vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-03-02T10:06:28+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2106Les décorateurs web2py fonctionneraient-ils ?2023-03-02T10:06:28+01:00Ryan HerbertLes décorateurs web2py fonctionneraient-ils ?Web2py fournit des décorateurs de fonction, notamment:
```python
@auth.requires_login()
@auth.requires_membership('group name')
@auth.requires_permission('read','table name',record_id)
```
Ces décorateurs pourraient-ils fonctionner...Web2py fournit des décorateurs de fonction, notamment:
```python
@auth.requires_login()
@auth.requires_membership('group name')
@auth.requires_permission('read','table name',record_id)
```
Ces décorateurs pourraient-ils fonctionner correctement avec le browser ? Pour avoir essayé avec `requires_login()` la fonction renvoi un code 303 et une erreur cross-origin arrive dans le terminal. Donc ça n'a pas l'air évident, mais je pense que si nous arrivions à trouver une solution simple, on pourrait enlever les redirections manuelles et parfois économiser un niveau d'indentation.
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2100Docker: fournir un bon moyen de changer certains mots de passe2017-10-25T04:12:33+02:00Ryan HerbertDocker: fournir un bon moyen de changer certains mots de passeLorsqu'on installe la vidjil il y a un certain nombre de mots de passe ou fichiers d'authentification/certificats qui sont créés, auxquels l'utilisateur doit fournir une entrée. Notamment le certificat ssl par défaut, et le mot de passe ...Lorsqu'on installe la vidjil il y a un certain nombre de mots de passe ou fichiers d'authentification/certificats qui sont créés, auxquels l'utilisateur doit fournir une entrée. Notamment le certificat ssl par défaut, et le mot de passe web2py.
Lors de la phase de build de l'image docker des valeurs par défaut ont dû être fournies car on n'a pas la main pour demander des entrées auprès de l'utilisateur.
Mais il n'y a pas encore de moyen facile pour les changer. Pour les certificats ssl il s'agirait d'ajouter un volume à la configuration docker-compose. Pour le mot de passe web2py il s'agirait de traiter le fichier parameters_443.py comme les autres fichiers de conf, comme conf.js et defs.py et fournir un script pour changer le mot de passe.
@mikael-s @magiraudRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2095Belles URL persistantes courtes : bikeshedding2018-02-23T10:04:51+01:00Mathieu GiraudBelles URL persistantes courtes : bikeshedding#1188 réfléchit à ce qu'on veut faire passer de nouveau dans l'URL.
Énorme bikeshedding, à discuter : redéfinissons les URLs actuelles ?
Actuellement :
http://app.vidjil.org/browser/?patient=1471&config=26
http://app.vidjil.org/browse...#1188 réfléchit à ce qu'on veut faire passer de nouveau dans l'URL.
Énorme bikeshedding, à discuter : redéfinissons les URLs actuelles ?
Actuellement :
http://app.vidjil.org/browser/?patient=1471&config=26
http://app.vidjil.org/browser/?custom=13580&custom=1200&custom=16466&
`custom` ne veut plus dire grand chose → `samples` ?
`patient` → maintenant c’est `sample_set`, mais pas très beau/court. `set` ?
Le `browser` qui traine n’est pas utile et ne fait plus référence à grand chose (si on a d’autre chose que `browser`, on peut les mettre dans un autre serveur que `app`).
