Attention une mise à jour du service Gitlab va être effectuée le mardi 14 décembre entre 13h30 et 14h00. Cette mise à jour va générer une interruption du service dont nous ne maîtrisons pas complètement la durée mais qui ne devrait pas excéder quelques minutes.

Commit b84b5b72 authored by Ryan Herbert's avatar Ryan Herbert
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sample_set.py extract clones < 5%

parent 87b9f759
......@@ -672,7 +672,8 @@ def getStatHeaders():
#('bool', 'parser', b),
#('bool_true', 'parser', b),
('loci', 'parser', l),
('distribution', 'parser', lbc)
('distribution', 'parser', lbc),
('clones_five_percent', 'parser', m)
]
def getResultsFileStats(file_name, dest):
......@@ -725,6 +726,7 @@ def getFusedStats(file_name, res, dest):
#dest['bool'] = False
#dest['bool_true'] = True
dest['loci'] = [x for x in data['reads']['germline'] if data['reads']['germline'][x][result_index] > 0]
dest['clones_five_percent'] = sum([data['reads']['distribution'][key][1] for key in data['reads']['distribution']])
return dest
def getResultsStats(file_name, dest):
......
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