vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-01-07T12:50:35+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4923Tags avec valeur / scoped tags2022-01-07T12:50:35+01:00Mathieu GiraudTags avec valeur / scoped tags
Proposition de @flothoni : `#age=25 #disease=LLC`. Cela correspond bien au modèle de stats. Florian s'en sert déjà pour de l'import de données.
- modèle: est-ce qu'on a envie d'encourager cela ? Est-ce que cela n'encourage pas à trop ...
Proposition de @flothoni : `#age=25 #disease=LLC`. Cela correspond bien au modèle de stats. Florian s'en sert déjà pour de l'import de données.
- modèle: est-ce qu'on a envie d'encourager cela ? Est-ce que cela n'encourage pas à trop de variations ?
- listes prédéfinies: si oui, est-ce que par exemple `#LLC` serait équivalent/remplacé par `#disease=LLC` ?
- UI: un rendu à la [Gitlab scoped label](https://docs.gitlab.com/ee/user/project/labels.html#scoped-labels) ? Mais alors que donne la recherche (est-ce que `#age` doit récupérer `#age=25` ?) Ou bien, pour `#disease=LLC`, juste afficher `LLC` ?
- Recherches plus complexes (`age<25`) ?2022-07-07https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4884Undo2021-10-21T19:11:55+02:00Mathieu GiraudUndo
Suite à #1100 et plus précis.
On aimerait tout simplement avoir un bouton "Undo" (et un raccourci clavier) qui annule la dernière action, au cas où on s'est trompé ou on change d'avis:
- changement de couleur, d'axe, d'option...
- cl...
Suite à #1100 et plus précis.
On aimerait tout simplement avoir un bouton "Undo" (et un raccourci clavier) qui annule la dernière action, au cas où on s'est trompé ou on change d'avis:
- changement de couleur, d'axe, d'option...
- cluster (cela existe déjà, "revert to previous cluster")
- édition de clones
- filtre
- ?
(Cela n'annulerait pas les actions load/save.)
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4883Migrer à Typescript ?2022-02-25T17:43:59+01:00Mathieu GiraudMigrer à Typescript ?cc @duez @flothonicc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4691--filter-reads : débrancher complètement la gestion des windows2021-03-18T14:23:30+01:00Mathieu Giraud--filter-reads : débrancher complètement la gestion des windowsThe following discussion from !906 should be addressed:
> D'ailleurs, en `--filter-reads`, on n'aurait pas besoin de stocker les windows... mais bon, on peut supposer que c'est négligeable (en temps, peut-être pas en mémoire).
Si on va...The following discussion from !906 should be addressed:
> D'ailleurs, en `--filter-reads`, on n'aurait pas besoin de stocker les windows... mais bon, on peut supposer que c'est négligeable (en temps, peut-être pas en mémoire).
Si on va par là, refactor nécessaire (ou bien nouvelle commande vraiment indépendante qui lance juste le KmerSegmenter).
Ping #1180.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4597Genescan / Biomed-2 sur distributions2020-12-04T11:56:45+01:00Mathieu GiraudGenescan / Biomed-2 sur distributions
Mentionné par @flothoni : Plus complexe que #2043, que cela fonctionne aussi sur les distributions.
Mais difficile, analyse de tous les clones. Déjà faire #2043.
Mentionné par @flothoni : Plus complexe que #2043, que cela fonctionne aussi sur les distributions.
Mais difficile, analyse de tous les clones. Déjà faire #2043.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4523Refonte de l'aligneur2021-04-08T08:39:05+02:00Mathieu GiraudRefonte de l'aligneur
@duez, nous discutons en ce moment d'une refonte globale de l'aligneur. J'imagine que tu as déjà regardé pas mal d'issues ~"client-aligner", je me permets ici de remettre une liste qui pourra éclairer notre réflexion.
- Inspirations: r...
@duez, nous discutons en ce moment d'une refonte globale de l'aligneur. J'imagine que tu as déjà regardé pas mal d'issues ~"client-aligner", je me permets ici de remettre une liste qui pourra éclairer notre réflexion.