Pour des sample sets :
`http://app.vidjil.org?set=1471` (doit fonctionner même sans `&config=26`)
voire `http://app.vidjil.org?set=1471,1457,1128` (si on peut comparer un jour des sample sets)
ou même `http://app.vidjil.org/1471` ? (qui ne serait qu’un raccourci nginx/apache vers `?set=` ?). Ce serait le lien principal pour parler d’un patient
Pour des samples :
`app.vidjil.org?samples=3452,3456,3475` voire `?s=3452,3456,3475`
@aurelBZH @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2082findPotentialField() & autres : enlever de segmenter.js2019-01-10T15:21:23+01:00Mathieu GiraudfindPotentialField() & autres : enlever de segmenter.js`findPotentialField` est de la magie noire peu appropriée. C’est potentiellement lourd (appelle `isDNA` / `isPos`, qui lance des regex) . C’est certes appelé une seule fois (`segmenter.build()` → `updateHighLightMenu()`)
Au minimum, met...`findPotentialField` est de la magie noire peu appropriée. C’est potentiellement lourd (appelle `isDNA` / `isPos`, qui lance des regex) . C’est certes appelé une seule fois (`segmenter.build()` → `updateHighLightMenu()`)
Au minimum, mettre toutes ces fonctions dans un nouveau fichier (`features.js` ?) car on doit pouvoir utiliser ceci indépendamment du segmenter. Voir sinon si tout cela ne pourrait pas être supprimé : maintenant le `.json` devrait spécifier proprement les différents champs du `seg`.
@mikael-s @flothoni @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2066Intégrer un composant liste dans le segmenteur autonome2020-10-14T11:29:53+02:00Mathieu GiraudIntégrer un composant liste dans le segmenteur autonomeDiscussion avec @mikael-s : dans `segmenter_page.html`, on aimerait voir le résultat sous forme de liste (`js/list.js`) modifié.
En particulier, rien ne sert d'avoir la taille (toujours `+` ici), mais par contre on aimerait voir le `id`...Discussion avec @mikael-s : dans `segmenter_page.html`, on aimerait voir le résultat sous forme de liste (`js/list.js`) modifié.
En particulier, rien ne sert d'avoir la taille (toujours `+` ici), mais par contre on aimerait voir le `id` et éventuellement d'autres champs.
À réfléchir aussi dans le cadre d'une généralisation/personnalisation de la liste.
@RyanHerb @tydaxhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2063Export/import d'un patient/run/sample_set ou d'un ensemble de samples2017-10-27T12:44:24+02:00Thonier FlorianExport/import d'un patient/run/sample_set ou d'un ensemble de samplesEvoqué à Rennes :
Possibilité d'envoyer/partager un patient entre deux hopitaux.
Cas pratique :
Mr Durand est aujourd'hui traité à Lille.
Demain, il prévoit de déménager à Paris.
Les cliniciens de Paris pourront-il recupere...Evoqué à Rennes :
Possibilité d'envoyer/partager un patient entre deux hopitaux.
Cas pratique :
Mr Durand est aujourd'hui traité à Lille.
Demain, il prévoit de déménager à Paris.
Les cliniciens de Paris pourront-il recuperer les données généré à Lille pour poursuivre son analyse ? (hormis de possible questions de droits)
Concretement :
Faut-il leur dire de s'échanger les données fastq et de recréér un "patient" dasn la nouvelle structure ?
Faire un export de l'objet "patient" et de tous ce qui lui est associé, avec un protocole d'import de l'autre coté ? On peux ainsi conserver les notes et rapports déjà édités.
Comment le faire aujourd'hui avec l'approche centralisé ? Un changement de droits dans la base de données suffit ?
@magiraud @mikael-s @RyanHerbprod-server-lilRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2062Authentification par LDAP2021-10-22T11:07:25+02:00Thonier FlorianAuthentification par LDAPEvoqué au CHU de Rennes :
Possibilité de passer par un system d'authentification par LDAP.
Celui-ci permettrait de révoquer ou autoriser les accès plus simplement sans avoir à gérer la création de compte pour l'admin local.
D'après ...Evoqué au CHU de Rennes :
Possibilité de passer par un system d'authentification par LDAP.
Celui-ci permettrait de révoquer ou autoriser les accès plus simplement sans avoir à gérer la création de compte pour l'admin local.
D'après eux, relativement répandu comme système de gestion des accès. Cela dit, pas obligatoire du tout.
