vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-02-16T16:22:00+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2259Lancer tous les tests should-vdj avec une seule instance de Vidjil ?2022-02-16T16:22:00+01:00Mikaël SalsonLancer tous les tests should-vdj avec une seule instance de Vidjil ?J'anticipe que les tests avec Aho seront plus longs car :
1. la construction de l'automate est plus longue que de mettre des k-mers dans une table ;
2. la destruction de l'automate est assez longue (il faut parcourir l'automate en profo...J'anticipe que les tests avec Aho seront plus longs car :
1. la construction de l'automate est plus longue que de mettre des k-mers dans une table ;
2. la destruction de l'automate est assez longue (il faut parcourir l'automate en profondeur pour le détruire).
Ce n'est pas un problème en pratique car c'est bien l'étape d'analyse des données qui dominera largement le temps. Mais c'est un problème pour les tests car Vidjil est lancé très souvent avec un rechargement à chaque fois des germlines, surtout pour les should-vdj. Pourrait-on faire un gros fichier .fa concaténant tous les should-vdj et lancer Vidjil une seule fois dessus ?
cc @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2250Que signifie une e-valeur de 1 ?2017-03-14T17:48:13+01:00Mathieu GiraudQue signifie une e-valeur de 1 ?@mikael-s, à propos de #2230 :
> Un des problèmes vient du fait qu'une e-valeur de 1 n'est pas délirante quand on a 100 séquences, mais si on en a qu'une (comme dans les should-vdj) ce n'est pas la même histoire (mais ce n'est pas le seu...@mikael-s, à propos de #2230 :
> Un des problèmes vient du fait qu'une e-valeur de 1 n'est pas délirante quand on a 100 séquences, mais si on en a qu'une (comme dans les should-vdj) ce n'est pas la même histoire (mais ce n'est pas le seul problème).
J'ai eu un soucis similaire pour #2107, qui a mené à 3f023b73 : vu que c'est désormais uniquement le test de e-valeur qui mène à `UNSEG_ONLY_V/J`, des séquences vont être désormais segmentée avec une e-valeur de 1 alors qu'elles ne l'étaient pas avant (il y a avait `DETECT_THRESHOLD`). Pas de soucis dès qu'on a le multiplieur.
Faudrait-il mettre la e-valeur par défaut à 0.01 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2247Inventaire des warnings dans le fichier .vidjil et ailleurs2021-02-03T09:08:25+01:00Mathieu GiraudInventaire des warnings dans le fichier .vidjil et ailleursPour l'instant, on a quelques warnings par clone qui sont affichés, côté ~client, dans `builder.js`. On pourrait avoir un mécanisme plus général, pour afficher dans le ~client des warnings. Nous avons ajouté un champ `warn`) dans le `.v...Pour l'instant, on a quelques warnings par clone qui sont affichés, côté ~client, dans `builder.js`. On pourrait avoir un mécanisme plus général, pour afficher dans le ~client des warnings. Nous avons ajouté un champ `warn`) dans le `.vidjil, que ce soit par clone ou en global #2916. Mais cela ne suffit pas pour les ~"server-pre-process"...
Inventaire des warnings possibles, à compléter / discuter / implémenter -> https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/dev/doc/warnings.md
cc @mikael-s @RyanHerb @flothoniThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2245Réflexion sur les zones dans le client et l'indépendance des vues2020-12-04T13:51:16+01:00Mathieu GiraudRéflexion sur les zones dans le client et l'indépendance des vuesRegardons les différentes zones du client.
![layout-current](/uploads/e68cc06e63c6e47c5144104fb3cfefb9/layout-current.jpg)
- Il y a un mélange des genres en haut de la liste : `+/-` et `sort` concernent la liste, `search` et `x` co...Regardons les différentes zones du client.
![layout-current](/uploads/e68cc06e63c6e47c5144104fb3cfefb9/layout-current.jpg)
- Il y a un mélange des genres en haut de la liste : `+/-` et `sort` concernent la liste, `search` et `x` concernent le modèle
- `(focus)` et `(hide)` sont très liés à `search` et `x`
- La barre d’état / zone `:hover` est finalement peu utilisée
- `merge` est une des rares actions qui a un effet permanent sur le modèle. Ce n'est pas lié au segmenteur, mais on fait quand même très souvent `align` puis `merge`
- En tout cas tous les boutons `align` / `merge` / `> to *` concernent tous les clones sélectionnés (et même `▼` pour IMGT n'est pas vraiment lié au segmenteur mais complète le modèle)
- Le `plot` du scatterplot est bien placé, dans sa vue (et permet #2244), tout comme aussi le `...` du graphe.
