vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-02-13T08:57:29+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2601Retravailler un alignement global en détectant les parties mal alignées2019-02-13T08:57:29+01:00Mathieu GiraudRetravailler un alignement global en détectant les parties mal alignéesPour aller plus loin que #2599, on souhaite détecter, dans un alignement, des parties mal alignées et mes remplacer par un bloc non aligné (typiquement le bloc grisé de #2599).
Mais plus simplement, on pourrait lancer un `SemiGlobalTran...Pour aller plus loin que #2599, on souhaite détecter, dans un alignement, des parties mal alignées et mes remplacer par un bloc non aligné (typiquement le bloc grisé de #2599).
Mais plus simplement, on pourrait lancer un `SemiGlobalTrans` (ou ...) comme il le faut et compléter en collant le bloc.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2595Segmentation avec un seul k-mer avec Aho-Corasick2019-02-28T20:52:32+01:00Mikaël SalsonSegmentation avec un seul k-mer avec Aho-CorasickLa version de Vidjil avec Aho-Corasick échoue sur un test dans `chimera-fake.should-get` sur cette séquence (qui est un faux mélange de TRG/TRD) :
> TCTTCCAACTTGGAAGGGAGAACGAAGTCAGTCACCAGGCTGACTGGGTCATCTGCTGAAGCCCAGAAGGTTACTCAAGCCCAGTCAT...La version de Vidjil avec Aho-Corasick échoue sur un test dans `chimera-fake.should-get` sur cette séquence (qui est un faux mélange de TRG/TRD) :
> TCTTCCAACTTGGAAGGGAGAACGAAGTCAGTCACCAGGCTGACTGGGTCATCTGCTGAAGCCCAGAAGGTTACTCAAGCCCAGTCATCAGTATCCATGCCAGTGAGGAAAGCAGTCACC
Or Vidjil segmente cette séquence en IGK et la chaîne d'affectations ressemble à cela :
```
# 11 - VJ 1 79 108 120 seed IGK SEG_- 1.858802e-01 1.858801e-01/1.009101e-07 _ _-k ? _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+K _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-K-K-K-K _ _ _ _ _ _-K-K _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-K-K-K _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
```
Il n'y a qu'un seul `-k`, et la e-valeur est très haute, mais ça passe tout juste. Pourquoi ?
1. L'index load est faible sur les J (0,013%), contre 1,048% auparavant (il n'y avait pas de distinction entre l'index load des V et des J).
2. La séquence est relativement courte (120nt).
3. Il a peu de séquences dans le fichier.
Bref, que faire ? On est (à peu près) contents de notre calcul de e-valeur. Avoir un index load séparé pour les V et les J semble plus pertinent. Faut-il allonger la séquence pour tricher et refaire passer la e-valeur au dessus du seuil fatidique ?Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2589Nouvelle vue pour remplacer getHTMLinfo(), information d'un clone responsif2020-12-04T14:18:26+01:00Mathieu GiraudNouvelle vue pour remplacer getHTMLinfo(), information d'un clone responsifVu à Douai : la boîte info d'un clone (`.info-container`) n'est pas responsive, en particulier si on enlève les bandeaux de gauche. Mettre directement cela comme une vue de ~"vmi-responsive" ?
Discussion : cela pourrait être même une v...Vu à Douai : la boîte info d'un clone (`.info-container`) n'est pas responsive, en particulier si on enlève les bandeaux de gauche. Mettre directement cela comme une vue de ~"vmi-responsive" ?
Discussion : cela pourrait être même une vue au sens Vidjil. À voir ce que cela pourrait être si plusieurs clones sont sélectionnés.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2585haml2023-03-01T16:42:41+01:00Mathieu Giraudhaml@RyanHerb a présenté à Douai haml : http://haml.info
Implémentation python ? https://github.com/mikeboers/PyHAML ?@RyanHerb a présenté à Douai haml : http://haml.info
Implémentation python ? https://github.com/mikeboers/PyHAML ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2579Supprimer un process ne supprime pas le scheduler_task associé2020-08-07T15:43:41+02:00Ryan HerbertSupprimer un process ne supprime pas le scheduler_task associéDepuis l'interface d'un sample_set, si on supprime un `run`, on s'attendrait à ce que je le scheduler ne lance pas la tâche associée. Or je constate qu'après avoir supprimé des tâches qui étaient en `QUEUED` ou en `ASSIGNED`, les entrées...Depuis l'interface d'un sample_set, si on supprime un `run`, on s'attendrait à ce que je le scheduler ne lance pas la tâche associée. Or je constate qu'après avoir supprimé des tâches qui étaient en `QUEUED` ou en `ASSIGNED`, les entrées dans la table `scheduler_task` ne sont pas supprimées.
