core/dynprog.{h,cpp}: best_score_on_i, returns the best score on a column of the matrix

algo/core/dynprog.cpp

@@ -358,6 +358,19 @@ int DynProg::compute()
   return best_score ;
 }
 
+int DynProg::best_score_on_i(int i, int *best_j)
+{
+  int best_score = MINUS_INF ;
+
+  for (int j=0; j<=n; j++)
+    if (B[i][j].score > best_score) {
+      *best_j = j ;
+      best_score = B[i][j].score;
+    }
+
+  return best_score ;
+}
+
 void DynProg::backtrack()
 {
   // Tables for displaying the alignment

algo/core/dynprog.h

@@ -126,6 +126,8 @@ class DynProg
 
   string SemiGlobal_extract_best();
 
+  int best_score_on_i(int i, int *best_j);
+
   friend ostream& operator<<(ostream& out, const DynProg& dp);
   
   operation **B;  // Score and backtrack matrix

[Mikaël Salson]

Suite aux questions soulevées sur #3518 : se pourrait-il que nous sortions de la diagonale et allions dans des cases non pertinentes ?

[Mathieu Giraud]

Veux-tu dire qu'une optimisation type #3274 (closed) fait qu'on n'aurait pas calculé toutes les cases, et que certaines auraient donc des valeurs incorrectes ?

[Mikaël Salson]

Oui

[Mathieu Giraud]

Mmmm... score_r[0] = dp_r.compute();, donc onlyBottomTriangle = false, ce n'est pas cela.

[Mathieu Giraud]

Après, il se peut qu'ici on n'assigne pas au bon endroit.

[Mathieu Giraud]

Vérifié au passage qu'on passe bien toujours une fois ici, bref *best_j (qui est la valeur de trim dans #3518) est bien assigné par cette ligne, qui donne les valeurs incorrectes 184/284/12.