Attention une mise à jour du service Gitlab va être effectuée le mardi 18 janvier (et non lundi 17 comme annoncé précédemment) entre 18h00 et 18h30. Cette mise à jour va générer une interruption du service dont nous ne maîtrisons pas complètement la durée mais qui ne devrait pas excéder quelques minutes.

Commit e3784ef4 authored by Mathieu Giraud's avatar Mathieu Giraud
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core/dynprog.{cpp,h}: output costs in the format expected by -f and -C

See #2076.
parent cd8d1183
......@@ -90,6 +90,7 @@ void Cost::estimate_K_lambda()
ostream& operator<<(ostream& out, const Cost& cost)
{
if (cost.debug)
out << "(" << cost.match
<< ", " << cost.mismatch
<< "/" << cost.insertion
......@@ -100,6 +101,13 @@ ostream& operator<<(ostream& out, const Cost& cost)
<< ", " << cost.homopolymer
<< ") "
<< cost.K << "/" << cost.lambda ;
else
out << "\"" << cost.match
<< ", " << cost.mismatch
<< ", " << cost.insertion
<< ", " << cost.homopolymer
<< ", " << cost.deletion_end
<< "\"" ;
return out;
}
......
......@@ -26,6 +26,8 @@ typedef struct {
class Cost
{
public:
bool debug = false;
int match;
int mismatch;
......
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