vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-02-27T23:01:10+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3752Utiliser une version fixe de Web2py2019-02-27T23:01:10+01:00Mikaël SalsonUtiliser une version fixe de Web2pyNous utilisons, à la fois pour nos tests et pour nos serveurs de prod, les dernières versions des **sources** de Web2py disponibles (pas les dernières releases). Rien ne garantit donc le bon fonctionnement de ces packages comme l'illustr...Nous utilisons, à la fois pour nos tests et pour nos serveurs de prod, les dernières versions des **sources** de Web2py disponibles (pas les dernières releases). Rien ne garantit donc le bon fonctionnement de ces packages comme l'illustre #3751.
Ne devrait-on pas plutôt fixer la version de Web2py utilisée ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3737Afficher dans la grid des clones en carrés ou autre2019-02-14T20:14:03+01:00Mathieu GiraudAfficher dans la grid des clones en carrés ou autreExtrait de #3735 et #2603. Pas de discussion bio ici, uniquement graphique.
Saurait-on afficher des clones différemment dans le ~"client\-grid" ? En gardant la couleur mais en changeant la forme ?
Par exemple :
- carré pivoté à 45°
- c...Extrait de #3735 et #2603. Pas de discussion bio ici, uniquement graphique.
Saurait-on afficher des clones différemment dans le ~"client\-grid" ? En gardant la couleur mais en changeant la forme ?
Par exemple :
- carré pivoté à 45°
- carré
- rond évidé
- triangle
- hexagone
- étoile avec beaucoup de branches
Pas sûr qu'on voie toutes ces choses quand les clones sont petits...
Et que pourrait-on imaginer de similaire lorsqu'on est en ~"client\-bar", voire sur le ~"client\-graph" ?
Utilisation des pointillés dans un trait ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3181Lancer CloneDB depuis fuse.py ou en offline2019-02-14T18:19:54+01:00Mathieu GiraudLancer CloneDB depuis fuse.py ou en offlineExtrait de #2312 et clonedb#1 :
> Lancer la cloneDB sur tous les clones côté client peut être une mauvaise idée ! (à voir si on le fait dans le `fuse.py`).
Pourquoi pas... mais dans ce cas, pas de check sur la contamination intra-run #...Extrait de #2312 et clonedb#1 :
> Lancer la cloneDB sur tous les clones côté client peut être une mauvaise idée ! (à voir si on le fait dans le `fuse.py`).
Pourquoi pas... mais dans ce cas, pas de check sur la contamination intra-run #1744 (qui pourrait être fait séparément).
À voir aussi comment on indique que cela a été fait "à une certain moment" (et donc, si on revient plus tard, pas forcément à jour). Et/ou relancer périodiquement CloneDB sur le serveur ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3734Réflexion sur chart.js2019-02-13T13:11:46+01:00Mathieu GiraudRéflexion sur chart.jsÉvoqué à l'occasion de stats#233/stats#235 : utilisera-t-on un jour chart.js à la place de d3.js dans vidjil ?
Pas du tout à l'ordre du jour pour l'instant, à discuter dans 6-12 mois en fonction de l'expérience qui aura été acquise sur ...Évoqué à l'occasion de stats#233/stats#235 : utilisera-t-on un jour chart.js à la place de d3.js dans vidjil ?
Pas du tout à l'ordre du jour pour l'instant, à discuter dans 6-12 mois en fonction de l'expérience qui aura été acquise sur ~"app\-stats".
cc @flothoni 2020-02-13https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3732Output files depuis client ?2019-02-13T10:49:20+01:00Mathieu GiraudOutput files depuis client ?De @flothoni : ajouter sous le menu "download output files", en pensant notamment à #1469.
On n'est pas sûr de l'utilité, à voir.De @flothoni : ajouter sous le menu "download output files", en pensant notamment à #1469.
On n'est pas sûr de l'utilité, à voir.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2601Retravailler un alignement global en détectant les parties mal alignées2019-02-13T08:57:29+01:00Mathieu GiraudRetravailler un alignement global en détectant les parties mal alignéesPour aller plus loin que #2599, on souhaite détecter, dans un alignement, des parties mal alignées et mes remplacer par un bloc non aligné (typiquement le bloc grisé de #2599).