Pour l'application à Vidjil, il faudrait quand meme que l'ensemble des comptes pointent vers un meme groupe d'utilisateurs pour partager les données et résultats de patients.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2040Ajout d'une fonction clipborad pour les graph pour exporter dans le rapport2021-11-26T11:42:42+01:00Thonier FlorianAjout d'une fonction clipborad pour les graph pour exporter dans le rapportL'équipe de Debré souhaite pourvoir sauvegarder dans un clipborad différents graphiques qu'ils génèrent, et que ceux-ci soit automatiquement ajoutés aux rapports, avec si possible j'imagine un champs texte qu'ils peuvent renseigner sur l...L'équipe de Debré souhaite pourvoir sauvegarder dans un clipborad différents graphiques qu'ils génèrent, et que ceux-ci soit automatiquement ajoutés aux rapports, avec si possible j'imagine un champs texte qu'ils peuvent renseigner sur le contenu et la signification du graphique.
A minima cela passerait par un boutton permettant d'enregistrer le graphique, et de l'exporter au format image non ?
Pour ma part, je pense qu'il faudrait en plus sauvegarder/exporter des informations permettant de regénérer la figure (type locus choisi, filtre, nb clones, ...) à inclure dans le rapport.
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2026Fichier .analysis sur une seule partie des fichiers2020-12-04T12:07:47+01:00Vidjil TeamFichier .analysis sur une seule partie des fichiersLorsqu'un fichier analysis est enregistré pour une seule partie des fichiers, cela peut avoir des conséquence fâcheuses.
Exemple : on a deux fichiers (identiques, peu importe). On leur met un commentaire et un nom différents. On lance u...Lorsqu'un fichier analysis est enregistré pour une seule partie des fichiers, cela peut avoir des conséquence fâcheuses.
Exemple : on a deux fichiers (identiques, peu importe). On leur met un commentaire et un nom différents. On lance une analyse IGH pour l'un d'eux et une analyse multi+inc+xxx sur l'autre. On ouvre le premier, on fait quelques colorations et merges, on l'enregistre. On va voir l'autre fichier et là, ô surprise, le champ commentaire et le nom du fichier sont ceux de l'autre, car ils ont été enregistrés dans le fichier anaysis.
L'exemple se trouve ici : https://dev.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=4334&config=2 (IGH) et là https://dev.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=4334&config=25 (multi+inc+xxx).
Solution : ne pas stocker info et names dans le analysis, mais le problème c'est (me semble-t-il) qu'ils servent de sauvegarde temporaire avant de répercuter les modifications en BD. Il faudrait donc supprimer ces infos du fichier .analysis, après les avoir intégrés dans la BD.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2011Ne pas lancer fuse quand le nombre de samples est trop important ?2017-05-22T17:09:00+02:00Vidjil TeamNe pas lancer fuse quand le nombre de samples est trop important ?Discussion cet après-midi, suite aux problèmes de place sur /mnt/result : Mathieu propose de ne pas lancer fuse lorsque le nombre de samples est supérieur à un nombre (p. ex. 20). Cela permet d'économiser de la place (et du temps CPU : u...Discussion cet après-midi, suite aux problèmes de place sur /mnt/result : Mathieu propose de ne pas lancer fuse lorsque le nombre de samples est supérieur à un nombre (p. ex. 20). Cela permet d'économiser de la place (et du temps CPU : un fuse sur 100 fichiers prend du temps).
De plus le fuse est lancé autant de fois qu'il appartient à de sample sets (donc au moins 2, non ?).
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753e78c : On ne garde que les 16 premiers. C'est peut-être un peu brutal de faire cela au niveau de fuse.py, mais bon, cela renvoie tout de même un .vidjil pour une visualisation sur les premiers échantillons.
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Ça me paraît un peu rapide. On n'a pas vraiment de solution pour « degrade gracefully ».
Garde les 16 premiers : est-ce que ça veut dire qu'on va fusionner toujours les mêmes sur le serveur s'il y a plus de 16 fichiers ? Comment on fait pour avoir les autres ? Le custom fuse ne permet pas de sauvegarder les analyses.