Je dirais même que l'on pourrait s'attendre à ce que la tâche soit complètement killée si elle est déjà en cours d'exécution.
@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2575Doit on ajouter le créateur du groupe au groupe en question ?2017-12-19T08:47:20+01:00Ryan HerbertDoit on ajouter le créateur du groupe au groupe en question ?Lorsque l'on créé un groupe dans vidjil, l'utilisateur qui a créé le groupe est ajouté dans le groupe par défaut.
La plupart du temps ce n'est pas désiré, mais parfois c'est utile...Lorsque l'on créé un groupe dans vidjil, l'utilisateur qui a créé le groupe est ajouté dans le groupe par défaut.
La plupart du temps ce n'est pas désiré, mais parfois c'est utile...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2479Mettre un verrou tant que des fichiers sont en cours de run/upload pour ne pa...2021-11-26T11:38:50+01:00Mikaël SalsonMettre un verrou tant que des fichiers sont en cours de run/upload pour ne pas lancer fuse ?Comme l'illustre #2472 : on lance beaucoup fuse.py, et inutilement.
@RyanHerb se demande si on ne pourrait pas poser un verrou pour ne pas lancer fuse tant que des fichiers sont encore en train d'être analysés (voire en cours d'upload)....Comme l'illustre #2472 : on lance beaucoup fuse.py, et inutilement.
@RyanHerb se demande si on ne pourrait pas poser un verrou pour ne pas lancer fuse tant que des fichiers sont encore en train d'être analysés (voire en cours d'upload). Cela permettrait de ne lancer qu'un seul fuse, une bonne fois pour toute plutôt que de lancer un fuse à la suite de chaque lancement (c'est aussi une réponse possible à #2011).
Inconvénient : on ne peut pas commencer à voir des résultats partiels.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2449construction des objets germlines2017-08-30T09:02:51+02:00Ghost Userconstruction des objets germlinescomment les objets germlines doivent ils etre construit? quel germline doivent etre incluses dans chaque objet?comment les objets germlines doivent ils etre construit? quel germline doivent etre incluses dans chaque objet?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2441Changer un axe du scatterplot en cliquant dessus2017-11-29T15:11:35+01:00Mathieu GiraudChanger un axe du scatterplot en cliquant dessusSans aller dans le menu plot, on pourrait souhaiter changer les axes X/Y juste en cliquant sur l'axe. À discuter.Sans aller dans le menu plot, on pourrait souhaiter changer les axes X/Y juste en cliquant sur l'axe. À discuter.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2438Eviter les initialisations multiples2017-11-14T17:42:00+01:00Ghost UserEviter les initialisations multiplesJe remarque, sans savoir précisément où, que certaines vues sont initialisées plusieurs fois. Par exemple, il y a 3 exécutions de `Builder.init()` à l'ouverture de la page.
C'est sans doute lié à des mécaniques d'`udpate`.
Régler...Je remarque, sans savoir précisément où, que certaines vues sont initialisées plusieurs fois. Par exemple, il y a 3 exécutions de `Builder.init()` à l'ouverture de la page.
C'est sans doute lié à des mécaniques d'`udpate`.
Régler ce souci permettrait certainement de gagner en performance, ou du moins de limiter les appels 'superflus'.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2430Export csv flexible2023-03-01T17:14:11+01:00Mathieu GiraudExport csv flexible#2428 est déjà intéressant et servira potentiellement à plusieurs utilisateurs.
On pourrait à terme avoir un export flexible type ce qui a été fait pour la liste et le segmenter (#2175 par @heto).
Pas pour tout de suite, rien d'urgent.#2428 est déjà intéressant et servira potentiellement à plusieurs utilisateurs.
On pourrait à terme avoir un export flexible type ce qui a été fait pour la liste et le segmenter (#2175 par @heto).