Mais plus simplement, on pourrait lancer un `SemiGlobalTran...Pour aller plus loin que #2599, on souhaite détecter, dans un alignement, des parties mal alignées et mes remplacer par un bloc non aligné (typiquement le bloc grisé de #2599).
Mais plus simplement, on pourrait lancer un `SemiGlobalTrans` (ou ...) comme il le faut et compléter en collant le bloc.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3724Supprimer KMER_INDEX ?2019-02-12T22:26:33+01:00Mathieu GiraudSupprimer KMER_INDEX ?Faudra-t-il un jour supprimer `KMER_INDEX` ?
Attendre déjà de voir !78 et les conséquences. Proposition : même si on décide de supprimer, attendre minimum 6 mois, si ce n'est 12, après la release incluant !78.Faudra-t-il un jour supprimer `KMER_INDEX` ?
Attendre déjà de voir !78 et les conséquences. Proposition : même si on décide de supprimer, attendre minimum 6 mois, si ce n'est 12, après la release incluant !78.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3074Compilation des fichiers CSS : less dynamique ?2019-02-05T19:19:31+01:00Mikaël SalsonCompilation des fichiers CSS : less dynamique ?Discuté avec @RyanHerb : quelle est notre politique ?
Je pense qu'il faut malgré tout continuer à commiter les fichiers CSS si on veut que des gens qui pullent le dépôt aient un client directement utilisable (sans avoir à utiliser `less...Discuté avec @RyanHerb : quelle est notre politique ?
Je pense qu'il faut malgré tout continuer à commiter les fichiers CSS si on veut que des gens qui pullent le dépôt aient un client directement utilisable (sans avoir à utiliser `less`).
Dans ce cas, quand on développe on n'est pas obligé de toujours les commiter. Par contre au moment du merge, les fichiers CSS doivent être à jour (pourrait-on automatiser cela ?).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3708Less dynamique ?2019-02-05T19:18:52+01:00Mathieu GiraudLess dynamique ?Il y a quelques années, je n'étais pas pour faire une compilation css dynamique côté client (côté serveur : exclus si on veut pouvoir fonctionner en offline). Je me disais maintenant "tiens, pourquoi pas"... mais http://lesscss.org/usage...Il y a quelques années, je n'étais pas pour faire une compilation css dynamique côté client (côté serveur : exclus si on veut pouvoir fonctionner en offline). Je me disais maintenant "tiens, pourquoi pas"... mais http://lesscss.org/usage/#using-less-in-the-browser nous dit :
> Using `Less.js` in the browser is the easiest way to get started and convenient for developing with Less, but in production, when performance and reliability is important, we recommend pre-compiling using `Node.js` or one of the many third party tools available.
bref, la solution actuelle, même si elle est sous-optimale par rapport à git, semble correctehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3686Bouton droit sur le client2019-01-17T15:54:50+01:00Mathieu GiraudBouton droit sur le clientQuelles possibilités aimerait-on avoir au bouton droit sur le ~client ?
Un menu contextuel avec des choses liées à la sélection d'un clone (ou de plusieurs clones) ?
cc @flothoniQuelles possibilités aimerait-on avoir au bouton droit sur le ~client ?
Un menu contextuel avec des choses liées à la sélection d'un clone (ou de plusieurs clones) ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3437d3.js : conserver, changer ?2019-01-10T15:21:24+01:00Mathieu Giraudd3.js : conserver, changer ?Conservera-t-on a terme d3.js ? Très puissant, mais maitrise-t-on ce qu'il se passe ?
chart.js va être testé par @flothoni pour ~"app\-stats" stats#233, on pourra ainsi se faire une idée.
(Notons que même le ~"client\-grid" pourrait êtr...Conservera-t-on a terme d3.js ? Très puissant, mais maitrise-t-on ce qu'il se passe ?
chart.js va être testé par @flothoni pour ~"app\-stats" stats#233, on pourra ainsi se faire une idée.
