Attention une mise à jour du service Gitlab va être effectuée le mardi 14 décembre entre 13h30 et 14h00. Cette mise à jour va générer une interruption du service dont nous ne maîtrisons pas complètement la durée mais qui ne devrait pas excéder quelques minutes.

Commit 89f07621 authored by Mathieu Giraud's avatar Mathieu Giraud
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vidjil.cpp: default value for multigermline path/file

parent a519cbc4
......@@ -63,6 +63,7 @@
//$$ #define (mainly default options)
#define DEFAULT_MULTIGERMLINE "germline"
#define DEFAULT_GERMLINE_SYSTEM "IGH"
#define DEFAULT_V_REP "./germline/IGHV.fa"
#define DEFAULT_D_REP "./germline/IGHD.fa"
......@@ -279,7 +280,7 @@ int main (int argc, char **argv)
bool output_segmented = false;
bool output_unsegmented = false;
bool multi_germline = false;
string multi_germline_file = "";
string multi_germline_file = DEFAULT_MULTIGERMLINE;
string forced_edges = "" ;
......
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