First public release of the Vidjil browser

	* browser/ : D3.js/javascript-based V(D)J recombination browser
	* server/fuse.py : script to combine data from several points

.gitignore

+germline/????.fa
+data/Stanford_S22.fasta
+data/Stanford_S22.rc.fasta
+*.data
+*.clntab
+*.tap
+*.log
+dep.mk
+*~
+*.o
+*.a
+*.pyc
+/vidjil
+/algo/tests/tests
+/algo/tests/out/
+/algo/TAGS
+/algo/tools/affectanalyser
+/algo/tools/align
+/algo/tools/compareV
+/algo/tools/cut
+/algo/tools/dynprog
+/algo/tools/segmentD
+/out
+/browser/css/*.css
+/browser/cgi/align.cgi

algo/cgi/makefile

 align: core align.o 
-	mkdir -p ../../interface/cgi
-	g++ -o ../../interface/cgi/align.cgi align.o ../core.a
+	mkdir -p ../../browser/cgi
+	g++ -o ../../browser/cgi/align.cgi align.o ../core.a
 
 align.o: align.cpp
 	g++ -c align.cpp

browser/Makefile

+
+all: cp deep
+
+cp:
+	mkdir -p data/
+	scp -pr "vdj:vdj/data/runs/13-0*/*.data" data/
+	mkdir -p data/run/
+	scp -pr "vdj:vdj/data/runs/13-0*/run-*" data/run/
+
+deep:
+	ssh vdj "cd vdj/data/runs ; sh cp-deep-data-json"
+	scp -pr "vdj:vdj/data/runs/export-data" data/
+
+
+Leu:
+	cd data/export-data/13-09 ; python ../../../fuse.py BCD-Leu.data  100 out-vidjil/BCD/data.json out-vidjil/Leu+0*/data.json  out-vidjil/Leu+1*/data.json  out-vidjil/Leu+5*/data.json  out-vidjil/Leu+2*/data.json  out-vidjil/Leu+[3467]*/data.json  

browser/css/Makefile

+
+LESSC=lessc
+
+all: dark.css light.css
+
+dark.css: dark.less vidjil.less
+	$(LESSC) dark.less dark.css
+
+light.css: light.less vidjil.less
+	$(LESSC) light.less light.css
+
+
+no:
+	make LESSC="./node lessc"
+

browser/css/dark.less

+
+/* default color solarizeD */
+@default : #839496; 
+@background : #002b36; 
+@highlight : #073642; 
+@select : #fdf6e3; 
+@secondary : #586e75; 
+@border : #284e55;    
+
+@import "vidjil.less";
+

browser/css/light.less

+
+/* default color solarizeL */
+@default : #657b83;
+@background : #eee8d5; 
+@highlight : #fdf6e3; 
+@select : #002b36; 
+@secondary : #93a1a1; 
+@border : #b3c1c1;    
+
+@import "vidjil.less";
+
+
+

browser/fastaToJson.py

+import collections
+import json
+import sys
+import time
+
+if len(sys.argv) < 2:
+  print "Usage: %s <FASTA input file> [JSON output file]" % sys.argv[0]
+  sys.exit()
+input_name = sys.argv[1]
+output_name = ""
+
+if len(sys.argv) == 3:
+  output_name = sys.argv[2]
+
+fasta = open(sys.argv[1], "r")
+
+table = {}
+identifiant = ""
+sequence = ""
+
+for ligne in fasta :
+  ligne = ligne.rstrip('\n\r')
+  
+  if len(ligne) != 0 :
+    if ligne[0]=='>' :
+      if len(sequence)!=0 :
+	table[identifiant]=sequence
+      identifiant=ligne[1:]
+      
+      if identifiant.count('|') != 0 :
+	tmp=identifiant.split('|')
+	identifiant=tmp[1]
+      if identifiant.count('_') != 0 :
+	tmp2=identifiant.split('_')
+	identifiant=tmp2[0]
+      sequence="";
+    else :
+      sequence+=ligne
+      
+if len(sequence)!=0 :
+  table[identifiant]=sequence
+  
+  
+fasta.close()
+print json.dumps(table, indent=2, sort_keys=True)
+if output_name != "":
+  with open(output_name, "w") as file :
+    json.dump(table, file, indent=2, sort_keys=True)
+