(Notons que même le ~"client\-grid" pourrait être fait en chart.js, http://www.chartjs.org/samples/latest/scriptable/bubble.html). Mais chart.js ne permet pas d'export svg.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2299Afficher d'un coup les clones de plusieurs samples / d'un set2019-01-10T15:21:23+01:00Mathieu GiraudAfficher d'un coup les clones de plusieurs samples / d'un setÀ propos des contaminations #1744, nous avons eu la discussion suivante :
> @magiraud : Pour un run, ce serait pertinent de visualiser par défaut un grid tel que "nb of samples / locus"...
> @mikael-s : Sauf que — actuellement — la gr...À propos des contaminations #1744, nous avons eu la discussion suivante :
> @magiraud : Pour un run, ce serait pertinent de visualiser par défaut un grid tel que "nb of samples / locus"...
> @mikael-s : Sauf que — actuellement — la grille porte sur un seul échantillon. On ne verra donc que la contamination de l'échantillon courant dans les autres échantillons.
Une critique similaire (moins importante) pourrait s'appliquer à la fonctionnalité "size (other sample)". Serait-il donc souhaitable de pouvoir voir les clones de *plusieurs* samples en même temps, voire de tous les samples d'un sample set ? Outre les cas mentionnés, on pourrait aussi alors aligner/comparer des clones de samples différents. Y aurait-il d'autres applications, typiquement ~"bio-control" ?
En négatif, cela risquerait de casser fortement nos habitudes (et que deviendrait la boîte en haut à gauche ?) et donc peut-être de nuire à l'~"client-ergonomy" globale.
cc @RyanHerb @flothoni @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2082findPotentialField() & autres : enlever de segmenter.js2019-01-10T15:21:23+01:00Mathieu GiraudfindPotentialField() & autres : enlever de segmenter.js`findPotentialField` est de la magie noire peu appropriée. C’est potentiellement lourd (appelle `isDNA` / `isPos`, qui lance des regex) . C’est certes appelé une seule fois (`segmenter.build()` → `updateHighLightMenu()`)
Au minimum, met...`findPotentialField` est de la magie noire peu appropriée. C’est potentiellement lourd (appelle `isDNA` / `isPos`, qui lance des regex) . C’est certes appelé une seule fois (`segmenter.build()` → `updateHighLightMenu()`)
Au minimum, mettre toutes ces fonctions dans un nouveau fichier (`features.js` ?) car on doit pouvoir utiliser ceci indépendamment du segmenter. Voir sinon si tout cela ne pourrait pas être supprimé : maintenant le `.json` devrait spécifier proprement les différents champs du `seg`.
@mikael-s @flothoni @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1684Afficher séparément les tubes de PCR différents, même quand ils concernent le...2019-01-09T17:16:15+01:00Vidjil TeamAfficher séparément les tubes de PCR différents, même quand ils concernent le même locusDemande de Yann: quand on fait Vg1-9 et Vg10, on aimerait voir les % par rapport au tube de PCR.
La même question se pose pour quasiment tous les locus, en fonction des tubes utilisés.
- afficher cela comme deux locus différents ? (dan...Demande de Yann: quand on fait Vg1-9 et Vg10, on aimerait voir les % par rapport au tube de PCR.
La même question se pose pour quasiment tous les locus, en fonction des tubes utilisés.
- afficher cela comme deux locus différents ? (dans ce cas, on ne voit plus de grid avec tout le TRG)
- est-ce que le browser est bien robuste au changement de germlines.data ? (difficulté avec germlines.js) ?
- avoir un germlines.data différent par utilisateur / par patient ? ou stocker cela dans le .vidjil ?
- ou bien déjà avoir plusieurs germlines.data (un comme actuel, un Lille, un tubes BIOMED-2, ...) ?
à réfléchir
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2853Différencier les réarrangements incomplets et pseudo-incomplets2018-12-12T10:52:33+01:00Mikaël SalsonDifférencier les réarrangements incomplets et pseudo-incompletsSuggéré par Dai lors du VW.
On pourrait effectivement différencier un vrai réarrangement incomplet (dans lequel on doit avoir la région amont du D) d'un pseudo-incomplet dans lequel le read est juste trop court ou il n'y a pas assez d'i...Suggéré par Dai lors du VW.
