Une nouvelle version du portail de gestion des comptes externes sera mise en production lundi 09 août. Elle permettra d'allonger la validité d'un compte externe jusqu'à 3 ans. Pour plus de détails sur cette version consulter : https://doc-si.inria.fr/x/FCeS

Commit ad996aa4 authored by Mathieu Giraud's avatar Mathieu Giraud
Browse files

repseq_vdj.py: update

parent 12943baa
......@@ -302,7 +302,7 @@ def header_igblast_results(ff_fasta, ff_igblast):
VIDJIL_FINE = '{directory}/vidjil-algo --header-sep "#" -c designations -2 -3 -d -g {directory}/germline/homo-sapiens.g %s >> %s'
VIDJIL_KMER = '{directory}/vidjil-algo -w 20 --header-sep "#" -b out -c windows -uuuU -2 -g {directory}/germline/homo-sapiens.g %s > /dev/null ; cat out/out.segmented.vdj.fa out/out.unsegmented.vdj.fa >> %s'
VIDJIL_KMER = '{directory}/vidjil-algo -w 20 --header-sep "#" -b out -c windows -uuuU -2 -g {directory}/germline/homo-sapiens.g %s > /dev/null ; cat out/out.detected.vdj.fa out/out.undetected.vdj.fa >> %s'
def should_results_from_vidjil_output(f_log):
Markdown is supported
0% or .
You are about to add 0 people to the discussion. Proceed with caution.
Finish editing this message first!
Please register or to comment