- Inspirations: revoir les solutions existantes de #2137
- Fonctionalités
- highlights/infos sur séquence #2135 #4409 #3814 #2599 #3537 #2356 #1412 #4522 ou à l'extérieur #2049, y compris quantitatives #2313
- modes d'affichage de séquence #2140 #3164 (à fusionner avec point précédent ?)
- séquences annexes (#1408 #2354 #2355 #3731) ou virtuelles #3960
- colonnes d'info/métadonnées #2392 #3543 #2388 #2066
- contrôles #2664 #2136 #4522
- export #2068
- ajax (align, imgt...)
- Bugs (qui pourraient tomber d'eux-mêmes sur version nouvelle) #4144 #4235 #4062 #1982 #1565 #3835
- Désagréments/efficacité (idem) #4117 #4085 #2676 (je ne retrouve pas les expériences de Ryan, où sont-elles ?)
- Formats de données et modèle #2174, et ce qui est déjà dans [vidjil-format.md](http://www.vidjil.org/doc/vidjil-format/#clones-list-with-read-count-tags-vdj-designation-and-other-sequence-features)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4197.gitlab-ci.yml : faire marcher only:changes avec probablement only:merge_requ...2024-01-18T10:53:29+01:00Thonier Florian.gitlab-ci.yml : faire marcher only:changes avec probablement only:merge_requestsSuite de #4148.
https://docs.gitlab.com/ee/ci/yaml/#using-onlychanges-without-pipelines-for-merge-requests
Après !585/!586:
> Je viens de pousser depuis hier des modifs sur 3 MR pour lesquelles j'ai rapatrié le dev.
>
> Je m'aperçois...Suite de #4148.
https://docs.gitlab.com/ee/ci/yaml/#using-onlychanges-without-pipelines-for-merge-requests
Après !585/!586:
> Je viens de pousser depuis hier des modifs sur 3 MR pour lesquelles j'ai rapatrié le dev.
>
> Je m'aperçois que ces MR n’exécutent pas correctement les tests. Je viens de trouver qu'il y a eu un ajout de fichier `gitlab-ci.yml` dans la doc, dont les stages correspondent aux 2 stages qui sont maintenant testé sur les MR vidjil!565 et vidjil!564.
Reverté par !608/!609Dev-cihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4162Analysis valable pour tous les accès au sample2020-02-05T16:13:14+01:00Thonier FlorianAnalysis valable pour tous les accès au sampleJe pense qu'il y a une issue la dessus, mais je n'en retrouve pas de trace.
Maintenant que nous avons des utilisateurs qui regardent par run, nous nous retrouvons avec des annotations qui finissent dans le `.analysis` du run. Le souci e...Je pense qu'il y a une issue la dessus, mais je n'en retrouve pas de trace.
Maintenant que nous avons des utilisateurs qui regardent par run, nous nous retrouvons avec des annotations qui finissent dans le `.analysis` du run. Le souci est que ces informations ne sont pas disponible lorsque nous ouvrons les données par patient.
Les utilisateurs sont alors tentés de continuer à ouvrir le sample par l'accès au run.
Une solution naîve serait d'avoir un `.analysis` propre à chaque sample, accessible aussi bien lorsque l'on adccède au run qu'au patient. Mais nous avons alors un souci si un clone XXX du sample A est renommé xxx dans le sample B d'un run et yyy dans le sample C d'un patient. Ce n'est là qu'un exemple des nombreux effet de bords.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4147Simplifier scatterplot+graph en extrayant des choses indépendantes, pour les ...2020-01-21T17:03:42+01:00Mathieu GiraudSimplifier scatterplot+graph en extrayant des choses indépendantes, pour les paramètresSuggestion de @duez (en parlant de !565)
Voir aussi #2245.Suggestion de @duez (en parlant de !565)
Voir aussi #2245.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4114axes: refactor GermlineAxis, et plus généralement refactor des axes2020-01-22T15:20:37+01:00Mathieu Giraudaxes: refactor GermlineAxis, et plus généralement refactor des axes@duez est en train de travailler@duez est en train de travaillermarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4052Comment empêcher un clash de clés entre le modèle et le .json lu ?2019-11-15T19:13:38+01:00Mikaël SalsonComment empêcher un clash de clés entre le modèle et le .json lu ?Dans le modèle, à la lecture du fichier JSON envoyé par le serveur, nous faisons :
```python
//copy .vidjil file in model
for (var key in data){
if (key != "clusters") self[key] = jQuery.parseJSON(JSON.string...Dans le modèle, à la lecture du fichier JSON envoyé par le serveur, nous faisons :
```python
//copy .vidjil file in model
for (var key in data){
if (key != "clusters") self[key] = jQuery.parseJSON(JSON.stringify(data[key]))
}
```
Potentiellement cela écrase donc des propriété existantes (voire des fonctions). On descend tout d'un niveau ? Tout ce qui est lu serait mis dans une propriété `json` par exemple ?
