Commit 3598f91c authored by flothoni's avatar flothoni

Add 2 new sequences for tests on issue #4267

parent 5c7b6c27
Pipeline #152851 failed with stages
in 30 minutes and 24 seconds
......@@ -4,3 +4,13 @@
TCTGTTCACAGGGGTCCTGTCCCAGGTGCAGCTGCAGGAGTCGGGCCCAGGACTGGTGAAGCCTTCGGAGACCCTGTCCCTCACCTGCACTGTCTCTGGTGGCTCCATCAGTAGTTACTACTGGAGCTGGATCCGGCAGCCCCCAGGGAAGGGACTGGAGTGGATTGGGTATATCTATTACAGTGGGAGCACCAACTACAACCCCTCCCTCAAGAGTCGAGTCACCATATCAGTAGACACGTCCAAGAACCAGTTCTCCCTGAAGCTGAGCTCTGTGACCGCTGCGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGA
TGGGGGTACGATTTTTGGAGTGGTTATCCCAGACC
CTGGTTCGACCCCTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCAGGTAAG
### Cases from Lille ###
# In this case, the second D found match on only 8nt (on 31)
# gtattatgatt TTTGGACT ggttattatacc
# the 3 last nt are identical to the J start, so we can consider that it is in fact only 5 nt long (with a strech of T ?)
>IGHV1-2*02 18//3 IGHD2-2*02 1/AATTTGG/3 IGHJ4*02 [IGH]
GGAGTCGGGGGCTGAGGTGAAGAAGCCTGGGGCCTCAGTGAAGGTCTCCTGCAAGGCTTCTGGATACACCTTCACCGGCTACTATATGCACTGGGTGCGACAGGCCCCTGGACAAGGGCTTGAGTGGATGGGATGGATCAACCCTAACAGTGGTGGCACAAACTATGCACAGAAGTTTCAGGGCAGGGTCACCATGACCAGGGACACGTCCATCAGCACAGCCTACATGGAGCTGAGCAGGCTGAGATCTGACGACACGGCCCTATATTGTAGTAGTACCAGCTGCTATACAATTTGGACTACTTTGACTACTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCAGGTAAG
# In this case, the D found (GGGGGAT, 7nt/13) have a strech of G(5x)and 2 other nt.
>TRDV1*01 2/GTAAAACGTGAGGGGGATC/0 TRDJ1*01 [TRD]
ATGCAAAAAGTGGTCGCTATTCTGTCAACTTCAAGAAAGCAGCGAAATCCGTCGCCTTAACCATTTCAGCCTTACAGCTAGAAGATTCAGCAAAGTACTTTTGTGCTCTTGGGGAAGTAAAACGTGAGGGGGATCACACCGATAAACTCATCTTTGGAAAAGGAACCCGTGTGACTGTGGAAC
  • mentioned in issue #4267

    Toggle commit list
  • Merci @flothoni pourrais-tu mettre les alignements (et si possible avec le 2è D trouvé par Vidjil-algo) ?

  • Aurélie: "GGGGG, habitué au DD3, probablement normal ici, c'est un cas où quand je vois cette séquence sur du V/J je vais vérifier la séquence". Elle va nous envoyer l'analyse manuelle un jour.

    Edited by Mathieu Giraud
  • Bon, où est-ce que je met finalement ces séquences ? D'après @Aurelie, il semble normal d'y voir les nouveaux D. Je ne vais donc pas les laisser dans le vdj.fa de cette issue. Je les ai donc mis dans le fichier 4267-sequences_with_new_D.should-vdj.fa.

    J'ai aussi renommé ce qui était attendu avec les nouvelles dénominations.

  • Tu peux effectivement faire une nouvelle MR, merci :)

  • En langage décodé, MR c’est quoi ??

  • MR c'est "merge request", un endroit où l'on met des propositions de modification de code (et des tests) et ou l'on discute dessus avant de les intégrer ("merger") ou pas.

    En fait, au début ces séquences étaient sur !721 et rejoignaient les séquences signalées par @Anne dans #4267. Mais, vu notre échange au téléphone, de ce matin, les exemples sont vraiment différents, c'est normal ici qu'on détecte on D, on sépare donc cela pour le mettre sur une nouvelle MR.

  • mentioned in commit ce134855

    Toggle commit list
  • J'ai fait un nouveau fichier dans une nouvelle MR. J'ai aussi fait un revert des 2 commits liés sur celle-ci.

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