Pas pour tout de suite, rien d'urgent.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2425Mettre à jour jQuery vers jQuery 3.x ?2017-05-10T18:41:29+02:00Mathieu GiraudMettre à jour jQuery vers jQuery 3.x ?Voir #1171.
Notre version de jQuery date de septembre 2014. jQuery 3.0 est sorti en juin 2016 :
> jQuery 3.0 is now released! This version has been in the works since October 2014. We set out to create a slimmer, faster version of jQue...Voir #1171.
Notre version de jQuery date de septembre 2014. jQuery 3.0 est sorti en juin 2016 :
> jQuery 3.0 is now released! This version has been in the works since October 2014. We set out to create a slimmer, faster version of jQuery (with backwards compatibility in mind). We’ve removed all of the old IE workarounds and taken advantage of some of the more modern web APIs where it made sense. It is a continuation of the 2.x branch, but with a few breaking changes that we felt were long overdue.
Est-ce que cela vaut le coup de changer ?
Mais la migration n'est peut-être pas si évidente : https://jquery.com/upgrade-guide/3.0/
Si cela implique des changements un peu partout, il faudra faire attention aux dévs en cours sur des branches.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2420Réduire l'espace perdu dans le scatterplot à proximité des labels2018-08-09T14:19:30+02:00Mathieu GiraudRéduire l'espace perdu dans le scatterplot à proximité des labelsDiscuté avec @heto et @RyanHerb hier à propos de #2244, mais pertinent aussi pour un seul scatterplot ou bien pour #1740.
Il y a beaucoup d'espace blanc dans certaines configurations du scatterplot (Voir lesquelles ?). Cela dépend en ...Discuté avec @heto et @RyanHerb hier à propos de #2244, mais pertinent aussi pour un seul scatterplot ou bien pour #1740.
Il y a beaucoup d'espace blanc dans certaines configurations du scatterplot (Voir lesquelles ?). Cela dépend en particulier de l'orientation des labels et de leur longueur. À réfléchir, probablement sur des captures d'écran/mockups avant tout code.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2407Compléter feature-c/flexible_axis_display2017-11-22T12:49:04+01:00Ghost UserCompléter feature-c/flexible_axis_displayLa nouvelle fonctionnalité est opérationnelle (-> !22), présente en dev mode pour l'instant.
Il reste cependant plusieurs choses à régler avant de la rendre 'publique'.
Problèmes connus :
- le plus important, les `.fct` (et `.prett...La nouvelle fonctionnalité est opérationnelle (-> !22), présente en dev mode pour l'instant.
Il reste cependant plusieurs choses à régler avant de la rendre 'publique'.
Problèmes connus :
- le plus important, les `.fct` (et `.pretty` selon le besoin) manquants dans `Axes`
-> comme discuté plusieurs fois, tous les axes doivent pouvoir être utilisés ; dans certains cas la `fct` voulue existe déjà mais se trouve ailleurs ; enfin cela mènera sans doute à supprimer l'utilisation `clone.axisOptions`
- déroulement de haut en bas du `segmenter_axis_menu`, dû à l'utilisation du fonctionnement du menu du haut de page (`menu-container`, classe `.selector` et fonctions associées)
-> sans doute plutôt l'inverse puisqu'ici le menu part du bas
- beaucoup de divs, parfois 'vides', pour reproduire la structure du menu et pouvoir utiliser les fonctions liées à `.selector`
- `#segmenter_axis_select.style.top` fixé arbitrairement, dans l'attente d'une solution meilleure et surtout fonctionnelle
-> j'avais essayé plusieurs choses pour obtenir `top = -height`, sans réussite
- alignement des 'colonnes' dans le segmenteur
-> en bonne partie résolu mais la solution en place mène dans certains cas à des 'rognages' de caractères (`overflow : hidden`), notamment avec Chromium
- 'disparition' de `.getPrintabeSize`
-> lire #2399, #2400
- besoin potentiel de nouveaux tests, dédiés aux modifications apportées
- valeur 'undefined' renvoyée par certains axes, transformée en '?' par `.pretty`
-> le string 'undefined' débordait dans les spans d'axisBox, mais '?' n'est pas forcément le plus pertinent ; p-ê mieux à choisir, notamment pour uniformiser si besoin
- espace pris par `list_axis_select`
-> p-ê une solution à trouver pour éviter d'augmenter la hauteur de `list_menu`
Globalement, tout ce qui concerne les contrôleurs/menus peut tout à fait bouger, il s'agissait surtout pour le moment d'avoir quelque chose d'utilisable.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2399axes/colonnes: pretty_verbose2017-10-13T12:43:02+02:00Mathieu Giraudaxes/colonnes: pretty_verbosecc @heto @RyanHerbcc @heto @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2355segmenteur, gènes VDJ : vue compressée, sur une même ligne2020-10-14T11:29:53+02:00Mathieu Giraudsegmenteur, gènes VDJ : vue compressée, sur une même lignePour #1925/#2137, on peut déjà mettre les VDJ sur trois « lignes du segmenter » différentes.
