Attention une mise à jour du service Gitlab va être effectuée le mardi 30 novembre entre 17h30 et 18h00. Cette mise à jour va générer une interruption du service dont nous ne maîtrisons pas complètement la durée mais qui ne devrait pas excéder quelques minutes. Cette mise à jour intermédiaire en version 14.0.12 nous permettra de rapidement pouvoir mettre à votre disposition une version plus récente.

Commit 38cded99 authored by Mikaël Salson's avatar Mikaël Salson
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scripts/create_clone_db.py: Get the sample_set ID not the sample_set_membership ID

parent dbad7ad2
......@@ -10,11 +10,11 @@ def create_clone_db_for_sequences(sequences, output_file):
vtf_metadata = []
vtf_result_files = []
for sequence in sequences:
sample_sets = db(db.sample_set_membership.sequence_file_id == sequence.id).select(db.sample_set_membership.id)
sample_sets = db(db.sample_set_membership.sequence_file_id == sequence.id).select(db.sample_set_membership.sample_set_id)
last_results = get_last_results(sequence.id)
for result in last_results:
if result.data_file is not None:
vtf_metadata.append('-d "'+' '.join(['sample_set='+str(s.id) for s in sample_sets])+' '+'config_id='+str(result.config_id)+'"')
vtf_metadata.append('-d "'+' '.join(['sample_set='+str(s.sample_set_id) for s in sample_sets])+' '+'config_id='+str(result.config_id)+'"')
vtf_result_files.append(defs.DIR_RESULTS+result.data_file)
command = 'python %s/vidjil-to-fasta.py %s -w -o %s %s ' % (vidjil_to_fasta_path, ' '.join(vtf_metadata), output_file, ' '.join(vtf_result_files))
......
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