Ce n'est pas juste une question théorique, le problème se pose concrètement ici : #4046. Le champ `config` du fichier produit par Vidjil écrase le `m.config` pré-existant, ce qui conduit à l'URL qui change.
/cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3887vidjil-algo: parse config.labels within CL11_json2019-04-02T16:45:19+02:00Mathieu Giraudvidjil-algo: parse config.labels within CL11_json!456 permet de répondre en partie à #3838, mais ce serait plus joli d'avoir du code directement dans `CL11_json` pour faire cela avec !446.!456 permet de répondre en partie à #3838, mais ce serait plus joli d'avoir du code directement dans `CL11_json` pour faire cela avec !446.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3832Upload puis lancement multiple via .csv2021-12-21T11:17:34+01:00Mathieu GiraudUpload puis lancement multiple via .csvSuggestion de Naïs ~"TOU\-Toulouse" qui va au-delà de #2891 : pouvoir même lancer, via un `.csv`, toutes les analyses, éventuellement avec une colonne spécifiant la ~"server\-config" voulue.
Faire déjà #2891.Suggestion de Naïs ~"TOU\-Toulouse" qui va au-delà de #2891 : pouvoir même lancer, via un `.csv`, toutes les analyses, éventuellement avec une colonne spécifiant la ~"server\-config" voulue.
Faire déjà #2891.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3734Réflexion sur chart.js2019-02-13T13:11:46+01:00Mathieu GiraudRéflexion sur chart.jsÉvoqué à l'occasion de stats#233/stats#235 : utilisera-t-on un jour chart.js à la place de d3.js dans vidjil ?
Pas du tout à l'ordre du jour pour l'instant, à discuter dans 6-12 mois en fonction de l'expérience qui aura été acquise sur ...Évoqué à l'occasion de stats#233/stats#235 : utilisera-t-on un jour chart.js à la place de d3.js dans vidjil ?
Pas du tout à l'ordre du jour pour l'instant, à discuter dans 6-12 mois en fonction de l'expérience qui aura été acquise sur ~"app\-stats".
cc @flothoni 2020-02-13https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3654Pseudo-gènes non in-frame et tests algos2021-02-17T07:59:02+01:00Mathieu GiraudPseudo-gènes non in-frame et tests algosAprès !372, mettre à jour les tests algos.
Il y a significativement plus de germlines (https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3515#note_138454), d'où pas mal de petits tests à changer (une dizaine de should-get). À voir si cela ne...Après !372, mettre à jour les tests algos.
Il y a significativement plus de germlines (https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3515#note_138454), d'où pas mal de petits tests à changer (une dizaine de should-get). À voir si cela ne perturbe pas l'ensemble. A priori 8 should-vdj changent, c'est surtout là-dessus qu'on verra si c'est acceptable.
Une alternative serait de faire #3515 en créant `IGHV.fa` et `IGHV-outframe.fa`, et de ne faire les tests que sur `IGHV.fa`. Mais ce ne serait pas élégant, et si les outframe ne sont pas beaucoup testés, ils ne seront pas beaucoup maintenus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3584Germline unexpected : comment remonter à la bonne germline ?2024-03-27T16:43:37+01:00Mikaël SalsonGermline unexpected : comment remonter à la bonne germline ?La fonction `Germline::override_rep5_rep3_from_labels` permet normalement de faire cela. Elle est utilisée lorsqu'on est en unexpected afin d'aligner la séquence contre les bons répertoires.
