tests: update and improve tests

algo/tests/should-get-tests/stanford-debug.should-get

@@ -5,7 +5,7 @@ $ verbose (-v)
 2:auditioned sequences
 
 $ segmented.fa (-U)
-2:>lcl.FLN1.* VJ .* seed IGH SEG_[+]
+2:>lcl.FLN1.* VJ .* seed custom SEG_[+]
 
 $ unsegmented.fa (-u)
 4:>lcl.FLN1.* UNSEG

algo/tests/should-get-tests/stanford-json.should-get

 !REQUIRES: python $VIDJIL_DIR/tools/check_python_version.py
-!LAUNCH: $VIDJIL_DIR/vidjil $VIDJIL_DEFAULT_OPTIONS -3 -z 1 -V $VIDJIL_DIR/germline/homo-sapiens/IGHV.fa -J $VIDJIL_DIR/germline/homo-sapiens/IGHJ.fa  -w 60 -r 5 -e 10 -b data  $VIDJIL_DIR/data/Stanford_S22.fasta > /dev/null ; cat out/data.vidjil | python $VIDJIL_DIR/tools/format_json.py -1
+!LAUNCH: $VIDJIL_DIR/vidjil $VIDJIL_DEFAULT_OPTIONS -3 -z 1 -g $VIDJIL_DIR/germline/homo-sapiens.g:IGH -w 60 -r 5 -e 10 -b data  $VIDJIL_DIR/data/Stanford_S22.fasta > /dev/null ; cat out/data.vidjil | python $VIDJIL_DIR/tools/format_json.py -1
 
-$ Custom germlines
-1:"species": "custom germlines"
+$ From homo-sapiens.g
+1:"species": "Homo sapiens"
+1:"species_taxon_id": 9606
 
 $ Number of reads
 e1:"total": [13153]

algo/tests/should-get-tests/vidjil-error-incorrect-germlines.should-get

@@ -2,5 +2,5 @@
 !EXIT_CODE: 1
 
 $ Error, incorrect *.g
-1:error.* cannot properly read
+1:error.* cannot open .g file
 

[Mikaël Salson]

Pourquoi est-ce que cela devient custom et pourquoi cela ne reste pas IGH ? Quelles implications cela a pour le browser ? Il n'affichera plus IGH ?

[Mathieu Giraud]

Cela devrait effectivement être IGH, si on a utilisé -g (mais pas si on a utilisé -V / -J, au contraire de -G avant). À enquêter. +-working

[Mikaël Salson]

Mais dans ce commit c'est un -g qui était utilisé.

[Mathieu Giraud]

Dans un commit suivant, cca9742c, on utilise bien -V/-J pour ce test. Juste un rebase pas vraiment dans le bon ordre...