germline/split-from-imgt.py: GENES_SEQ_FROM_NCBI, remembers on how to get genes from the NCBI.

Partially revert 806f2180.
See #2645.

germline/split-from-imgt.py

@@ -10,6 +10,8 @@ import re
 
 import ncbi
 
+GENES_SEQ_FROM_NCBI = False
+
 IMGT_LICENSE = '''
    # To use the IMGT germline databases (IMGT/GENE-DB), you have to agree to IMGT license: 
    # academic research only, provided that it is referred to IMGT®,
@@ -158,8 +160,11 @@ def retrieve_genes(f, genes, tag, additional_length, gene_list):
         # gene_id: is the NCBI ID of the VDJ gene
         # target: is the NCBI ID of the chromosome
 
-        gene_data = coord['seq']
-
+        if GENES_SEQ_FROM_NCBI:
+            gene_data = ncbi.get_gene_sequence(gene, coord['imgt_data'] + tag, coord['from'], coord['to'], allele_additional_length)
+        else:
+            # IMGT
+            gene_data = coord['seq']
 
         if gene_id:
             # Check consistency for *01 allele

[Mikaël Salson]

Si le but est vraiment de se souvenir comment on fait :

1. il y a le même genre de requête dans check_ncbi_imgt_consistency
2. De la documentation est plus pertinente qu'ajouter du code non générique

[Mathieu Giraud]

Ce n'est pas ajouter, c'est non-supprimer du code qui fonctionnait avant, bien que manière non-optimale :-).

Mais il y a visiblement désaccord: proposition, si dans 6 mois ce code n'est pas utilisé, on supprime.

[Mikaël Salson]

C'est du code mort. Si dans 6 mois on ne s'en sert pas on aura oublié.

En revanche si on en a besoin il est très possible (et mieux) de documenter ncbi.py et/ou de référer le commit qui va bien dans #2645.

[Mikaël Salson]

Mathieu Giraud @magiraud merged · 6 minutes ago

Mais mon avis a peu d'intérêt