vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-02-20T16:36:27+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4152only/except pour remplacer feature-a ?2020-02-20T16:36:27+01:00Mathieu Giraudonly/except pour remplacer feature-a ?Cas particulier de #3588, viendra une fois qu'on aura du recul déjà sur #4148.
De quoi `feature-a` doit dépendre ? Je vois déjà:
```yaml
only:
changes:
- algo/**/*
- doc/vidjil-algo.md # les tangles
- germline/g...Cas particulier de #3588, viendra une fois qu'on aura du recul déjà sur #4148.
De quoi `feature-a` doit dépendre ? Je vois déjà:
```yaml
only:
changes:
- algo/**/*
- doc/vidjil-algo.md # les tangles
- germline/germline_id
- germline/*.g
- tools/**/* # on pourrait être plus précis
```
Les `**/*` ailleurs que dans `algo/` peuvent être problématiques, le soucis est qu'on risque de lancer souvent pour rien #3397 (mais c'est très bien si on détecte ainsi des problèmes).
À l'inverse, même si on ne couvre pas 100% (et c'est déjà le cas actuellement, ou on "oublie" de nommer correctement une branche à certains moments), normalement on a un pipeline hebdomadaire sur `dev` qui teste tout, il faudra veiller à ce qu'il soit bien conservé.
Bref, a priori quelques fichiers `germline/`, plutôt que `germline/**/*` (le but est bien de pouvoir travailler sur une `feature-g` indépendamment de l'algo)
Quelque part cela fait réfléchir à nos dépendances (et à #1491 :).2020-04-02https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4179Rupture de l'axe des Y / broken Y-axis2020-02-12T16:48:49+01:00Mathieu GiraudRupture de l'axe des Y / broken Y-axisDiscuté avec @mikael-s et @duez : devrait-on couper l'axe des Y pour voir un fond polyclonal sous un clone majoritaire (au lieu de la technique habituelle avec ~"client-filter") ?
Le soucis est qu'on veut toujours voir "l'écrasement". P...Discuté avec @mikael-s et @duez : devrait-on couper l'axe des Y pour voir un fond polyclonal sous un clone majoritaire (au lieu de la technique habituelle avec ~"client-filter") ?
Le soucis est qu'on veut toujours voir "l'écrasement". Par exemple, si le clone 1 est > 3-4 fois le clone 2, couper l'axe pour qu'il soit toujours au moins 2x plus gros que le clone 2. Ces cas peuvent cependant être très fréquents pour des échantillons de diag.
(Au passage, pas exactement sur le même sujet, https://www.data-to-viz.com/caveat/cut_y_axis.html)
@duez : "si on fait un truc automatique, il faudra avoir une préférence pour l'enlever"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4162Analysis valable pour tous les accès au sample2020-02-05T16:13:14+01:00Thonier FlorianAnalysis valable pour tous les accès au sampleJe pense qu'il y a une issue la dessus, mais je n'en retrouve pas de trace.
Maintenant que nous avons des utilisateurs qui regardent par run, nous nous retrouvons avec des annotations qui finissent dans le `.analysis` du run. Le souci e...Je pense qu'il y a une issue la dessus, mais je n'en retrouve pas de trace.
Maintenant que nous avons des utilisateurs qui regardent par run, nous nous retrouvons avec des annotations qui finissent dans le `.analysis` du run. Le souci est que ces informations ne sont pas disponible lorsque nous ouvrons les données par patient.
Les utilisateurs sont alors tentés de continuer à ouvrir le sample par l'accès au run.
Une solution naîve serait d'avoir un `.analysis` propre à chaque sample, accessible aussi bien lorsque l'on adccède au run qu'au patient. Mais nous avons alors un souci si un clone XXX du sample A est renommé xxx dans le sample B d'un run et yyy dans le sample C d'un patient. Ce n'est là qu'un exemple des nombreux effet de bords.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3934Avoir à la fois le nom du fichier et du patient depuis un run2020-01-24T10:15:21+01:00Thonier FlorianAvoir à la fois le nom du fichier et du patient depuis un run~"REN-Rennes" me fait la demande d'un moyen de voir apparaître pour un sample donné, ouvert depuis un run, le nom du patient ET le nom du fichier en même temps.
