Attention une mise à jour du service Gitlab va être effectuée le mardi 30 novembre entre 17h30 et 18h00. Cette mise à jour va générer une interruption du service dont nous ne maîtrisons pas complètement la durée mais qui ne devrait pas excéder quelques minutes. Cette mise à jour intermédiaire en version 14.0.12 nous permettra de rapidement pouvoir mettre à votre disposition une version plus récente.

Commit 68a45abf authored by Marc Duez's avatar Marc Duez
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scatterplot.js : debug use correct path to model

parent 58a2d8ea
......@@ -786,81 +786,81 @@ ScatterPlot.prototype = {
//split clones into bar (axisX)
switch (this.splitX) {
case "allele_v" :
this.makeBarTab(function(cloneID){return m.clone(cloneID).getV()}, Object.keys(m.germlineV.allele))
this.makeBarTab(function(cloneID){return self.self.m.clone(cloneID).getV()}, Object.keys(self.m.germlineV.allele))
break;
case "gene_v" :
this.makeBarTab(function(cloneID){return m.clone(cloneID).getV(false)}, Object.keys(m.germlineV.gene))
this.makeBarTab(function(cloneID){return self.m.clone(cloneID).getV(false)}, Object.keys(self.m.germlineV.gene))
break;
case "allele_j" :
this.makeBarTab(function(cloneID){return m.clone(cloneID).getJ()}, Object.keys(m.germlineJ.allele))
this.makeBarTab(function(cloneID){return self.m.clone(cloneID).getJ()}, Object.keys(self.m.germlineJ.allele))
break;
case "gene_j" :
this.makeBarTab(function(cloneID){return m.clone(cloneID).getJ(false)}, Object.keys(m.germlineJ.gene))
this.makeBarTab(function(cloneID){return self.m.clone(cloneID).getJ(false)}, Object.keys(self.m.germlineJ.gene))
break;
case "Size" :
//this.makeBarTab(function(cloneID){return m.clone(cloneID).getSize()})
//this.makeBarTab(function(cloneID){return self.m.clone(cloneID).getSize()})
break;
case "sequenceLength" :
this.makeBarTab(function(cloneID) {
var value = m.clone(cloneID).getSequenceLength()
var value = self.m.clone(cloneID).getSequenceLength()
if (typeof value != "undefined" && value != 0) return value;
return undefined;
})
break;
case "GCContent" :
this.makeBarTab(function(cloneID) {
var value = m.clone(cloneID).getGCContent()
var value = self.m.clone(cloneID).getGCContent()
if (typeof value != "undefined" && value != 0) return value;
return undefined;
})
break;
case "n" :
this.makeBarTab(function(cloneID) {
var value = m.clone(cloneID).getNlength()
var value = self.m.clone(cloneID).getNlength()
if (typeof value != "undefined" && value != 0) return value;
return undefined;
})
break;
case "lengthCDR3" :
this.makeBarTab(function(cloneID) {
if (typeof m.clone(cloneID).seg != "undefined" && typeof m.clone(cloneID).seg["cdr3"] != "undefined")
return m.clone(cloneID).seg["cdr3"].length
if (typeof self.m.clone(cloneID).seg != "undefined" && typeof self.m.clone(cloneID).seg["cdr3"] != "undefined")
return self.m.clone(cloneID).seg["cdr3"].length
return undefined;
})
break;
}
//sort each bar (axisY)
this.sortBarTab(function(a){return m.clone(a).getJ()});
this.sortBarTab(function(a){return self.m.clone(a).getJ()});
switch (this.splitY) {
case "allele_v" :
this.sortBarTab(function(cloneID){return m.clone(cloneID).getV()});
this.sortBarTab(function(cloneID){return self.m.clone(cloneID).getV()});
break;
case "gene_v" :
this.sortBarTab(function(cloneID){return m.clone(cloneID).getV(false)});
this.sortBarTab(function(cloneID){return self.m.clone(cloneID).getV(false)});
break;
case "allele_j" :
this.sortBarTab(function(cloneID){return m.clone(cloneID).getJ()});
this.sortBarTab(function(cloneID){return self.m.clone(cloneID).getJ()});
break;
case "gene_j" :
this.sortBarTab(function(cloneID){return m.clone(cloneID).getJ(false)});
this.sortBarTab(function(cloneID){return self.m.clone(cloneID).getJ(false)});
break;
case "Size" :
this.sortBarTab(function(cloneID){return m.clone(cloneID).getSize()});
this.sortBarTab(function(cloneID){return self.m.clone(cloneID).getSize()});
break;
case "sequenceLength" :
this.sortBarTab(function(cloneID) {return m.clone(cloneID).getSequenceLength()})
this.sortBarTab(function(cloneID) {return self.m.clone(cloneID).getSequenceLength()})
break;
case "GCContent" :
this.sortBarTab(function(cloneID) {return m.clone(cloneID).getGCContent()})
this.sortBarTab(function(cloneID) {return self.m.clone(cloneID).getGCContent()})
break;
case "n" :
this.sortBarTab(function(cloneID) {return m.clone(cloneID).getNlength()})
this.sortBarTab(function(cloneID) {return self.m.clone(cloneID).getNlength()})
break;
case "lengthCDR3" :
this.sortBarTab(function(cloneID) {
if (typeof m.clone(cloneID).seg != "undefined" && typeof m.clone(cloneID).seg["cdr3"] != "undefined")
return m.clone(cloneID).seg["cdr3"].length
if (typeof self.m.clone(cloneID).seg != "undefined" && typeof self.m.clone(cloneID).seg["cdr3"] != "undefined")
return self.m.clone(cloneID).seg["cdr3"].length
return undefined;
})
break;
......@@ -870,7 +870,6 @@ ScatterPlot.prototype = {
this.computeBarTab();
},
//tab = sp.makeBarTab(function(cloneID){v = m.clone(cloneID).getNlength(); if (v==0){return undefined}else{return v}})
makeBarTab: function (fct, values) {
var min, max;
this.barTab = [];
......
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