browser/js/Manual.txt

+Vidjil browser - Developer manual
+
+
+///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+Class Model
+
+    I Contenu
+
+      la class model contient toute les données chargées des fichiers data et analysis
+      et stock/genere un bon nombre de meta-données utile pour toutes les views
+
+	-windows
+	  -liste des fenêtres 
+	-germline
+	  -liste des genes + nombre d'alleles
+	-clones
+	  -liste des clones, un clones est basiquement un ensemble de fenêtre 
+	  -il existe autant de clones que de fenêtres et par defaut chaque clone
+	  est un ensemble d'une fenêtre    clone[1]=[window[1]] ...
+	  -une fenêtre ne peut se trouver que dans un seul clone a la fois
+	  -un clone vide est considéré comme inactif (non affiché)
+	  -la taille d'un clone correspond a la somme des tailles de ses fenêtres
+	  -la fenetre representative de clone[x] est toujours la windows[x] 
+	-view
+	  -la liste des vues associées
+	-t et r
+	  -le point de suivi actuel et le ratio utilisé (normalization)
+	  -chaque window/clone possede une taille différente suivant le point de suivi
+	    et le ratio utilisé, ces valeurs sont utilisées par defaut pour les calculs
+	-f
+	  -le clone actuellement en focus
+	
+
+    II fonction de chargement/sauvegarde
+
+	-load (data, analysis, limit)
+	-loadGermline()
+	-initClones()
+	-loadAnalysis(analysis)
+	-saveAnalysis()
+	-resetAnalysis()
+	
+    III manipulation du Model
+
+	-changeName(cloneID, new_name)
+	-getName(cloneID)
+	-getCode(cloneID)
+	-getSize(cloneID)
+	-changeRatio(new_r)
+	-changeTime(new_t)
+	-focusIn(cloneID)
+	-focusOut()
+
+    IV selection
+	permet de placer/retirer le status select sur un/plusieurs clones
+
+	-select(cloneID)
+	-unselect(cloneID)
+	-unselectAll()
+	-getSelected()
+
+    V merge/split
+    
+	-merge()
+	    merge all clones currently in the selection into one
+	      
+	      exemple:
+	      
+	      1/getSelected()
+		  selection = 1, 2, 5, 8,
+	      
+	      2/l'état des clones au départ
+		  clones[1]=[windows[1]]
+		  clones[2]=[windows[2]]	
+		  clones[5]=[windows[5]]	
+		  clones[8]=[windows[8]]
+
+	      3/merge() création d'un nouvel ensemble de fenetre
+		  [windows[1],windows[2],windows[5],windows[8]]
+	      
+	      4/attribution du nouvel ensemble au clone ayant le meilleur top
+		  clones[1]=[windows[1],windows[2],windows[5],windows[8]]
+		  clones[2]=[]->inactif
+		  clones[5]=[]->inactif	
+		  clones[8]=[]->inactif
+	    
+	-split(cloneID, windowID)
+	      exemple:
+	      
+	      1/
+		  clones[1]=[windows[1],windows[2],windows[5],windows[8]]
+		  clones[5]=[]->inactif	
+	      
+	      2/
+		  split(1,5)
+	      
+	      3/
+		  clones[1]=[windows[1],windows[2],windows[8]]
+		  clones[5]=[windows[5]]
+		
+    VI manipulation des views
+    
+      	-init()
+	-update()
+	-updateElem(list)
+	-resize()
+	    
+///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+  Views
+
+    I Contenu commun a toutes les vues
+    
+	-id 
+	  l'identifiant de l'element HTML contenant la vue
+	-m
+	  le model associé a la vue
+	  
+    II fonctions communes a toutes les vues
+    
+        -init()
+	-update()
+	-updateElem(list)
+	-resize()
+    
+///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+  Class Graph
+    
+    I Contenu spécifique a la vue graph
+    
+      resizeW=1;		coef d'agrandissement largeur	
+      resizeH=1;		coef d'agrandissement hauteur
+      w=1400;			largeur graph avant resize
+      h=450;			hauteur graph avant resize
+      marge1=50;		marge droite bord du graph/premiere colonne
+      marge2=50;		marge gauche derniere colonne/bord du graph
+      marge4=75;		marge droite/gauche (non influencé par le resize)
+      marge5=25;		marge top (non influencé par le resize)
+      
+    II fonctions spécifiques a la vue graph
+    
+      -drawElem(list)		retrace la liste de clone passé en parametre
+      -draw()			retrace le graph ( clones + axis + legendes)
+      -constructPathR(res)	calcul un tracé pour une résolution
+      -constructPath(cloneID)	calcul un tracé pour un clone
+      
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+  Class ScatterPlot
+    
+    I Contenu spécifique a la vue scatterPlot
+	
+      resizeCoef=1;		coef d'agrandissement a appliquer aux rayons des elements
+      resizeW=1;		coef d'agrandissement largeur
+      resizeH=1;		coef d'agrandissement hauteur
+      w=1400;			largeur avant resize
+      h=700;			hauteur avant resize
+      marge_left=80;		
+      marge_top=50;		
+      max_precision=8;		precision max atteignable 
+      positionGene={};		positions des genes 
+      positionAllele={};	positions des alleles
+      grid[]			les grilles de répartition disponibles
+      splitMethod="gene";	méthode de répartition actuelle (defaut: gene)
+    
+    II fonctions spécifiques a la vue graph
+    
+      a/ fonction de manipulation
+      
+      -initGridModel()			
+      -getRadius(cloneID) 		
+      -updateStyle()			
+      -initGrid()			
+      -changeSplitMethod(new_splitM)	
+      
+      b/ fonction d'animation
+      
+      -tick()				retrace une image
+      -move()				déplace les nodes
+      -updateRadius()			modifie la taille des rayons de chaque nodes
+      -debugNaN()			
+      -collide()			résolution des collisions
+
+    
+/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+  Class List
+    
+    I Contenu spécifique a la vue List
+    
+    II fonctions spécifiques a la vue List
+    
+      -div_elem
+      -div_cluster
+      -edit_name
+
+//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
+
+les noms par defaut dans vidjil
+
+Model			m
+ScatterPlot		sp
+Graph			graph
+List			list
+Segmenter		segment
+
+quelques exemples: 
+pour accéder aux objets depuis une console javascript 
+(avec chrome/chromium pour un résultat plus lisible)
+
+m				: retourne le contenu du model
+m.__proto__			: retourne la liste des methodes disponibles pour le model
+m.windows			: retourne la liste des fenetres
+m.clones[15]			: retourne le clone n°15
+
+graph.update()			: met a jour le graphique
+graph.update			: retourne le code de la fonction upate() de l'objet graph
+sp.changeSplitMethod("gene")	: active la répartition par gene sur le scatterplot
+
+etc ...