Réfléchir à une indépendance des différentes vues ? Avoir #1740 en tête ?
cc @aurelBZH @RyanHerb @flothoni @mikael-s @tydaxWeb 2018.01Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2244Deux scatterplots, en particulier lorsqu'il y a qu'un seul sample2017-11-18T12:24:04+01:00Mathieu GiraudDeux scatterplots, en particulier lorsqu'il y a qu'un seul sampleDiscuté avec @aurelBZH, @RyanHerb et @mikael-s il y a quelques jours, mais aussi il y a fort longtemps avec @Zeud.
On pourrait mettre deux scatterplots, typiquement pour avoir une vue "Genescan" en même temps qu'une vue grille "V/J". ...Discuté avec @aurelBZH, @RyanHerb et @mikael-s il y a quelques jours, mais aussi il y a fort longtemps avec @Zeud.
On pourrait mettre deux scatterplots, typiquement pour avoir une vue "Genescan" en même temps qu'une vue grille "V/J". Ce serait particulièrement pertinent pour l'affichage par défaut d'un seul sample (où, pour l'instant, le graphe est minimisé)... et donnerait plus d'informations à nos usagers d'un premier coup d'oeil pour les échantillons type diagnostic.
- Cela ferait en fait trois zones à droites (un graphe, deux scatterplots). N'oublions pas que le graphe est présent mais minimisé quand il n'y a qu'un point. Comment gérer cela ? Aller jusqu'à quelque chose de générique (`n` vues stackées, penser en particulier au responsive #1740 ?)
- Pour ~"client-api", quelque chose comme `plot2=x,y`
cc @flothoniWeb 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2223LoadAnalysisURL recharge-t-il tout, est-ce bien raisonnable ?2018-02-23T10:04:51+01:00Mikaël SalsonLoadAnalysisURL recharge-t-il tout, est-ce bien raisonnable ?Voir #2222 : il semble que `loadAnalysisURL` dans `model_loader.js` recharge tous les composants, ce qui est peut-être un peu lourd. À vérifier et si besoin à alléger.
cc @magiraud @RyanHerbVoir #2222 : il semble que `loadAnalysisURL` dans `model_loader.js` recharge tous les composants, ce qui est peut-être un peu lourd. À vérifier et si besoin à alléger.
cc @magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2201Ne pas avoir de variables globales sur les différentes vues2021-08-10T16:39:43+02:00Mathieu GiraudNe pas avoir de variables globales sur les différentes vuesDiscussion avec @aurelBZH, @mikael-s et @RyanHerb (en partant de #2182 et autres).
On ne devrait pas utiliser de variables globales `sp`, `segment`... pour chaque vue, mais avoir uniquement des appels au modèle.
Les `m.graph` et `m.s...Discussion avec @aurelBZH, @mikael-s et @RyanHerb (en partant de #2182 et autres).
On ne devrait pas utiliser de variables globales `sp`, `segment`... pour chaque vue, mais avoir uniquement des appels au modèle.
Les `m.graph` et `m.sp` ne sont que des hacks temporaires (on pourrait avoir zéro ou plusieurs `sp`, et le code doit fonctionner).
Parmi les pistes évoquées, les vues pourraient s'enregistrer auprès de `shortcut` et `url_obs` (et potentiellement d'autres). Plus généralement, comme les vues s'enregistrent déjà auprès du modèle, une solution pourrait d'avoir des fonctions type `m.getViews(SP)` qui renvoie une *liste* de vues d'un certain type. À réfléchir/discuter encore, pas urgent pour l'instant.
/label ~client ~"!-reflexion" ~"!-hard"
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2196Mesurer la performance du client2020-01-21T16:39:43+01:00Mathieu GiraudMesurer la performance du clientNe devrait-on pas avoir quelque part une mesure de vitesse du client ?
Cela permettrait en particulier de mieux apprécier les améliorations comme #2127 / !7.
Ah oui, Marc avait fait... `test_speed.html` qui appelle `js/test.js`, pas...Ne devrait-on pas avoir quelque part une mesure de vitesse du client ?