On pourrait effectivement différencier un vrai réarrangement incomplet (dans lequel on doit avoir la région amont du D) d'un pseudo-incomplet dans lequel le read est juste trop court ou il n'y a pas assez d'info pour trouver le V.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3631Utiliser .gitlab/route-map.yml ?2018-11-26T07:48:45+01:00Mathieu GiraudUtiliser .gitlab/route-map.yml ?On pourrait avoir des liens à la "View app" plus flexible... mais pas sûr que cela nous serve, on n'a pas facilement une correspondance un fichier / une url à reviewer.
https://docs.gitlab.com/ce/ci/environments.html#go-directly-from-so...On pourrait avoir des liens à la "View app" plus flexible... mais pas sûr que cela nous serve, on n'a pas facilement une correspondance un fichier / une url à reviewer.
https://docs.gitlab.com/ce/ci/environments.html#go-directly-from-source-files-to-public-pages-on-the-environmenthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1323fuse2018-11-20T12:10:23+01:00Vidjil Teamfuse
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#1322
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#1322https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/949Format commun et universel (.vdj, .json, .xml ?)2018-11-20T09:29:03+01:00Vidjil TeamFormat commun et universel (.vdj, .json, .xml ?)impliquer Nikos, IMGT, Decombinator, miTCR, igBlast ?
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puis rendre ce format natif pour c++, fuse, browser ?
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@nobodyimpliquer Nikos, IMGT, Decombinator, miTCR, igBlast ?
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puis rendre ce format natif pour c++, fuse, browser ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1266Taille de fenêtre en IGH : cas où 50 ne suffit pas ?2018-11-20T09:18:26+01:00Vidjil TeamTaille de fenêtre en IGH : cas où 50 ne suffit pas ?La taille des fenêtres en multi-système est globale. À rajouter dans germlines et voir les implications dans windowExtractor ou la représentative.
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On remet donc le doigt dessus.
C'est embêtant si on est amené à comparer des données p...La taille des fenêtres en multi-système est globale. À rajouter dans germlines et voir les implications dans windowExtractor ou la représentative.
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On remet donc le doigt dessus.
C'est embêtant si on est amené à comparer des données produites par des configs différentes.
Au minimum : rajouter dans germline, pour qu'en multi IGH soit aussi à 60.
Ou sinon, grande homogénéisation, tout le monde à 40, 50, ou 60.
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On pourrait décider de cela avant 2015.02.
Je penche pour la grande homogénéisation.
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à décider pour 2015.02
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ok, on voit cela pour 2015.04
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plus tard...
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Au fait, j'ai bien vu hier que la propagande officielle indique "50" partout :)
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2d80348, 50 pour tout le monde.
Il n'y a "plus" que la transition server à voir, autre tâche.
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Euh… c'est pas un peu dangereux de mettre ça sur master alors qu'on n'a pas de moyen de faire la transition ? Ça veut dire qu'il ne faut surtout pas changer la version de vidjil sur rbx
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rbx est sur 2015.04, sur un version stable, oui il faudra faire attention à ne pas changer tout de suite... master sert à cela :)
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au passage, master est désynchronisé avec rbx depuis déjà quelque temps , surtout avec le -e 1.0 par défaut mais aussi le -t 100
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50bp, est-ce bien raisonnable ? Oui je sais on n'a plus ou moins tranché mais sans vraiment avoir de recul sur des données.
Mais quand je vois ça : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=481&config=26 (clone à 1,5% et afficher la fenêtre), si le D était un peu plus grand ou moins grignoté, ça fait un peu peur…
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Par contre un exemple qui fait très peur, sur le même jeu de données, c'est le clone à 0,671% : on a du D, du J et un seul nucléotide dans le N.
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Dans ce cas on pourrait passer à 60... mais cela ne fait que 5 de plus de cahque côté, on va toujours avoir des cas limite même à 60.
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Mmmm…. on a déjà eu du mal à prendre cette décision 50 (n’oublions pas que c’est 40 en ce moment). Par contre, on pourrait imaginer un process qui met un warning sur certains clones. En sortie du FineSegmenter, on devrait savoir si on est dans un cas limite ou non.