J'avais d'abord envisagé #3868 et #2728. Mais cela n'apporterai pas entièr...~"REN-Rennes" me fait la demande d'un moyen de voir apparaître pour un sample donné, ouvert depuis un run, le nom du patient ET le nom du fichier en même temps.
J'avais d'abord envisagé #3868 et #2728. Mais cela n'apporterai pas entière satisfaction. J'ai recroisé Marie-Laure hier qui m'a confirmé que les deux informations devrait à son sens être visualisable directement sans manipulation pour permettre une meilleur l'identito-vigilance (~"#-certification" ).
Tel que l'on en parlait hier avec elle plusieurs solutions sont envisageables.
* Le plus simple serait d'avoir l'information qui remonterait dans la partie `démographique`.
* Une autre solution serait d'avoir en titre dans la timeline la combo patient/fichier.
* Enfin, la dernière serait d'avoir un mix avec #2728. On pourrait avoir une ligne de plus, sous le champ de texte, avec des boutons permettant d'ouvrir un patient/run/set, et la liste des patient/... qui comportent ce sample. Ainsi, on les voit et l'on peut sauter de l'un à l'autre. Si il n'y à qu'une entré, on n'affiche rien. La variante serait de les afficher dans le menu, à la suite du open/save.
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4159maj de la liste des patients/runs necessite un refresh de la page2020-01-24T09:24:37+01:00Thonier Florianmaj de la liste des patients/runs necessite un refresh de la pageAprès avoir créé un/des patient(s), run(s), il est parfois nécessaire de rafraîchir la page pour permettre de les voir apparaître dans la liste.
Il me semble que nous ne rafraîchissons pas toujours car cela est coûteux en terme d'accès ...Après avoir créé un/des patient(s), run(s), il est parfois nécessaire de rafraîchir la page pour permettre de les voir apparaître dans la liste.
Il me semble que nous ne rafraîchissons pas toujours car cela est coûteux en terme d'accès à la base (mais pas si long je crois). C'est ça ? De même, est-il possible de le lancer au moment ou l'on arrive sur la page d'ajout/édition d'un sample pour ne pas avoir à attendre dans ce cas ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2196Mesurer la performance du client2020-01-21T16:39:43+01:00Mathieu GiraudMesurer la performance du clientNe devrait-on pas avoir quelque part une mesure de vitesse du client ?
Cela permettrait en particulier de mieux apprécier les améliorations comme #2127 / !7.
Ah oui, Marc avait fait... `test_speed.html` qui appelle `js/test.js`, pas...Ne devrait-on pas avoir quelque part une mesure de vitesse du client ?
Cela permettrait en particulier de mieux apprécier les améliorations comme #2127 / !7.
Ah oui, Marc avait fait... `test_speed.html` qui appelle `js/test.js`, pas modifiés depuis presque 3 ans (e18b4077).
Ne marche pas actuellement (adresse DB + CGI en dur, voir si c'est juste cela ou d'autres choses).
Il pourrait être intégré à la suite de tests.
cc @tydax @mikael-s @RyanHerbmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4146Surveiller par CI des mesures de temps2020-01-21T16:39:22+01:00Mathieu GiraudSurveiller par CI des mesures de tempsExtrait de #2196 (mais pourrait aussi s'appliquer à ~"cpp-speed" et ~"server-speed"):
> Idéalement, un jour on aimerait (...) surveiller cela par ~"dev-ci".
> Un test sur un slave fixe, et trouver comment indiquer cela (un temps en dur...Extrait de #2196 (mais pourrait aussi s'appliquer à ~"cpp-speed" et ~"server-speed"):
> Idéalement, un jour on aimerait (...) surveiller cela par ~"dev-ci".
> Un test sur un slave fixe, et trouver comment indiquer cela (un temps en dur dans un fichier, et le test plante si +/- 10%) ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4126Panneau clone info, afficher les size 0 avec un fond gris ?2020-01-17T17:12:07+01:00Thonier FlorianPanneau clone info, afficher les size 0 avec un fond gris ?Je repense à l'utilisation lorsque l'on ouvre un clone et que nous avons beaucoup de samples. Quand on cherche à lire la contamination, il y aurait un moyen d'améliorer la lecture de sa présence. Pour ce faire, il faudrait mettre une cou...Je repense à l'utilisation lorsque l'on ouvre un clone et que nous avons beaucoup de samples. Quand on cherche à lire la contamination, il y aurait un moyen d'améliorer la lecture de sa présence. Pour ce faire, il faudrait mettre une couleur dans la case associée à sa taille si il a une valeur nulle (ou inversement suivant ce qui est la plus lisible, mais je préfère la première pour une utilisation plus courante).
