraiment leur place ? Ne faudrait-il pas mettre les requêtes dans les modèles ?
Ne faudrait-il pas découper aussi la partie récupération des paramètres (request.vars) du code lui-même ? En gros avoir des fonctions indépendantes de request.vars qui pourraient être utilisées indépendamment de requêtes POST/GET (par exemple dans les scripts).
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“Put stuff in models if:
Have something to do with accessing db data or helpers for visualizing db data
They consist of a one single file with no dependences
The code only makes sense inside a web2py app and I would not be reusing it outside web2py
[…]
Put stuff in modules if:
The do not require access to request, response, cache, session and thus can be used with ot without web2py .
They consist of multiple files
I need them only in some (but not all) controller functions.”
https://web2py.wordpress.com/2010/04/27/web2py-zen/
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1526Coding practise: Releases régulières, freeze du code, déploiement2020-06-10T08:32:41+02:00Vidjil TeamCoding practise: Releases régulières, freeze du code, déploiementEst-ce que cela vaut le coup de définir un peu mieux notre politique de release, sans tomber dans une usine à gaz ?
Plusieurs projets open-source ont pour politique de faire les grosses modifs *juste après chaque release* … De notre cô...Est-ce que cela vaut le coup de définir un peu mieux notre politique de release, sans tomber dans une usine à gaz ?
Plusieurs projets open-source ont pour politique de faire les grosses modifs *juste après chaque release* … De notre côté, si on fait des releases en début de mois, on pourrait décider d'arriver vers le 15/20 du mois à quelque chose de « stable » au niveau des fonctionnalités d'analyse, et ne pas publier de release avant d’avoir 1-2 semaines d’habitude sur cette version plus ou moins freezée.
Et d’ailleurs, est-ce que cela sert de faire tant de releases ? On peut dire oui… si nous en sommes nos premiers utilisateurs : ce serait bien plus stable (et maintenable à long terme) si on reste 1 mois sur la même version sur le serveur. On en est à 7 jours aujourd'hui, on n'a jamais tenu aussi longtemps !
Ce mois de stabilité pourrait devenir une règle, quitte à avoir une config « vidjil-dev » qui lance un autre exécutable Vidjil (et on dirait explicitement aux utilisateurs que c'est une config de test).
***
« et ne pas publier de release avant d’avoir 1-2 semaines d’habitude sur cette version plus ou moins freezée. » oui, si c'est associé avec la config vidjil-dev (et qu'on l'utilise vraiment) pour qu'on se rende compte des problèmes dans la version de vidjil.
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vidjil-dev : pas si évident. Il faudrait que ce soit considéré comme un logiciel à part pour le serveur (pour l'instant on a un chemin vers l'exécutable vidjil).
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oui, tout à fait. Donc une entrée de plus dans defs.py.
Un jour, nous aurons miTCR, TCRKlass... on doit pouvoir être générique, on commence soft en changeant juste l'exécutable :)
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Plutôt que d'avoir une autre constante, il vaut mieux un dico des logiciels dispos et de leurs chemins…
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oui (mais à terme, cela demandera aussi un autre controlleur pour miTCR, pas besoin pour l'instant)
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« et ne pas publier de release avant d’avoir 1-2 semaines d’habitude sur cette version plus ou moins freezée. »
Je suis toujours d'accord avec ça mais on ne le fait pas.
Avoir une branche release_candidate qui chaque mois est remise à jour depuis dev. Seules les corrections de bug sont autorisées sur cette branche et la config vidjil-dev sur le serveur devrait être un vidjil compilé sur cette branche-là. Quand on veut faire une release, on la merge depuis master.
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ok pour le principe. Sur release-candidate, uniquement des corrections de bug (ce qui veut dire avec test obligé)... mais aussi documentation et tests éventuellement.
Donc trois branches : dev / master / release-candidate ?
Ou peut-on faire avec deux branches seulement : master / release-candidate (on release directement depuis release-candidate) + dev s'il y a des choses qui ne sont pas mûrs pour aller dans master.
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J'avais ça en tête évidemment : http://nvie.com/posts/a-successful-git-branching-model/
Ça me fait bizarre de penser que les releases ne seraient pas sur master (au moment où on fait la release, il pourrait s'être passé plein de choses sur master qui ne sont pas dans la release, plus les corrections de bugs qui sont communes).
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Oui, exactement pour le modèle. Cela va changer les habitudes de tous (branche principale = dev).
Planning accéléré pour ce coup-ci : ce soir, release-candidate est branché.
