Attention une mise à jour du service Gitlab va être effectuée le mardi 30 novembre entre 17h30 et 18h00. Cette mise à jour va générer une interruption du service dont nous ne maîtrisons pas complètement la durée mais qui ne devrait pas excéder quelques minutes. Cette mise à jour intermédiaire en version 14.0.12 nous permettra de rapidement pouvoir mettre à votre disposition une version plus récente.

Commit 4fd9d2d1 authored by Mikaël Salson's avatar Mikaël Salson
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vidjil-to-fasta.py: Make sure we always have a sample_name

This is used in the cloneDB.cgi to ensure unicity in a same sample
parent 38cded99
...@@ -192,7 +192,9 @@ def write_fuse_to_fasta(data, outfile, used_names, current_filename, options, me ...@@ -192,7 +192,9 @@ def write_fuse_to_fasta(data, outfile, used_names, current_filename, options, me
additional_header_info.append('germline=%s'%clone.d['germline']) additional_header_info.append('germline=%s'%clone.d['germline'])
if len(options.sample_name) > 0: if len(options.sample_name) > 0:
sample_name = eval(options.sample_name) sample_name = eval(options.sample_name)
additional_header_info.append('sample_name=%s' % sample_name) else:
sample_name = current_filename
additional_header_info.append('sample_name=%s' % sample_name)
if len(metadata) > 0: if len(metadata) > 0:
additional_header_info.append(metadata.replace(' ', spacer)) additional_header_info.append(metadata.replace(' ', spacer))
......
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