Et ce problème est (dans certains cas) indépendant de la taille de la fenêtre : Si on a un V/J collé avec 0 zone de N, ce sera très limite même avec une fenêtre de taille 100 :-) On doit mettre un gros warning dessus, et permettre de revenir sur les reads.
***
N'oublions pas que c'est 60 en IGH pour l'instant… (4^5 = 1024).
Ce sont des cas que j'ai vus sans trop chercher, parmi les 100 clones du jeu de données que j'avais en face de moi. C'est ça qui fait peur. Évidemment il y aura toujours des cas limites, mais là je n'ai pas épluché tous nos résultats avec de l'IGH pour tomber sur LE cas limite.
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Exemple 0481 mis dans notable.
Pour cet exemple, on est finalement sauvé (euh ? une délétion au troisième nucl de J) par ce que voit IMGT.
Mais cela n'enlève pas le problème, on doit alerter si faible spécificité de la fenêtre (tâche dédiée).
Être à 60 permet d'avoir 4^5... si on récupère bien du N sur un des côtés, ce qui est loin d'être sûr.
Maintenant, reste la question du -w par défaut.
Les utilisateurs en multi doivent avoir la même qualité que ceux en IGH seul, et la qualité doit être au top pour tout le monde.
On teste le -w 50 depuis longtemps en multi... et... les tests passent.
***
Revu une trentaine de clones des utilisateurs IGH (Florian, Eva, Jack). Aucun soucis pour le -w 50. Mais plusieurs soucis pour certaines spécificités avec zéro N qu'un -w 60 ne résoud pas.
Tranché, c'est douloureux. Je maintiens "The default value (=-w 50=) was selected to ensure a high-quality clone gathering."
Mise en prod server : si on hésite (non, il ne faut pas...), on pourra mettre -w 60 pour la config IGH.
Tâche renommé, le pb est IGH.
***
La nouvelle tâche S22 m'a fait encore plus peur... mais on est bien sur autre chose que les discussions 50/60.
***
(sur rbx, IGH est encore en -w 60, tout le reste en -w 50 par défaut, sauf les configs [old])
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3566Supprimer / rationaliser le format .vdj des headers ?2018-10-24T16:27:47+02:00Mathieu GiraudSupprimer / rationaliser le format .vdj des headers ?On l'a peut-être oublié, nous disons sur stdout et dans la ~doc que le `.vdj.fa` est (l'un des) "main output file"(s).
Voir aussi http://www.vidjil.org/doc/vidjil-algo/#main-output-files
```
>clone-001--IGH--0000008--0.0608%--lcl|FLN1FA...On l'a peut-être oublié, nous disons sur stdout et dans la ~doc que le `.vdj.fa` est (l'un des) "main output file"(s).
Voir aussi http://www.vidjil.org/doc/vidjil-algo/#main-output-files
```
>clone-001--IGH--0000008--0.0608%--lcl|FLN1FA001CPAUQ.1|-[106,232]-#2 - 127 bp (54% of 232.0 bp) + VDJ 1 54 73 84 85 127 IGHV3-23*05 6/ACCCGGGAGGAACAATAT/9 IGHD6-13*01 0//5 IGHJ4*02 IGH SEG_+ 1.952469e-18 1.644625e-18/3.078448e-19 {52(45)96 p CTREEQYSSWYFDFW}
CTGTACCTGCAAATGAACAGCCTG ...
```
Une fois que l'on a #2828, on peut se demander ce qu'on doit conserver.
Est-ce que ces headers sont utiles ? Oui pour ~"dev\-tests\-curated\-vdj", mais qui pourrait utiliser autre chose #3567.
On garde bien sûr la sortie `.vdj.fa`... mais :
- cas extrême : on vire ce header, ou tout ce qui est après l'espace
- ou, après la partie sans espace, on met directement le ` .tsv` AIRR #2828 (problème: trop long)
- ou au moins le *début* du .tsv, à supposer qu'on ait un ordre intelligent - (!xxx essaie de faire cela)
Dans tout les cas, au minimum, mettre la génération de tout cela dans une sous-classe de `CloneOutput` #3592.