Côté serveur il faudrait avertir les utilisateurs qu'ils ne verront que 16 fichiers.
Il y a des utilisateurs avec plus de 16 fichiers, et ça peut faire sens : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=790&config=25
Le problème est surtout avec les runs ou avec Kiel qui met plein d'échantillons différents dans un même patient. Les clones n'ont rien à voir d'un échantillon à l'autre et donc on se retrouve avec des dizaines de milliers de clones dans le fichier. Une autre solution peut être de réduire le top lorsque le nombre de fichier augmente.
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D'autant plus que l'utilisateur qui nous pause problème à ce sujet n'utilise pas le fuse automatique mais plutôt le custom_fuse, non ? Ne pourrait-ton pas simplement avoir des configs qui fusent et d'autres non ?
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Oui, effectivement ça serait une solution simple de proposer à Kiel une config sans fuse (on sait faire ça ?).
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Je pense qu'il y a un bout de code à changer pour que le run accepte de ne pas fuse, mais oui je pense que c'est possible.
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Oui, le coup de la config en plus, pourquoi pas !
Ou même... la config par défaut pourrit faire 16 fichiers au plus, et on a une config spéciale si quelques gens veulent avoir beaucoup de points.
> « degrade gracefully ».
> Garde les 16 premiers : est-ce que ça veut dire qu'on va fusionner toujours les mêmes sur le serveur s'il y a plus de 16 fichiers
C'est une bonne question. Mais que cela soit oui ou non, c'est un "degrade gracefully" si on montre 16 points... et si on dit qu'on a une autre config si vraiment on veut avoir d'autre chose.
Enfin, quitte à avoir une autre config, on pourrait aussi régler plus finement les paramètres du fuse (top et autres).
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Ça me semble plus simple de demander à Kiel d'utiliser une config sans fuse, plutôt que de mettre en place le nécessaire pour avertir les utilisateurs que quand il y a plus de X fichiers ils ne verront pas tous les résultats et qu'ils doivent lancer avec une autre config (en espérant qu'il y ait une config correspondante avec un fuse infini).
Autre exemple, si j'uploade 20 fichiers dans mon run (ce qui n'est pas délirant), j'ai envie de savoir si j'ai de la conta entre mes 20 fichiers pas entre 16 fichiers plus ou moins choisis aléatoirement (dont l'ordre dépendra de l'upload).
En fait plus j'y réfléchis, plus j'ai l'impression qu'un top qui diminue progressivement avec le nombre de fichiers fournit une solution plus satisfaisante (et même pas besoin de demander à Kiel d'utiliser une autre config, on peut mais ça n'est pas indispensable).
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> plutôt que de mettre en place le nécessaire pour avertir les utilisateurs
Je ne suis pas d'accord sur ce point, c'est très simple avec les notifications. Cela permet d'avoir, par défaut, un comportement correct pour la majorité des utilisateurs, et de les inciter à utiliser correctement les patients. (Et s'ils leur manquent quelque chose, c'est facile de rajouter une config pour un user, pour des bonnes raisons). Je préfère être sûr, dès maintenant, que tous les utilisateurs font ce qu'il faut (et traiter au cas par cas quelques cas comme Kiel) plutôt que de retomber dans quelques mois sur un autre utilisateur qui fera pareil.
> Autre exemple, si j'uploade 20 fichiers dans mon run (ce qui n'est pas délirant)
Oui, tout à fait ! 16 est un exemple, cela peut être 32 ou 42 :-) Dans tous les cas, au-delà de 8-10 simples, on devrait cacher sur le graphe (cf une autre tâche). Et encore plus si on fait des SampleSets : peut-être que quelqu'un aura un SampleSet de 100/200 patients correspondant à un truc particulier... (Mais lance-t-on les mêmes configs dans tous les SampleSet ? Ce n'est pas obligé.)