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release-candidate est branché... il faut tester depuis Jenkins. Est-ce possible sans dupliquer des jobs ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1525Pertinence du “day after first sample” par défaut ?2016-11-29T14:37:27+01:00Vidjil TeamPertinence du “day after first sample” par défaut ?On a plein de jeux de données pour lesquels les dates de sample sont bidons. Du coup l'échelle donnée sur le graph n'est pas informative et un utilisateur ne connaissant pas bien le browser ne saura pas à quoi correspondent ces points. E...On a plein de jeux de données pour lesquels les dates de sample sont bidons. Du coup l'échelle donnée sur le graph n'est pas informative et un utilisateur ne connaissant pas bien le browser ne saura pas à quoi correspondent ces points. Exemple : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=394&config=25 on a trois +3 ce qui nous donne zéro information.
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Mmm... mais pour nos utilisateurs MRD (Lille, Rennes), c'est le bon choix par défaut.
Ne faudrait-il pas plutôt rendre la date optionnelle, et ne faire que "day after first sample" que s'il y a des dates ? (Comme d'hab, cela pose le pb de la transition, mais c'est un autre pb)
***
Enfin nos utilisateurs MRD ne font pas de la MRD (pour l'instant)… Quel pourcentage des patients avec au moins 2 points sont en MRD ? à part nos patients pour l'article, je ne suis pas sûr qu'on en ait. Les patients de Rennes non plus n'ont pas l'info : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=219&config=11 ou http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=214&config=22
On peut toujours changer le statut obligatoire de la date mais maintenant que les utilisateurs sont habitués à la mettre, ils risquent de continuer.
***
J'ai l'impression que c'est fait, non ?
***
depuis 9aa52e6, s'il manque une date, ce n'est plus "day after first sample"
***
Hmm… non même s'il y a une date (qui semble bidon) il y a des cas où on affiche le nom du sample. Ex : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=481&config=26 (il y a bien des dates de sample, mais ce sont les deux mêmes). Perso, ça me convient. Et on a toujours le day after first sample dans les cas où les dates sont bien renseignées : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=68&config=7
***
C'était déjà le cas avant : si les différences de dates sont < 2 jours, c'est que c'est bidon, on n'affiche pas les dates (et on ne time-scale pas l'axe X)
graph.js :
/* only if there are enough different dates */
if ((deltas.min >= 0) && (deltas.max >= 2))
***
Aaah… ce qui avait motivé ma tâche c'était ce jeu : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=394&config=25
La différence est de 3 jours :)
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1508Avoir une méthode non bloquante pour 'compare patient'2018-02-23T10:04:51+01:00Vidjil TeamAvoir une méthode non bloquante pour 'compare patient'Si vraiment cela bloque tout (les autres utilisateurs aussi ?), c'est un bug gênant :)
***
Par exemple, pour s'amuser à bloquer les autres, aller sur cette URL : http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=2008&custom=2005&custom=2002&custom=1...Si vraiment cela bloque tout (les autres utilisateurs aussi ?), c'est un bug gênant :)
***
Par exemple, pour s'amuser à bloquer les autres, aller sur cette URL : http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=2008&custom=2005&custom=2002&custom=1912&custom=1901&custom=1904&custom=1898&custom=1895&custom=1891&custom=1889&custom=1877&custom=1874&custom=1871&custom=1867&custom=1865&custom=1862&custom=1857&custom=1854&custom=1840&custom=1834&custom=1705&custom=1927& (euh… pas trop souvent quand même)
***
Pourtant le nombre de processes est à 4 dans /etc/uwsgi/web2py.ini. Si un est bloqué ça ne devrait pas gêner les autres. Qu'est-ce qui les bloque ?
***
Serait-ce plus général ? Il y a en ce moment uwsgi qui tourne à 80% et mysql à 15% (depuis une dizaine de minutes) et rbx est complètement bloqué. J'ai lancé plusieurs Vidjil d'affilée mais rien d'autre sur le serveur. dev.vidjil.org continue à répondre.
***
Et réfléchir aussi à comment faire "grep reads" en non-bloquant...
Cela doit passer par task.py, avec création d'un objet Scheduler, non ?
***
à discuter ensemble. Même solution que le "get reads" ou pas ?
***
Le compare patient a son propre worker (sans utiliser le scheduler, pour ne pas rentrer en concurrence avec les autres tasks, on veut pas attendre 20 minutes ou interrompre une tache pour faire un compare patient).
le probleme actuel c'est que le serveur attend que le worker ai fini pour envoyer la réponse au browser.
2 solutions:
-le worker renvoie la réponse lui même au browser. (pas encore trouvé comment faire ...)
-le browser fait une 2eme requete pour récupérer le résultat stocké temporairement.