browser/js/crossDomain.js

+//parametre IMGT par defaut
+var imgtInput={};
+imgtInput["callback"]="jQuery17106713638880755752_1378825832820"
+imgtInput["livret"]="1";
+imgtInput["Session"]="<session code=¤0¤ appliName=¤IMGTvquest¤ time=¤3625396897¤/>";
+imgtInput["l01p01c02"]="Homo sapiens";
+imgtInput["l01p01c04"]="TR";
+imgtInput["l01p01c03"]="inline";
+imgtInput["l01p01c10"]="";
+imgtInput["l01p01c07"]="1. Details";
+imgtInput["l01p01c05"]="HTML";
+imgtInput["l01p01c09"]="60";
+imgtInput["l01p01c60"]="5";
+imgtInput["l01p01c12"]="Y";
+imgtInput["l01p01c13"]="Y";
+imgtInput["l01p01c06"]="Y";
+imgtInput["l01p01c24"]="N";
+imgtInput["l01p01c14"]="Y";
+imgtInput["l01p01c15"]="Y";
+imgtInput["l01p01c16"]="Y";
+imgtInput["l01p01c41"]="Y";
+imgtInput["l01p01c22"]="Y";
+imgtInput["l01p01c17"]="Y";
+imgtInput["l01p01c23"]="Y";
+imgtInput["l01p01c19"]="Y";
+imgtInput["l01p01c18"]="Y";
+imgtInput["l01p01c20"]="Y";
+imgtInput["l01p01c27"]="Y";
+imgtInput["l01p01c28"]="Y";
+imgtInput["l01p01c29"]="Y";
+imgtInput["l01p01c30"]="Y";
+imgtInput["l01p01c31"]="Y";
+imgtInput["l01p01c32"]="Y";
+imgtInput["l01p01c33"]="Y";
+imgtInput["l01p01c34"]="Y";
+imgtInput["l01p01c46"]="Y";
+imgtInput["l01p01c47"]="Y";
+imgtInput["l01p01c48"]="Y";
+imgtInput["l01p01c49"]="Y";
+imgtInput["l01p01c50"]="Y";
+imgtInput["l01p01c51"]="Y";
+imgtInput["l01p01c52"]="Y";
+imgtInput["l01p01c53"]="Y";
+imgtInput["l01p01c54"]="Y";
+imgtInput["l01p01c55"]="NO";
+imgtInput["l01p01c35"]="F+ORF+ in-frame P";
+imgtInput["l01p01c36"]="0";
+imgtInput["l01p01c40"]="0";
+imgtInput["l01p01c25"]="default";
+imgtInput["l01p01c37"]="default";
+imgtInput["l01p01c38"]="default";
+imgtInput["l01p01c39"]="default";
+imgtInput["l01p01c08"]="";
+imgtInput["l01p01c26"]="";
+imgtInput["l01p01c10"]=">a\nATGCGCAGATGC\n";
+
+//parametre igBlast par defaut
+var igBlastInput= {};
+igBlastInput["queryseq"]="GAAGGCCCCACAGCGTCTTCTGTACTATGACGTCTCCACCGCAAGGGATGTGTTGGAATCAGGACTCAGTCCAGGAAAGTATTATACTCATACACCCAGGAGGTGGAGCTGGATATTGAGACTGCAAAATCTAATTGAAAATGATTCTGGGGTCTATTACTGTGCCACCTTCTGACATAAGAAACCCTTTGGCAGTGGAACAACAC"
+igBlastInput["organism"]="human"
+igBlastInput["germline_db_V"]="IG_DB/imgt.TR.Homo_sapiens.V.f.orf.p";
+igBlastInput["germline_db_D"]="IG_DB/imgt.TR.Homo_sapiens.D.f.orf";
+igBlastInput["germline_db_J"]="IG_DB/imgt.TR.Homo_sapiens.J.f.orf.p";