Cela permettrait en particulier de mieux apprécier les améliorations comme #2127 / !7.
Ah oui, Marc avait fait... `test_speed.html` qui appelle `js/test.js`, pas modifiés depuis presque 3 ans (e18b4077).
Ne marche pas actuellement (adresse DB + CGI en dur, voir si c'est juste cela ou d'autres choses).
Il pourrait être intégré à la suite de tests.
cc @tydax @mikael-s @RyanHerbmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2195Inclure le .g dans le .vidjil2017-04-25T17:24:01+02:00Mathieu GiraudInclure le .g dans le .vidjilSuite à #2155 et en particulier ff70521, on pourrait se dire que plusieurs informations venant des `.g` sont à récupérer dans le `.vidjil`,
en particulier pour la tracabilité (qui est tout de même bien améliorée par #2155).
Ne pourra...Suite à #2155 et en particulier ff70521, on pourrait se dire que plusieurs informations venant des `.g` sont à récupérer dans le `.vidjil`,
en particulier pour la tracabilité (qui est tout de même bien améliorée par #2155).
Ne pourrait-on pas être plus général et embarquer le `.g`dans le `.vidjil` (et générer ce qu’il faut quand on vient de la ligne de commande) ? Mais cela ajouterait 5 Ko à chaque fichier `.vidjil`… Ou bien tout sauf `systems` (ce qui est dommage quand même).
cc @mikael-s @flothoni https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2177Reset analysis2023-06-30T11:13:40+02:00Ryan HerbertReset analysisIl se pourrait dans certains cas qu'un utilisateur veuille repartir au moins en partie depuis le dernier results_file.
Notamment en cas d'erreur logiciel, comme dans #2176
Voudrait-on donc proposer un bouton "reset" ou peut-être simple...Il se pourrait dans certains cas qu'un utilisateur veuille repartir au moins en partie depuis le dernier results_file.
Notamment en cas d'erreur logiciel, comme dans #2176
Voudrait-on donc proposer un bouton "reset" ou peut-être simplement exposer les changements de manière claire aux utilisateurs afin qu'ils puissent au minimum revert des changements à la main ?
cc @mikael-s @magiraud @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2175Liste et segmenteur : affichage flexible d'axes2017-05-11T13:27:32+02:00Mathieu GiraudListe et segmenteur : affichage flexible d'axesOn en a déjà parlé plusieurs fois, mais on vient de se rendre compte avec @RyanHerb que cela pourrait être vraiment très général.
On souhaiterait pouvoir afficher n'importe quel axe dans la liste ou le segmenteur. Pour l'instant, à côté...On en a déjà parlé plusieurs fois, mais on vient de se rendre compte avec @RyanHerb que cela pourrait être vraiment très général.
On souhaiterait pouvoir afficher n'importe quel axe dans la liste ou le segmenteur. Pour l'instant, à côté du nom du clone, on affiche la taille, le tag, et éventuellement d'autres choses dans le segmenteur (notamment la productivité). On pourrait avoir des listes pour choisir les axes à afficher (et certians axes ont des affichages / contrôles particuliers, comme les étoiles de tag.
En lien avec #1763 et #2174.
cc @mikael-s @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2174Features de séquences et axes : concepts et liens2020-10-14T11:29:54+02:00Mathieu GiraudFeatures de séquences et axes : concepts et liensDiscussion débutée avec @RyanHerb.
Nous avons deux concepts dont nous souhaitons améliorer la généricité :
* les "features" ~"client-segmenter" (quelque chose sur une portion de la séquence) #2136 #2137
* les "axes" ~"client-ax...Discussion débutée avec @RyanHerb.
Nous avons deux concepts dont nous souhaitons améliorer la généricité :
* les "features" ~"client-segmenter" (quelque chose sur une portion de la séquence) #2136 #2137
* les "axes" ~"client-axis" (une valeur pour un clone) #1471 #2175
Déjà, sommes-nous cohérents dans notre vocabulaire, entre *"feature"* et *"axe"* ? (Meilleur nom que "axe" ?) (#2136 parle-t-il de feature ou d'axes ?)
Est-ce que ce sont toujours deux concepts bien séparés ? Il y a parfois des liens entre ces concepts. C'est le cas de #2043 @flothoni : on peut calculer un axe à partir de feature. Longueur de N, entre deux primers... on pourrait en avoir d'autres (nombre de D, ...).