***
Rando 2016: Marc, ok depuis longtemps
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1507Mise en cache des requêtes, séparation requêtes affichage / droits2019-12-06T15:30:39+01:00Vidjil TeamMise en cache des requêtes, séparation requêtes affichage / droitsOptimiser les requêtes c'est bien, mais plus simplement est-ce que les mettre en cache ne suffirait pas à obtenir un gros gain de performance ?
cf. http://web2py.com/books/default/chapter/29/06/the-database-abstraction-layer#Caching-sele...Optimiser les requêtes c'est bien, mais plus simplement est-ce que les mettre en cache ne suffirait pas à obtenir un gros gain de performance ?
cf. http://web2py.com/books/default/chapter/29/06/the-database-abstraction-layer#Caching-selects
***
Intéressant. à voir comment on combine cela avec des modifs de la DB : un flag provenant du .js qui dit si l'utilisateur a modifié des choses ?
et peut-on utiliser `cacheable=True` indépendamment de cache, et est-ce que cela va plus vite ? Sur la liste des patients, on ne se sert des Row que comme affichage, pas comme modif.
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ping
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@Duez @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1448Séparation serveurs : app (html/js) // vda2017-11-22T12:48:32+01:00Vidjil TeamSéparation serveurs : app (html/js) // vdaFaudrait-il séparer (physiquement, virtuellement) les serveurs ?
- un qui ne fait que la db + browser
- un autre pour upload / vidjil, qui peut éventuellement ramer, mais qui ne bloque pas l'interaction des users avec la db et le b...Faudrait-il séparer (physiquement, virtuellement) les serveurs ?
- un qui ne fait que la db + browser
- un autre pour upload / vidjil, qui peut éventuellement ramer, mais qui ne bloque pas l'interaction des users avec la db et le browser
Juste une réflexion, on ne va pas se lancer là-dedans pour l'instant ! Et en plus, en production, ce n'est même pas dit que nos pb d'efficacité soient si importants, typiquement dans un hôpital il y aura 1 ou 2 utilisateurs, pas 100 simultanés :)
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1447Upload et 'Could not connect to database'2017-11-22T12:48:32+01:00Vidjil TeamUpload et 'Could not connect to database'Ce matin, j'ai eu un certain nombre de "Could not connect to database, please retry"... alors que la seule opération en cours était de l'upload par Lille. Massif certes, mais normalement ce n'est toujours que 2 fichiers à la fois. (Quoiq...Ce matin, j'ai eu un certain nombre de "Could not connect to database, please retry"... alors que la seule opération en cours était de l'upload par Lille. Massif certes, mais normalement ce n'est toujours que 2 fichiers à la fois. (Quoique, si plusieurs clients...)
Serait-ce souhaitable et possible d'isoler un peu plus l'upload côté serveur ?
Dans des workers dédiés ? Une autre solution ?
***
En repassant sur le serveur un peu plus tard, alors que celui-ci travaille bcp (plusieurs vidjil lancés, d'autres en attentes), mais pas d'upload, cela fonctionne bien mieux...
C'est une impression de ma part ou c'est vraiment l'upload qui est le facteur limitant pouvant ralentir le serveur ?
***
baissé. Sera fermé mi mai, on a moins de soucis en ce moment ?
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1446Priorités sur le serveur et 'Could not connect to database'2017-11-23T00:07:40+01:00Vidjil TeamPriorités sur le serveur et 'Could not connect to database'Comment faire pour que le côté database / browser fonctionne toujours bien, même quand c'est chargé ?
Faudrait-il mettre des priorités aux différentes tâches ?
Sans aller jusqu'à -20, mettre quelque chose
- pour les workers (avec le ser...Comment faire pour que le côté database / browser fonctionne toujours bien, même quand c'est chargé ?
Faudrait-il mettre des priorités aux différentes tâches ?
Sans aller jusqu'à -20, mettre quelque chose
- pour les workers (avec le serveur de dev, il peut y en avoir plus que 3 qui tournent au total)
- pour d'autre choses ?
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1435Nomenclature : locus, chain ?2016-11-29T14:36:17+01:00Vidjil TeamNomenclature : locus, chain ?Utiliser "system" ou "germline" n'est pas très universel. On ne va pas changer les objets dans notre code, mais pour l'utilisateur (et éventuellement pour format-analysis.org)
Possibilités :
- "locus", "chain"
- "target" (mais confus, c...Utiliser "system" ou "germline" n'est pas très universel. On ne va pas changer les objets dans notre code, mais pour l'utilisateur (et éventuellement pour format-analysis.org)
Possibilités :
- "locus", "chain"
- "target" (mais confus, cela peut vouioir aussi dire autre chose)
***
-> "Locus"
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1425Remplacer sqlite par autre chose ?2016-11-29T14:36:08+01:00Vidjil TeamRemplacer sqlite par autre chose ?Il y a eu encore ce matin des workers qui ne travaillaient plus. Je ne suis pas sûr que cela vient de "database is locked"... mais en tout cas, cela n'a pas l'air sain de continuer avec sqlite.
