Attention une mise à jour du service Gitlab va être effectuée le mardi 30 novembre entre 17h30 et 18h00. Cette mise à jour va générer une interruption du service dont nous ne maîtrisons pas complètement la durée mais qui ne devrait pas excéder quelques minutes. Cette mise à jour intermédiaire en version 14.0.12 nous permettra de rapidement pouvoir mettre à votre disposition une version plus récente.

Commit 6c0b5e02 authored by Mathieu Giraud's avatar Mathieu Giraud
Browse files

core/representative.{h,cpp}: adds 'coverage' attribute

We store here the length ratio computed in 34fbcbd5.
parent a6edb097
......@@ -9,7 +9,7 @@ using namespace std;
RepresentativeComputer::RepresentativeComputer(list<Sequence> &r)
:sequences(r),is_computed(false),representative(),min_cover(1),
percent_cover(0.5),revcomp(true),required("") {
percent_cover(0.5),revcomp(true),required(""),coverage("") {
}
Sequence RepresentativeComputer::getRepresentative() const{
......@@ -54,6 +54,10 @@ string KmerRepresentativeComputer::getSeed() const{
return seed;
}
string KmerRepresentativeComputer::getCoverage() const{
return coverage;
}
void KmerRepresentativeComputer::setStabilityLimit(int limit) {
stability_limit = limit;
}
......@@ -151,8 +155,11 @@ void KmerRepresentativeComputer::compute() {
int length = stats_length.getAverage();
float ratio = length_longest_run / length;
representative.label += " - " + string_of_int(length_longest_run) + " bp"
coverage = string_of_int(length_longest_run) + " bp"
+ " (" + string_of_int(100 * ratio) + "% of " + string_of_int(length) + " bp)";
representative.label += " - " + coverage ;
}
delete index;
}
......@@ -22,6 +22,7 @@ protected:
float percent_cover;
bool revcomp;
string required;
string coverage;
public:
RepresentativeComputer(list<Sequence> &r);
......@@ -96,6 +97,7 @@ public:
// Getters, setters
string getSeed() const;
string getCoverage() const;
/**
* @param limit: maximal number of iterations to be performed before reaching
......
Markdown is supported
0% or .
You are about to add 0 people to the discussion. Proceed with caution.
Finish editing this message first!
Please register or to comment