Mise à jour terminée. Pour connaître les apports de la version 13.8.4 par rapport à notre ancienne version vous pouvez lire les "Release Notes" suivantes :
https://about.gitlab.com/releases/2021/02/11/security-release-gitlab-13-8-4-released/
https://about.gitlab.com/releases/2021/02/05/gitlab-13-8-3-released/

Commit 63703cdc authored by Mathieu Giraud's avatar Mathieu Giraud

tests: update and improve tests

parent 7309e252
......@@ -5,7 +5,7 @@ $ verbose (-v)
2:auditioned sequences
$ segmented.fa (-U)
2:>lcl.FLN1.* VJ .* seed IGH SEG_[+]
2:>lcl.FLN1.* VJ .* seed custom SEG_[+]
  • Pourquoi est-ce que cela devient custom et pourquoi cela ne reste pas IGH ? Quelles implications cela a pour le browser ? Il n'affichera plus IGH ?

  • Cela devrait effectivement être IGH, si on a utilisé -g (mais pas si on a utilisé -V / -J, au contraire de -G avant). À enquêter. +-working

    Edited by Mathieu Giraud
  • Mais dans ce commit c'est un -g qui était utilisé.

  • Dans un commit suivant, cca9742c, on utilise bien -V/-J pour ce test. Juste un rebase pas vraiment dans le bon ordre...

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$ unsegmented.fa (-u)
4:>lcl.FLN1.* UNSEG
......
!REQUIRES: python $VIDJIL_DIR/tools/check_python_version.py
!LAUNCH: $VIDJIL_DIR/vidjil $VIDJIL_DEFAULT_OPTIONS -3 -z 1 -V $VIDJIL_DIR/germline/homo-sapiens/IGHV.fa -J $VIDJIL_DIR/germline/homo-sapiens/IGHJ.fa -w 60 -r 5 -e 10 -b data $VIDJIL_DIR/data/Stanford_S22.fasta > /dev/null ; cat out/data.vidjil | python $VIDJIL_DIR/tools/format_json.py -1
!LAUNCH: $VIDJIL_DIR/vidjil $VIDJIL_DEFAULT_OPTIONS -3 -z 1 -g $VIDJIL_DIR/germline/homo-sapiens.g:IGH -w 60 -r 5 -e 10 -b data $VIDJIL_DIR/data/Stanford_S22.fasta > /dev/null ; cat out/data.vidjil | python $VIDJIL_DIR/tools/format_json.py -1
$ Custom germlines
1:"species": "custom germlines"
$ From homo-sapiens.g
1:"species": "Homo sapiens"
1:"species_taxon_id": 9606
$ Number of reads
e1:"total": [13153]
......
......@@ -2,5 +2,5 @@
!EXIT_CODE: 1
$ Error, incorrect *.g
1:error.* cannot properly read
1:error.* cannot open .g file
Markdown is supported
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