De même, on pourrait imaginer avoir un bouton qui cache les colonnes des samples dans lesquels il n'est pas présent pour plus de lisibilité. Version hard: avoir même un seuil modulable par l'utilisateur pour cacher ces samples.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4110Afficher le changelog à la première connexion après update interface/algo2020-01-17T10:22:09+01:00Thonier FlorianAfficher le changelog à la première connexion après update interface/algoOn pourrait imaginer un panneau qui s'affiche si un utilisateur accède au service après une release algo ou client (un attribut connectedSinceLastRelease en bdd ?).
De même, on pourrait avoir un accès direct à une liste des changelogs ...On pourrait imaginer un panneau qui s'affiche si un utilisateur accède au service après une release algo ou client (un attribut connectedSinceLastRelease en bdd ?).
De même, on pourrait avoir un accès direct à une liste des changelogs via un bouton help, qui retracerait les changelogs pour remonter dans le temps et voir quand une modification est possiblement apparue, avec un indicateur algo/client (texte+code couleur ?), la date et la liste des modifs.
Cela va de pair avec la qualité pour le COFRAC qui indique qu'il doit y avoir un moyen efficace de connaître les modifications de nature à modifier les résultats ou la technique d'analyse (les manipulations dans l'interface par exemple). On a déjà les notifications, mais je ne suis pas certai que ce soit aussi efficace qu'un bon modal intrusif.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4108À quoi sert la relance du KmerMultiSegmenter avec -c clones ?2019-12-16T07:18:35+01:00Mathieu GiraudÀ quoi sert la relance du KmerMultiSegmenter avec -c clones ?Back to 2015.
- "Re-launch KmerMultiSegmenter for debug purposes", au milieu de choses pour l'export json 2315f3055
- puis e-value 4a87b4eb4
- multiplieur 000a7728d
Aujourd'hui, le `kseg` venant de cette relance est bien utilisé (sur...Back to 2015.
- "Re-launch KmerMultiSegmenter for debug purposes", au milieu de choses pour l'export json 2315f3055
- puis e-value 4a87b4eb4
- multiplieur 000a7728d
Aujourd'hui, le `kseg` venant de cette relance est bien utilisé (sur les 100 clones) pour remplir le json (donc ce n'est pas du ~"dev-dead-code")... et je crois me souvenir que c'est parce que on ne stocke pas tous les `KmerSegmenter` lors de la première passe (~"cpp-mem").
... mais j'ai l'impression que cette relance n'est pas utilisé pour le Fine suivant (qui se base sur `segmented_germline = windowsStorage->getGermline();` venant du premier lancement). Bref, le `kseg` relancé sert-il uniquement à remplir le json (quoi exactement), et est-il indispensable ? (Ah si, affects ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3895Comparer dans le client beaucoup de samples d'un coup2019-12-13T12:26:11+01:00Mathieu GiraudComparer dans le client beaucoup de samples d'un coup@Anne, dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3889#note_187960 :
> la visualisation par run est aussi un peu longue à ouvrir et pas très facile à manier (65 samples dans mon dernier run)
Oui ! C'est dommage. Nous avons des c...@Anne, dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3889#note_187960 :
> la visualisation par run est aussi un peu longue à ouvrir et pas très facile à manier (65 samples dans mon dernier run)
Oui ! C'est dommage. Nous avons des choses en cours de développement pour avoir une vue d'ensemble sur un run via une page du ~server (~"server\-qc\-stats"), mais on pourrait se demander ce qu'on pourrait voir depuis le ~client.
L'axe `number of samples sharing each clone` peut être utile. Voir par exemple http://app.vidjil.org/?set=30982&config=2&plot=v,nbSamples,grid&clone=7,25,166 , ici au moins trois clones se trouvent dans au moins 10 samples.
Y aurait-il un moyen de mieux voir cela ?
- limiter le ~"client\-graph" ? À un moment, on n'affichait qu'au plus 20 samples (mais c'était ~"server\-fuse"). Cela pourrait être une limitation soft, ou les données sont présentes et on se contente de cacher (dans l'épingle à droite) des choses (serait-ce plus rapide ?)