> En fait plus j'y réfléchis, plus j'ai l'impression qu'un top qui diminue progressivement avec le nombre de fichiers fournit une solution plus satisfaisante
Oui, c'est aussi possible, par exemple (1000 / #samples)... mais on a déjà du mal à expliquer ce qu'est notre top, alors là cela va être encore plus dur. Ou alors, 1000 tant que #samples < 8, puis ensuite cela descend.
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Par défaut, met-on le -f dans fuse.py à 0 et on fait une config pour Kiel où le -f est à 1 (ou X) ?
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Kiel vient d'ajouter une centaine de fichiers → –10 Go
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@magiraud @RyanHerb @mikael-sWeb 2017.05Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1996Afficher certaines séquences particulières, même en-dessous du -t2020-06-11T11:26:37+02:00Vidjil TeamAfficher certaines séquences particulières, même en-dessous du -tLorsque des séquences d'intérêt sont en dessous du -t 100 de fuse.py on veut qu'elles finissent malgré tout dans le fichier final. Quelle solution retenir ?
* Les passer explicitement en paramètre du fuse.py ? Pas très simple pour notre...Lorsque des séquences d'intérêt sont en dessous du -t 100 de fuse.py on veut qu'elles finissent malgré tout dans le fichier final. Quelle solution retenir ?
* Les passer explicitement en paramètre du fuse.py ? Pas très simple pour notre serveur de faire ça
* Avoir un champ dans le fichier .vidjil qui dise au fuse.py « prends-moi » ? Les champs correspondants aux clones sont assez descriptifs. Là on ajouterait un champ purement « computationnel ». Ça polluerait un peu le fuse…
***
Le champ dans le `.vidjil` pourrrait être un "label", qui ne serait pas forcément oui/non mais pourrait ajouter de la sémantique (comme on faisait il y a longtemps avec l'option "-l"). C'est donc descriptif. (On a déjà "name", qu'on utilise pas comme cela.)
Dans un premier temps, fuse.py pourrait tout simplement garder les séquences avec label. Dans un deuxième, fuse pourrait avoir des paramètres pour spécifiquement garder/ignorer certains labels.
***
Au fait, dans #1007, un vieux commentaire disait :
> "un flag faisant qu'il prend le nom des fichiers fasta comme "name" dans le `.vidjil` (et sort `top: 0`, ou, mieux, un nouveau flag ?)"
On peut effectivement déjà forcer avec `top: 0`. Utiliser "name" ne me semble pas une bonne idée maintenant.
***
Forcer le top : bof, on perd l'info.
Je pense que la situation était différente dans l'autre tâche puisqu'il n' s'agit pas de séquences appartenant réellement au jeu de données. Ce qui n'est pas notre cas ici.
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nouvelle option `--label` (édité, ancienneemnt `-W`) + d332792 : on a le `label`
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1995Export Krona pour la visualisation du répertoire2021-11-19T11:06:56+01:00Vidjil TeamExport Krona pour la visualisation du répertoireun exemple de visualisation pratique (et dynamique) pour le répertoire.
Les krona permettent de zoomer et d'approfondir la visualisation.
Possibilité de la proposé en export à partir de vidjil.
PS: inclut depuis peu par arrest (contin...un exemple de visualisation pratique (et dynamique) pour le répertoire.
Les krona permettent de zoomer et d'approfondir la visualisation.
Possibilité de la proposé en export à partir de vidjil.
PS: inclut depuis peu par arrest (continuité utilisateur ? ).