Mais on pourrait aussi avoir une vue compressée, où V et J (voire D) sont sur la même ligne, pour gagner en lisibilité et/ou en espace vertical....Pour #1925/#2137, on peut déjà mettre les VDJ sur trois « lignes du segmenter » différentes.
Mais on pourrait aussi avoir une vue compressée, où V et J (voire D) sont sur la même ligne, pour gagner en lisibilité et/ou en espace vertical. Cela serait un cas particulier de #2354.
Ce serait assez agréable dès qu'il y a suffisament du N. Et voir comment cela se passe s’il y a un overlap : un `:hover` bien placé ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2354aligneur, gènes VDJ : position verticale2020-10-14T13:49:16+02:00Mathieu Giraudaligneur, gènes VDJ : position verticalePour #1925/#2137, surtout avec #2353, la question de la position verticale des gènes VDJ se pose.
Pour l’instant, les positions verticales dans le ~"client-segmenter" des clones sont fixes (tri par taille). On pourrait tout d’abord met...Pour #1925/#2137, surtout avec #2353, la question de la position verticale des gènes VDJ se pose.
Pour l’instant, les positions verticales dans le ~"client-segmenter" des clones sont fixes (tri par taille). On pourrait tout d’abord mettre les VDJ sous le clone, mais, vu #2353 les mettre ailleurs (tous en haut ? déplaçable ?). Voir aussi #2355.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2344Stocker les informations de pairage des chaînes / de single cell2019-12-13T12:23:51+01:00Mikaël SalsonStocker les informations de pairage des chaînes / de single cell#2318 parle de données avec des chaînes pairées mais nous n'avons pas de moyen de conserver le pairage dans le fichier (et ensuite dans l'affichage).
Il faut donc réfléchir à la manière d'adapter le format dans ce but.
cc @magiraud#2318 parle de données avec des chaînes pairées mais nous n'avons pas de moyen de conserver le pairage dans le fichier (et ensuite dans l'affichage).
Il faut donc réfléchir à la manière d'adapter le format dans ce but.
cc @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2334cloneDB : ontologie des maladies2017-12-04T11:46:13+01:00Thonier FloriancloneDB : ontologie des maladiesDiscussion avec Véronique à l'aéroport :
Il existe des ontologie des maladies, et ce au niveau européen et au niveau Français. D'expérience, elle conseille d'y réfléchir en amont pour flécher le choix des champs par les praticiens/ch...Discussion avec Véronique à l'aéroport :
Il existe des ontologie des maladies, et ce au niveau européen et au niveau Français. D'expérience, elle conseille d'y réfléchir en amont pour flécher le choix des champs par les praticiens/chercheurs et ne pas flooder la DB en meta-data.
Exemple : World Health Organization et NCBO en fournissent au niveau international.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2323Tests fonctionnels sur le serveur live pour détecter des incidents de prod2023-03-02T12:03:27+01:00Mathieu GiraudTests fonctionnels sur le serveur live pour détecter des incidents de prodOn en parlait il y a fort longtemps. Et il y a, dans browser/test/Makefile, un `make functional-rbx` (mais qui teste le client).
Plutôt tester des controlleurs (les tests serveur ?) en live.
cc @mikael-s @RyanHerbOn en parlait il y a fort longtemps. Et il y a, dans browser/test/Makefile, un `make functional-rbx` (mais qui teste le client).
Plutôt tester des controlleurs (les tests serveur ?) en live.
cc @mikael-s @RyanHerbThonier FlorianThonier Florian2021-01-18