- enlever complètement le ~"client\-graph" ? (mais comment indiquer clairement qu'on visualise alors un sample ? mettre en valeur le nom du sample en haut à gauche ?)
- avoir par défaut une vue ~"client\-grid" avec l'axe `nbSamples` ? (~"!\-easy") Si on enlève le ~"client\-graph", on pourrait avoir cette vue en plus de la ~"client\-grid" habituelle.
- avoir une autre vue faite pour cela, qui remplace le ~client-graph et qui donne un "résumé" lisible (type #1887) ? (~"!\-hard")
cc @flothoni @mikael\-s
~"client\-axis"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2344Stocker les informations de pairage des chaînes / de single cell2019-12-13T12:23:51+01:00Mikaël SalsonStocker les informations de pairage des chaînes / de single cell#2318 parle de données avec des chaînes pairées mais nous n'avons pas de moyen de conserver le pairage dans le fichier (et ensuite dans l'affichage).
Il faut donc réfléchir à la manière d'adapter le format dans ce but.
cc @magiraud#2318 parle de données avec des chaînes pairées mais nous n'avons pas de moyen de conserver le pairage dans le fichier (et ensuite dans l'affichage).
Il faut donc réfléchir à la manière d'adapter le format dans ce but.
cc @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4096Modulariser le conf.js (vues ou autres)2019-12-10T13:51:47+01:00Mathieu GiraudModulariser le conf.js (vues ou autres)
Proposition de @duez: par défaut un seul fichier de conf, fichiers séparés possibles et/ou
plus hiérarchisé.
Voir aussi lien avec add-ons persos.
Proposition de @duez: par défaut un seul fichier de conf, fichiers séparés possibles et/ou
plus hiérarchisé.
Voir aussi lien avec add-ons persos.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3959clones virtuels: gestion des couleurs2019-12-10T10:58:34+01:00Thonier Florianclones virtuels: gestion des couleursPour le moment, nous avons une gestion simple de la couleur: nous demandons la valeur du clone pour l'axe XXX, et nous retournons la valeur correspondante à cette entrée. Si elle n'existe pas, nous retournons une couleur lambda (probable...Pour le moment, nous avons une gestion simple de la couleur: nous demandons la valeur du clone pour l'axe XXX, et nous retournons la valeur correspondante à cette entrée. Si elle n'existe pas, nous retournons une couleur lambda (probablement grise il me semble).
Nous pourrions imaginer pour les clones virtuels une couleur lambda différente, voir carrément une couleur différente pour tous les axes.
Une version simple serait de donner un paramètre alpha sur la couleur différent suivant le statu du clone. Ainsi, un clone non défini aura un gris classique, tandis que le clone virtuel aurait un gris pâle.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1507Mise en cache des requêtes, séparation requêtes affichage / droits2019-12-06T15:30:39+01:00Vidjil TeamMise en cache des requêtes, séparation requêtes affichage / droitsOptimiser les requêtes c'est bien, mais plus simplement est-ce que les mettre en cache ne suffirait pas à obtenir un gros gain de performance ?
cf. http://web2py.com/books/default/chapter/29/06/the-database-abstraction-layer#Caching-sele...Optimiser les requêtes c'est bien, mais plus simplement est-ce que les mettre en cache ne suffirait pas à obtenir un gros gain de performance ?
cf. http://web2py.com/books/default/chapter/29/06/the-database-abstraction-layer#Caching-selects
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Intéressant. à voir comment on combine cela avec des modifs de la DB : un flag provenant du .js qui dit si l'utilisateur a modifié des choses ?
et peut-on utiliser `cacheable=True` indépendamment de cache, et est-ce que cela va plus vite ? Sur la liste des patients, on ne se sert des Row que comme affichage, pas comme modif.
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ping
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@Duez @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4018clones virtuels, filter/focus/hide2019-11-28T17:15:44+01:00Thonier Florianclones virtuels, filter/focus/hideJe suis en train de réfléchir au comportement et l'implémentation des actions de focus sur les clones de distributions. Si je fais une sélection de 3 clones de distributions et que je fais un focus sur eux, que dois-je voir ?
Je me dem...Je suis en train de réfléchir au comportement et l'implémentation des actions de focus sur les clones de distributions. Si je fais une sélection de 3 clones de distributions et que je fais un focus sur eux, que dois-je voir ?