Et des features sur toute la séquence sont naturellement des axes... la description du format `.vidjil` indique :
```
// any feature to be highlighted in the sequence, with optional fields related to this feature:
// - "start"/"stop" : positions on the clone sequence (starting at 1)
// - "seq" : a sequence
// - "val" : a numerical value
// - "info" : a textual vlaue
"somefeature": { "start": 56, "stop": 61, "seq": "ACTGTA", "val": 145.7, "info": "analyzed with xyz" },
// Numerical or textual features concerning all the sequence or its analysis (such as 'evalue')
// can be provided by omitting "start" and "stop" elements.
"someotherfeature": {"val": 0.004521},
```
Ici on aimerait clairement pouvoir afficher `someotherfeature` comme un axe.
Mais ces deux concepts sont tout de même fort différents. Que nous évoquent-ils ? Quelque part, le ~client Vidjil n'est-il pas principalement un affichage de clones avec des features et des axes (et des samples) ?
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2172Tags: modèle, recherches2017-10-06T13:41:46+02:00Mathieu GiraudTags: modèle, recherchesVoir la discussion initiée par @flothoni dans #2170, et la vieille tâche #1745.
Les tags (en général, hors cas particuliers comme #1555) seraient des simples mots présents dans les infos d'un sample set et/ou d'un sample. On souhaite ic...Voir la discussion initiée par @flothoni dans #2170, et la vieille tâche #1745.
Les tags (en général, hors cas particuliers comme #1555) seraient des simples mots présents dans les infos d'un sample set et/ou d'un sample. On souhaite ici mieux gérer ces tags tels que `#bla` (ou `#mrd`, en attendant #1555).
Idées en vrac, à discuter / compléter :
- (affichage d'une fiche) afficher les tags d'une certaine manière (en inline, comme ~"bio-metadata" dans gitlab ?)
- (affichage d'une liste de sample sets / samples) afficher certains tags dans la liste
- (recherche/édition) proposer une liste de tags à côté des champs de recherche
- (recherche/édition) faire de l'autocomplétion lorsqu'on saisit `#` dans ces champs
- ...
cc @mikael-s @RyanHerbWeb 2017.09Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2171Permettre des OR dans les requêtes de recherche de sample sets ou samples2024-02-21T14:18:07+01:00Mathieu GiraudPermettre des OR dans les requêtes de recherche de sample sets ou samplesVoir dicussion soulevée par @flothoni dans #2170.
On souhaiterait éventuellement accepter des `OU` logiques dans requêtes (`advanced_filter` dans `modules/vijdil_utils.py`). Et d'autres choses (parenthèses ?) ? Discuter déjà de la syntax...Voir dicussion soulevée par @flothoni dans #2170.
On souhaiterait éventuellement accepter des `OU` logiques dans requêtes (`advanced_filter` dans `modules/vijdil_utils.py`). Et d'autres choses (parenthèses ?) ? Discuter déjà de la syntaxe.
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2170Pouvoir ajouter des catégories pour des patients/samples2017-10-06T13:41:46+02:00Thonier FlorianPouvoir ajouter des catégories pour des patients/samplesDemande de Rennes qui demande refléxion.
>Est-il envisageable qu'un utilisateur ait des categories (mrd, diag, recherche, mutéXXX, ...) pour ouvoir classer ses patients, et ensuite cliquer pour filtrer sur ce champs ?
L'idée ici serait...Demande de Rennes qui demande refléxion.
>Est-il envisageable qu'un utilisateur ait des categories (mrd, diag, recherche, mutéXXX, ...) pour ouvoir classer ses patients, et ensuite cliquer pour filtrer sur ce champs ?
L'idée ici serait de filtrer les données de recherche, et restreindre l'affichage uniquement aux patients correspondant à l'une ou l'autre de ces deux categories seulement.
Seconde possibilité, une union entre ces differents filtres ?
D'un point de vue technique, il faut rajouter un champs dans la base qui servira de filtre., et adapter la requete avec cette information.
Il faut aussi prévoir une page de création/modifications des categories, et un champs supplémentaire lors de la creation/modification d'un patient
L'autre point, c'est que ça peut rallonger le délai de traitement sur le BDD.