Avant de décider d'une transition (par exe...Il y a eu encore ce matin des workers qui ne travaillaient plus. Je ne suis pas sûr que cela vient de "database is locked"... mais en tout cas, cela n'a pas l'air sain de continuer avec sqlite.
Avant de décider d'une transition (par exemple vers MySQL), il faudra bien sûr faire attention, et tester un serveur qui tournerait sur une autre bd (sur une autre branche)
Marc pourra l'essayer de son côté, puis on pourra l'essayer sur le serveur de dev...
***
Les problèmes des workers étaient probablement dus à la modification des scripts dans /etc/init suite à l'introduction du fuse_server (ou des modifications postérieures qu'on a pu faire sur ces fichiers). Les workers n'étaient pas proprement relancés en cas de problème. Maintenant les workers et le fuse sont lancés dans deux scripts indépendants. On verra bien si le problème se renouvelle.
***
C'est donc acté, on remplace sqlite.
***
@magiraud @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1424Release / version du browser, js/version.js2017-03-14T11:41:54+01:00Vidjil TeamRelease / version du browser, js/version.jsPour ceux qui nous redistribuent (Galaxy, Nikos ?) ou qui tout simplement utilisent depuis le github, il faut un moyen de connaître leur version du browser.
On pourrait avoir un js/version.js similaire au algo/src/version.h :
- versio...Pour ceux qui nous redistribuent (Galaxy, Nikos ?) ou qui tout simplement utilisent depuis le github, il faut un moyen de connaître leur version du browser.
On pourrait avoir un js/version.js similaire au algo/src/version.h :
- versionné, avec tag "dev" (*)
- et quand release, tous les mois avec l'algo (hors git), taggué par le Makefile général en 2015.xx
(*) Pour récupérer le tag git, c'est plus chaud. On pourrait certes avoir un "make" qui le met (de toute façon maintenant on a besoin de faire un "make" pour avoir au moins germline.js), mais ce ne serait pas à jour par un git pull.
***
Peut-être que 2015.02 sera une release combinée de l'algo et du browser ?
Ce sera aussi l'occasion de tenir à jour un CHANGELOG pour le browser.
***
cc199e: make release_browser RELEASE_TAG=...
01e5b7b : les tests unitaires sont nécessaires pour que cela fonctionne
(pas les tests fonctionnels, il faut doc, on verra plus tard...)
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1418Sous-sélection des clones et segmenter2016-11-29T14:36:03+01:00Vidjil TeamSous-sélection des clones et segmenter(Yann, 10 février)
Quand on a plein de clones sélectionnés, on aimerait parfois pouvoir sélectionner une partie de ces clones, les mettre ensemble / les aligner, sans désélectionner le reste, et peut-être chosir de les merger.
Pas évid...(Yann, 10 février)
Quand on a plein de clones sélectionnés, on aimerait parfois pouvoir sélectionner une partie de ces clones, les mettre ensemble / les aligner, sans désélectionner le reste, et peut-être chosir de les merger.
Pas évident, bonne interaction à trouver, à réfléchir encore
***
Avec "focus", on a une bonne manière d'étudier plus en détail une sélection, quitte à changer les axes pour cette sélection ensuite.
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1415Regrouper TRD et TRD+, ou les comptabiliser ensemble ?2016-11-29T14:36:01+01:00Vidjil TeamRegrouper TRD et TRD+, ou les comptabiliser ensemble ?(Yann, 10 février)
Dans certains cas, on souhaite regrouper IGH/IGH+, TRD/TRD+/VdJa, et IGK/IGK+.
Pour des questions d'axes, cela parait difficile de tout regrouper, surtout que de temps en temps on aime voir ce qui est complet et ce qui...(Yann, 10 février)
Dans certains cas, on souhaite regrouper IGH/IGH+, TRD/TRD+/VdJa, et IGK/IGK+.
Pour des questions d'axes, cela parait difficile de tout regrouper, surtout que de temps en temps on aime voir ce qui est complet et ce qui ne l'est pas.
Après discussion, on voit que ce qui est important est surtout de pouvoir calculer le pourcentage de chaque clone par rapport au total TRD/TRD+/VdJa. Ce pourcentage pourrait être affiché sous la forme
"30.0% (37.3% of TRD/TRD+/VaJa, 43.32% of TRD)", que ce soit dans les rapports ou dans l'export .csv ou fasta.
À discuter Marc/Mikaël/Mathieu avant de lancer l'implémentation.
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@Duez