Je me demande si je dois ne voir plus qu'eux à taille constante, c'est à dire la même, qu'ils soient focus ou non, ou bien si leur taille doit refléter les clones qui ont été cachés par le focus.
Dans un second temps, je me demande si on ne devrais pas rajouter des actions dans le `menu filter`:
* Hide distributions clones: explicite
* Show only distribution clones: dans ce cas, cacher tous les clones réels pour ne plus qu'afficher les clones de distributions. Ce comportement n'est pas possible avec le slider du top car il restera toujours, à la marge, des clones que le slider empêche de cacher (à moins de réduire sa valeur minimum à 0). Un bouton me semble plus explicite dans ce cas.
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1367Rentrer des données externes depuis le client ou la db2019-11-26T18:36:50+01:00Vidjil TeamRentrer des données externes depuis le client ou la dbOn aimerait pouvoir rentrer les données qPCR transmises par Aurélie sur un certain nb de points. On pourrait à la main éditer les fichiers .analysis, mais ce n'est pas génial.
Faut-il faire une interface pour rentrer / corriger un point...On aimerait pouvoir rentrer les données qPCR transmises par Aurélie sur un certain nb de points. On pourrait à la main éditer les fichiers .analysis, mais ce n'est pas génial.
Faut-il faire une interface pour rentrer / corriger un point de données externes ? Directement sur le browser ? ou sur la page de db (bof) ?
Vidjil n'est pas un tableur :-)
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Jack serait intéressé ? (à discuter en avril)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4029Bar plot en multi-sample, verrouillage de l'axe y size ?2019-11-26T16:47:54+01:00Mathieu GiraudBar plot en multi-sample, verrouillage de l'axe y size ?Discuté avec @flothoni vdj#921
Quand on compare des samples, le changement d'axe y peut être bizarre, typiquement si un sample est mono-clonal 50% et les autres poly-clonaux, top à ~1%. Évidemment on ne peut pas faire de log ici.
Mais....Discuté avec @flothoni vdj#921
Quand on compare des samples, le changement d'axe y peut être bizarre, typiquement si un sample est mono-clonal 50% et les autres poly-clonaux, top à ~1%. Évidemment on ne peut pas faire de log ici.
Mais... si on verrouille pour que tout soit visble, la distribution poly-clonale est écrasée.
Verrouiller plutôt à l'échelle minimale, et donc des gros clones sortiraient par le haut ?
Pas par défaut, mais une option pour cela ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3986Arrondis et distributions2019-11-26T14:37:30+01:00Mathieu GiraudArrondis et distributionsÉvoqué plusieurs fois ces derniers temps à propos de #3902/!515 avec @flothoni et @mikael-s.
Pour l'instant, `average length` est arrondi à 1.0 (mais des valeurs telles que 0.1 pourraient être envisageables).
`GC content` pourrait l'êtr...Évoqué plusieurs fois ces derniers temps à propos de #3902/!515 avec @flothoni et @mikael-s.
Pour l'instant, `average length` est arrondi à 1.0 (mais des valeurs telles que 0.1 pourraient être envisageables).
`GC content` pourrait l'être par exemple à 0.001 / 0.1%.
Si on a arrondi un axe à 1.0, il manque des infos pour l'afficher à 0.5 dans le client.
Mais est-ce bien le scatterplot / ~"client-responsive" qui choisit la largeur des barres ? Et en cas de zoom/focus ?
On peut déjà faire !515 en prenant 1.0 pour `average length`, et y réfléchir plus en détail après.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4067meilleur gestion des séquences germline dans le segmenteur2019-11-26T12:46:16+01:00Thonier Florianmeilleur gestion des séquences germline dans le segmenteurCas pratique: On sélectionne un clone, puis on ajoute les séquences germline.
Que doivent devenir les séquences germline dans le cas ou l'on change de clone. Faut-il les supprimer ? Les remplacer par celles du nouveau clone ? Si sélecti...Cas pratique: On sélectionne un clone, puis on ajoute les séquences germline.
Que doivent devenir les séquences germline dans le cas ou l'on change de clone. Faut-il les supprimer ? Les remplacer par celles du nouveau clone ? Si sélection multiple conserver les anciennes et ajouter les nouvelles automatiquement ?
Si on supprime un clone de la liste du segmenteur, faut-il aussi supprimer ses germlines qui ne sont plus présentes chez aucun autres clones ?