***
@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1972Sortir la séquence consensus complète en donnant un histogramme de la représe...2018-06-25T16:48:04+02:00Vidjil TeamSortir la séquence consensus complète en donnant un histogramme de la représentativité (à la JalView)Cf. mail de Marine du 16/08 17h20 : on a une séquence consensus sortie par Vidjil qui ne fait que ~120bp parce qu'il se passe quelque chose de bizarre dans le FR3 (beaucoup de variabilité apparemment). L'histogramme sur la totalité du co...Cf. mail de Marine du 16/08 17h20 : on a une séquence consensus sortie par Vidjil qui ne fait que ~120bp parce qu'il se passe quelque chose de bizarre dans le FR3 (beaucoup de variabilité apparemment). L'histogramme sur la totalité du consensus (donné par Jalview) est en pièce jointe.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1955Les identifiants de clones ne sont pas uniques pour MiXCR2016-11-29T14:42:33+01:00Vidjil TeamLes identifiants de clones ne sont pas uniques pour MiXCRPour l'instant on a CDR3, gène V, gène J. Si je me souviens bien ce que nous avait dit Shugay, il manque les hypermutations. Est-ce que cela suffira ? Ou alors faut-il fusionner les ID identiques dans fuse.py (et non pas en prendre aléat...Pour l'instant on a CDR3, gène V, gène J. Si je me souviens bien ce que nous avait dit Shugay, il manque les hypermutations. Est-ce que cela suffira ? Ou alors faut-il fusionner les ID identiques dans fuse.py (et non pas en prendre aléatoirement un) ?
***
J'ai enlevé MiXCR des configs publiques puisqu'en l'état les résultats risquent d'être incorrects : ce qui est le cas pour notre fichier de démo où MiXCR ne voyait pas la rechute… en fait il semblerait plutôt que ce soit de notre faute.
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ping : normalement tout est bon ?
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Ces clones sont maintenant fusionnés par la sortie au format Vidjil.
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merci
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1950Trouver une autre méthode de scheduling, indépendante de web2py2022-06-20T11:59:42+02:00Vidjil TeamTrouver une autre méthode de scheduling, indépendante de web2py(Discuté lors de la Rando 2016)
Un scheduler idéal devrait pouvoir avoir :
1) des priorités fines (petits jobs passent devant gros jobs) (et aussi users Platinium :-)
2) une suspension de tâches
3) une assignation fine de certains (gr...(Discuté lors de la Rando 2016)
Un scheduler idéal devrait pouvoir avoir :
1) des priorités fines (petits jobs passent devant gros jobs) (et aussi users Platinium :-)
2) une suspension de tâches
3) une assignation fine de certains (groupes de) workers à certaines tâches
2) ou 3) permettrait de lancer des choses annexes et rapides (type FineSegmenter ou compare patients ou ...) même si des gros Vidjil (ou autres) tournent
Enfin, penser tout cela dans le cadre d'un "noeud de calcul", possiblement indépendant du serveur web. Le serveur de calcul ne reçoit que des lignes de commande à exécuter et à accès aux fichiers nécessaires par un montage.
Rien d'urgent, à réfléchir posément dans les prochains mois.
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Task spooler: http://vicerveza.homeunix.net/~viric/soft/ts/ présente les fonctionnalités majeures que nous cherchons (tâches interdépendantes, changement d'ordre dans la file, etc), mais n'a pas d'API pour s'en servir en réseau.
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1949Quand on a le choix entre plusieurs points, choisit-on vraiment la représenta...2019-08-20T10:39:36+02:00Vidjil TeamQuand on a le choix entre plusieurs points, choisit-on vraiment la représentative la plus pertinente ?Sur ce patient : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=2206&config=26
La représentative affichée pour le 2è clone au diagnostic est une séquence de 112bp. Il s'agit de la séquence trouvée au premier point de suivi (et non au d...Sur ce patient : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=2206&config=26
La représentative affichée pour le 2è clone au diagnostic est une séquence de 112bp. Il s'agit de la séquence trouvée au premier point de suivi (et non au diag). Pourquoi est-elle prise ? Car ce clone est le top 1 au fu1, alors qu'il est top 2 au diag. Mais le fu1 est très peu segmenté et donc ce top 1 représente 91 reads au fu1 contre plus de 20 000 au diag.
Devrait-on prendre la représentative du point avec le plus de reads ? avec la représentative la plus longue ?