Les répertoires corrects sont trouvés grâce a...La fonction `Germline::override_rep5_rep3_from_labels` permet normalement de faire cela. Elle est utilisée lorsqu'on est en unexpected afin d'aligner la séquence contre les bons répertoires.
Les répertoires corrects sont trouvés grâce aux KmerAffect. Mais… ces KmerAffect sont les mêmes pour un germline complet et incomplet (le shortcut est par exemple `H` en complet et `h` en incomplet) :
```c++
affect_5 = string(1, toupper(shortcut)) + "-" + code + "V";
affect_4 = string(1, 14 + shortcut) + "-" + code + "D";
affect_3 = string(1, tolower(shortcut)) + "-" + code + "J";
```
On pourrait se dire que ce n'est pas grave et qu'on va mettre des KmerAffect différents pour les germlines complets et incomplets… sauf que non. Si on fait cela la partie commune des germlines complets et incomplets (souvent les gènes J) seraient considérés comme ambigus car appartenant à des germlines différents.Heuristique 2.0https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3561Export fasta non fonctionnels pour des données hors des germlines par défaut ...2018-10-16T14:49:46+02:00Thonier FlorianExport fasta non fonctionnels pour des données hors des germlines par défaut (ex: IKZF1/ERG)Dans la même veine que #3512; les export fasta ne marche pas sur des configurations particulières, comme par exemple les IKZF1 et ERG, car ces données ne sont pas existantes dans le germline.
Il s'agit encore d'un cas particulier, Il f...Dans la même veine que #3512; les export fasta ne marche pas sur des configurations particulières, comme par exemple les IKZF1 et ERG, car ces données ne sont pas existantes dans le germline.
Il s'agit encore d'un cas particulier, Il faut donc au moins avoir un système de résilience pour récupérer les clones au format fasta, et un second pour trouver les séquences particulières.
Cette issue va de pair avec #3560 et s'attache aux mécanismes pour retrouver ces séquences germlines particulièreshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3538Réflexion sur les lancements (post-)post-process2019-03-05T15:10:14+01:00Mathieu GiraudRéflexion sur les lancements (post-)post-processOn a des choses à lancer après nos process: #1469 #1744 #3181 #1567
Certaines choses (#1469, #3181 ?) pourraient se lancent via le ~"server-fuse", d'autres vraiment après, parfois non systématiquement, sur demande de l'usager (#1744, ~"...On a des choses à lancer après nos process: #1469 #1744 #3181 #1567
Certaines choses (#1469, #3181 ?) pourraient se lancent via le ~"server-fuse", d'autres vraiment après, parfois non systématiquement, sur demande de l'usager (#1744, ~"app\-clonedb" plus poussé, #1567...). On devrait discuter d'un mécanisme pour au moins ce dernier cas.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3437d3.js : conserver, changer ?2019-01-10T15:21:24+01:00Mathieu Giraudd3.js : conserver, changer ?Conservera-t-on a terme d3.js ? Très puissant, mais maitrise-t-on ce qu'il se passe ?
chart.js va être testé par @flothoni pour ~"app\-stats" stats#233, on pourra ainsi se faire une idée.
(Notons que même le ~"client\-grid" pourrait êtr...Conservera-t-on a terme d3.js ? Très puissant, mais maitrise-t-on ce qu'il se passe ?
chart.js va être testé par @flothoni pour ~"app\-stats" stats#233, on pourra ainsi se faire une idée.
(Notons que même le ~"client\-grid" pourrait être fait en chart.js, http://www.chartjs.org/samples/latest/scriptable/bubble.html). Mais chart.js ne permet pas d'export svg.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3391Stocker les k-mers pour la représentative au lieu de stocker les séquences2018-07-17T20:38:47+02:00Mathieu GiraudStocker les k-mers pour la représentative au lieu de stocker les séquencesDepuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3389#note_106473 :
> stocker directement les informations qui nous intéressent (comptages de k-mers pour l'instant pour la représentative,Depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3389#note_106473 :
> stocker directement les informations qui nous intéressent (comptages de k-mers pour l'instant pour la représentative,