Il s'agit d'une piste de réflexion, je ne sais pas si au vue des contraintes c'est envisageable.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbWeb 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2163La suppression doit-elle vraiment supprimer ?2023-07-13T15:55:36+02:00Mikaël SalsonLa suppression doit-elle vraiment supprimer ?Parfois des bugs arrivent sur des données qui ont été supprimées et nous ne pouvons pas les reproduire. Parfois des utilisateurs pourraient supprimer par inadvertance des sets liés à des patients.
Bref, par sécurité et pour des question...Parfois des bugs arrivent sur des données qui ont été supprimées et nous ne pouvons pas les reproduire. Parfois des utilisateurs pourraient supprimer par inadvertance des sets liés à des patients.
Bref, par sécurité et pour des questions pratiques doit-on vraiment supprimer les données lorsqu'on clique sur supprimer ? Ne faut-il pas juste ajouter un champ `deleted` à chaque table pour savoir s'il faut afficher le champ ou non (les admins auraient la possibilité de voir les données supprimées).
À voir si on va jusqu'à appliquer cela aux fichiers de séquences.
cc @magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2162Afficher des D selon leur niveau de e-valeur2020-10-14T11:25:55+02:00Mikaël SalsonAfficher des D selon leur niveau de e-valeurDiscussion en audio Vidjil : faut-il afficher le D selon le choix de spécificité de l'utilisateur ?
Pour désigner une amorce, il est important de savoir si on tombe dans le D ou non, les utilisateurs préfèrent avoir des faux positifs que...Discussion en audio Vidjil : faut-il afficher le D selon le choix de spécificité de l'utilisateur ?
Pour désigner une amorce, il est important de savoir si on tombe dans le D ou non, les utilisateurs préfèrent avoir des faux positifs que des faux négatifs (voir aussi #1681)
On pourrait très bien avoir la e-valeur du D dans le `.vidjil` mais cela fait varier la dénomination du clone.
Remarque de @magiraud : mais il faudrait vérifier la spécificité avec n'importe quel bout du génome (mais dans cette région-là on a quand même beaucoup plus de risques d'être effectivement dans le D).
cc @magiraud @RyanHerb @flothoni @Cyanael @aurelBZHhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2131Des workers meurent silencieusement2022-06-20T15:04:27+02:00Mikaël SalsonDes workers meurent silencieusementSur vda nous n'avons que deux workers en ce moment au lieu des 4 paramétrés. Qu'est-ce qui explique ces pertes ? Les workers ne sont pas supposés se relancer à leur décès ?
cc @magiraud @RyanHerbSur vda nous n'avons que deux workers en ce moment au lieu des 4 paramétrés. Qu'est-ce qui explique ces pertes ? Les workers ne sont pas supposés se relancer à leur décès ?
cc @magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2128Pas de confirmation avant la suppression d'un fichier de séquences2019-02-28T14:30:15+01:00Mikaël SalsonPas de confirmation avant la suppression d'un fichier de séquencesSur dev.vidjil.org, j'essaie de supprimer un fichier de séquences qui possède un résultat je clique donc sur la croix et j'ai le choix entre plusieurs possibilités :
1. Supprimer le fichier de séquences
2. Supprimer le fichier de séquen...Sur dev.vidjil.org, j'essaie de supprimer un fichier de séquences qui possède un résultat je clique donc sur la croix et j'ai le choix entre plusieurs possibilités :
1. Supprimer le fichier de séquences
2. Supprimer le fichier de séquences et le(s) fichier(s) de résultat
3. Annuler
Quand je clique sur 1. ou 2. l'action est effectuée. Auparavant une confirmation était demandée. Cette confirmation était-elle une précaution superfêtatoire ou utile ?
@magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2110Favoriser une meilleure distribution des insertions dans le FineSegmenter2017-11-22T12:17:33+01:00Mathieu GiraudFavoriser une meilleure distribution des insertions dans le FineSegmenterTout en restant "déterministe" au sens de Th. Mora, on pourrait avoir un score pour les insertions pour ne pas avoir trop d'insertions trop courtes. "Maximum probability scenario" selon Th. Mora, fait par "Partis" (mais moins bien que "I...Tout en restant "déterministe" au sens de Th. Mora, on pourrait avoir un score pour les insertions pour ne pas avoir trop d'insertions trop courtes. "Maximum probability scenario" selon Th. Mora, fait par "Partis" (mais moins bien que "IGoR").
@mikael-s