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0d40d04 point avec le plus de reads
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Tâche rouverte, le commit a été réverté (8d6525b)
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@Duez @RyanHerb @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1895Gadgets : savoir si on les garde2018-04-16T15:58:40+02:00Vidjil TeamGadgets : savoir si on les gardeCas de la palette noire et de la fonction play sur les samples
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraudCas de la palette noire et de la fonction play sur les samples
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1887Nouvelle vue, grid avec tous les locus / résumé2020-12-04T14:17:28+01:00Vidjil TeamNouvelle vue, grid avec tous les locus / résuméProposition pour une vue "Summary, by locus" où on voit tous les locus, fichier ci-dessous.
Cliquer sur un locus fait basculer dans la vue grid normale avec ce locus.
Dans un premier temps, on peut voir toutes les bulles juste en vrac.
...Proposition pour une vue "Summary, by locus" où on voit tous les locus, fichier ci-dessous.
Cliquer sur un locus fait basculer dans la vue grid normale avec ce locus.
Dans un premier temps, on peut voir toutes les bulles juste en vrac.
Mais on pourrait aussi voir un "mini-scatterplot", comme sur le `TRA` (on ne voit pas les axes, mais on se doute qu'il y a deux paquets).
Les rectangles ne doivent pas être visible, ils montrent juste ce qui peut être regroupé pour que cela tienne tout seul sur 1 ligne ou 2.
Enfin, on verra ce qu'on mettra dans la liste des valeurs (reads, clone, ...). On n'est pas obligé d'avoir la légende, un tooltip pourrait suffire ?
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Il y a beaucoup de nombres, ce n'est pas parsable très facilement. Avoir la vue en histo pour montrer le nombre de reads, clones par système ? Plus une courbe pour montrer un indice de diversité ?
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On peut déjà faire une vue plot (ou bar): `x` = locus, `y` = autre chose (comme size ou...) Mais ce n'est pas très sexy.
L'idée est d'avoir un endroit avec une vue globale. Et de limiter effectivement les nombres à ce qu'on pense le plus important (voire à remplacer les nombres par un truc visuel). Mais peut-être que certaines personnes voudraient voir d'autres informations (par ex le % de productif). Autres propositions bienvenues.
courbe + indice de diversité : voir #1783. Par contre, une courbe avec l'axe `x` qui serait les locus serait confus (pour l'instant on ne fait que des courbes sur le time graph, voir nouvelle tâche)
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1860Color by DBScan2016-11-29T14:41:26+01:00Vidjil TeamColor by DBScanAntonin avait fait une méthode pour colorer en fonction de la proximité selon DBScan. Elle est cachée (et ne fonctionne pas). Voir la méthode colorNodesDBSCAN dans model.js : elle repose sur un this.dbscan qui n'existe plus.
À voir si on...Antonin avait fait une méthode pour colorer en fonction de la proximité selon DBScan. Elle est cachée (et ne fonctionne pas). Voir la méthode colorNodesDBSCAN dans model.js : elle repose sur un this.dbscan qui n'existe plus.
À voir si on supprime ou si on le refait vivre…
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1783Indice/index de clonalité ou autres valeurs sur le time graph2019-03-21T10:10:08+01:00Vidjil TeamIndice/index de clonalité ou autres valeurs sur le time graphIl faudrait afficher les nouvelles valeurs calculées dans 'diversity'.
Au minimum dans le getHTMLinfo, au mieux sur la courbe.
C'est peut-être l'occasion de réutiliser ce qui est fait pour afficher les trucs de normalisation (est-ce enc...Il faudrait afficher les nouvelles valeurs calculées dans 'diversity'.
Au minimum dans le getHTMLinfo, au mieux sur la courbe.
C'est peut-être l'occasion de réutiliser ce qui est fait pour afficher les trucs de normalisation (est-ce encore fonctionnel) ? Comment fait-on pour afficher des valeurs arbitraires pour chaque point ?
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getHTMLinfo: fait
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@RyanHerb @Duez