+igBlastInput["program"]="blastn";
+igBlastInput["min_D_match"]=5;
+igBlastInput["D_penalty"]=-4;
+igBlastInput["num_alignments_V"]=3;
+igBlastInput["num_alignments_D"]=3;
+igBlastInput["num_alignments_J"]=3;
+igBlastInput["translation="]=true;
+igBlastInput["domain"]="imgt";
+igBlastInput["outfmt"]=3;
+igBlastInput["additional_db"]="";
+igBlastInput["v_focus"]=true;
+igBlastInput["num_alignments_additional"]=10;
+igBlastInput["evalue"]=1;
+igBlastInput["LINK_LOC"]="";
+igBlastInput["SEARCH_TYPE"]="TCR";
+igBlastInput["igsource"]="new";
+igBlastInput["analyze"]="on";
+igBlastInput["CMD"]="request";
+igBlastInput["seqtype"]="TCR";
+    
+
+
+function imgtPost(data, system) {
+  
+  imgtInput["l01p01c10"]=data;
+  if (system=="IGH"){
+      imgtInput["l01p01c04"]="IG";
+  }
+  if (system=="TRG"){
+      imgtInput["l01p01c04"]="TR";
+  }
+  var form = document.getElementById("form");
+  form.innerHTML="";
+  form.target = "_blank";
+  form.action = "http://www.imgt.org/IMGT_vquest/vquest";
+  form.method = "POST";
+
+  for (var k in imgtInput){ 
+  var input = document.createElement("input");
+    input.type = "hidden";
+    input.name = k;
+    input.value = imgtInput[k];
+    form.appendChild(input);
+  }
+
+  form.submit();
+
+}
+
+function igBlastPost(data,system){
+
+  igBlastInput["queryseq"]=data;
+  if (system=="IGH"){
+      igBlastInput["germline_db_V"]="IG_DB/imgt.Homo_sapiens.V.f.orf.p";
+      igBlastInput["germline_db_D"]="IG_DB/imgt.Homo_sapiens.D.f.orf";
+      igBlastInput["germline_db_J"]="IG_DB/imgt.Homo_sapiens.J.f.orf";
+  }
+  if (system=="TRG"){
+      igBlastInput["germline_db_V"]="IG_DB/imgt.TR.Homo_sapiens.V.f.orf.p";
+      igBlastInput["germline_db_D"]="IG_DB/imgt.TR.Homo_sapiens.D.f.orf";
+      igBlastInput["germline_db_J"]="IG_DB/imgt.TR.Homo_sapiens.J.f.orf.p";
+  }
+  
+  
+  var form = document.getElementById("form");
+  form.innerHTML="";
+  form.target = "_blank";
+  form.action = "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/igblast/igblast.cgi";
+  form.method = "POST";
+
+  for (var k in igBlastInput){ 
+  var input = document.createElement("input");
+    input.type = "hidden";
+    input.name = k;
+    input.value = igBlastInput[k];
+    form.appendChild(input);
+  }
+
+  form.submit();
+      
+}
+
+

