Attention une mise à jour du service Gitlab va être effectuée le mardi 30 novembre entre 17h30 et 18h00. Cette mise à jour va générer une interruption du service dont nous ne maîtrisons pas complètement la durée mais qui ne devrait pas excéder quelques minutes. Cette mise à jour intermédiaire en version 14.0.12 nous permettra de rapidement pouvoir mettre à votre disposition une version plus récente.

Commit 87b9f759 authored by Ryan Herbert's avatar Ryan Herbert
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sample_set.py add getResultsStats

get information from results_file that doesn't seem to be in fused_file,
such as dsitribution info
parent 0c0bb11d
......@@ -725,7 +725,25 @@ def getFusedStats(file_name, res, dest):
#dest['bool'] = False
#dest['bool_true'] = True
dest['loci'] = [x for x in data['reads']['germline'] if data['reads']['germline'][x][result_index] > 0]
dest['distribution'] = sorted([(x[0], 100.0*x[1][result_index]/reads) for x in data['reads']['distribution'].items()], key=operator.itemgetter(0))
return dest
def getResultsStats(file_name, dest):
import ijson.backends.yajl2_cffi as ijson
log.debug("getResultsStats()")
file_path = "%s%s" % (defs.DIR_RESULTS, file_name)
log.debug("file_path: %s" % file_path)
distributions = []
with open(file_path, 'rb') as results:
i = "1"
while True:
results.seek(0, 0)
tmp = [d for d in ijson.items(results, "reads-distribution-%s.item" % i)]
if len(tmp) == 0:
break
else:
distributions.append((i, tmp[0]))
i += "0"
dest['distribution'] = distributions
return dest
def getStatData(results_file_ids):
......@@ -790,6 +808,7 @@ def getStatData(results_file_ids):
set_type = res['sample_type']
headers = getStatHeaders()
d = getFusedStats(res['fused_file'], res, d)
d = getResultsStats(res['data_file'], d)
for head, htype, model in headers:
if htype == 'db':
d[head] = res[head]
......
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