Attention une mise à jour du service Gitlab va être effectuée le mardi 18 janvier (et non lundi 17 comme annoncé précédemment) entre 18h00 et 18h30. Cette mise à jour va générer une interruption du service dont nous ne maîtrisons pas complètement la durée mais qui ne devrait pas excéder quelques minutes.

Commit 67dcebab authored by Mathieu Giraud's avatar Mathieu Giraud
Browse files

vidjil.cpp: CLI11, -z, with callback

parent c8ec8a82
......@@ -161,11 +161,11 @@ int usage(char *progname, bool advanced)
}
int atoi_NO_LIMIT(char *optarg)
int atoi_NO_LIMIT(const char *optarg)
{
return strcmp(NO_LIMIT, optarg) ? atoi(optarg) : NO_LIMIT_VALUE ;
}
double atof_NO_LIMIT(char *optarg)
double atof_NO_LIMIT(const char *optarg)
{
return strcmp(NO_LIMIT, optarg) ? atof(optarg) : NO_LIMIT_VALUE ;
}
......@@ -455,12 +455,15 @@ int main (int argc, char **argv)
group = "Limits to further analyze some clones";
app.add_option("-y", max_representatives,
"maximal number of clones computed with a consensus sequence ('" NO_LIMIT "': no limit)", true) -> group(group) -> transform(string_NO_LIMIT);
app.add_option("-z", max_clones, //
// [](CLI::results_t res) {
// max_clones = atoi_NO_LIMIT(optarg);
// if ((max_representatives < max_clones) && (max_representatives != NO_LIMIT_VALUE))
// max_representatives = max_clones ;
// }
app.add_option("-z",
[&max_clones, &max_representatives](CLI::results_t res) {
max_clones = atoi_NO_LIMIT(res[0].c_str());
if ((max_representatives < max_clones) && (max_representatives != NO_LIMIT_VALUE))
max_representatives = max_clones ;
return true;
// TODO: return false on bad input
},
"maximal number of clones to be analyzed with a full V(D)J designation ('" NO_LIMIT "': no limit, do not use)", true)-> group(group);
app.add_flag_function("-A", [&](size_t n) {
......
Markdown is supported
0% or .
You are about to add 0 people to the discussion. Proceed with caution.
Finish editing this message first!
Please register or to comment