browser/js/lib/file.js

+/* FileSaver.js
+ * A saveAs() FileSaver implementation.
+ * 2013-01-23
+ * 
+ * By Eli Grey, http://eligrey.com
+ * License: X11/MIT
+ *   See LICENSE.md
+ */
+
+/*global self */
+/*jslint bitwise: true, regexp: true, confusion: true, es5: true, vars: true, white: true,
+  plusplus: true */
+
+/*! @source http://purl.eligrey.com/github/FileSaver.js/blob/master/FileSaver.js */
+
+var saveAs = saveAs
+  || (navigator.msSaveBlob && navigator.msSaveBlob.bind(navigator))
+  || (function(view) {
+	"use strict";
+	var
+		  doc = view.document
+		  // only get URL when necessary in case BlobBuilder.js hasn't overridden it yet
+		, get_URL = function() {
+			return view.URL || view.webkitURL || view;
+		}
+		, URL = view.URL || view.webkitURL || view
+		, save_link = doc.createElementNS("http://www.w3.org/1999/xhtml", "a")
+		, can_use_save_link = "download" in save_link
+		, click = function(node) {
+			var event = doc.createEvent("MouseEvents");
+			event.initMouseEvent(
+				"click", true, false, view, 0, 0, 0, 0, 0
+				, false, false, false, false, 0, null
+			);
+			node.dispatchEvent(event);
+		}
+		, webkit_req_fs = view.webkitRequestFileSystem
+		, req_fs = view.requestFileSystem || webkit_req_fs || view.mozRequestFileSystem
+		, throw_outside = function (ex) {
+			(view.setImmediate || view.setTimeout)(function() {
+				throw ex;
+			}, 0);
+		}
+		, force_saveable_type = "application/octet-stream"
+		, fs_min_size = 0
+		, deletion_queue = []
+		, process_deletion_queue = function() {
+			var i = deletion_queue.length;
+			while (i--) {
+				var file = deletion_queue[i];
+				if (typeof file === "string") { // file is an object URL
+					URL.revokeObjectURL(file);
+				} else { // file is a File
+					file.remove();
+				}
+			}
+			deletion_queue.length = 0; // clear queue
+		}
+		, dispatch = function(filesaver, event_types, event) {
+			event_types = [].concat(event_types);
+			var i = event_types.length;
+			while (i--) {
+				var listener = filesaver["on" + event_types[i]];
+				if (typeof listener === "function") {
+					try {
+						listener.call(filesaver, event || filesaver);
+					} catch (ex) {
+						throw_outside(ex);
+					}
+				}
+			}
+		}
+		, FileSaver = function(blob, name) {
+			// First try a.download, then web filesystem, then object URLs
+			var
+				  filesaver = this
+				, type = blob.type
+				, blob_changed = false
+				, object_url
+				, target_view
+				, get_object_url = function() {
+					var object_url = get_URL().createObjectURL(blob);
+					deletion_queue.push(object_url);
+					return object_url;
+				}
+				, dispatch_all = function() {
+					dispatch(filesaver, "writestart progress write writeend".split(" "));
+				}
+				// on any filesys errors revert to saving with object URLs
+				, fs_error = function() {
+					// don't create more object URLs than needed
+					if (blob_changed || !object_url) {
+						object_url = get_object_url(blob);
+					}
+					if (target_view) {
+						target_view.location.href = object_url;
+					}
+					filesaver.readyState = filesaver.DONE;
+					dispatch_all();
+				}
+				, abortable = function(func) {
+					return function() {
+						if (filesaver.readyState !== filesaver.DONE) {
+							return func.apply(this, arguments);
+						}
+					};
+				}
+				, create_if_not_found = {create: true, exclusive: false}
+				, slice
+			;
+			filesaver.readyState = filesaver.INIT;
+			if (!name) {
+				name = "download";
+			}
+			if (can_use_save_link) {
+				object_url = get_object_url(blob);
+				save_link.href = object_url;
+				save_link.download = name;
+				click(save_link);
+				filesaver.readyState = filesaver.DONE;