Attention une mise à jour du service Gitlab va être effectuée le mardi 18 janvier (et non lundi 17 comme annoncé précédemment) entre 18h00 et 18h30. Cette mise à jour va générer une interruption du service dont nous ne maîtrisons pas complètement la durée mais qui ne devrait pas excéder quelques minutes.

Commit 31ea5d70 authored by Mathieu Giraud's avatar Mathieu Giraud
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imgt-to-vdj.py: extract Result() from IMGT_VQUEST_Result()

parent 8877bab6
......@@ -31,26 +31,32 @@ def parse_gene_and_allele_to_vdj(s):
return '(%s)' % ','.join(genes)
class IMGT_VQUEST_Result():
'''Stores a IMGT/V-QUEST result'''
class Result():
'''Stores a tabulated result'''
def __init__(self, l):
self.d = {}
if 'No result' in l:
self.result = False
return
self.result = True
self.result = self.parse(l)
for i, data in enumerate(l.split('\t')):
self.d[vquest_labels[i]] = data
self.d[self.labels[i]] = data
def __getitem__(self, key):
return self.d[key]
def __str__(self):
return str(self.d)
class IMGT_VQUEST_Result(Result):
'''Stores a IMGT/V-QUEST result'''
def parse(self, l):
self.labels = vquest_labels
return ('No result' not in l)
def to_vdj(self):
if not self.result:
......@@ -65,9 +71,6 @@ class IMGT_VQUEST_Result():
return s
def __str__(self):
return str(self.d)
def header_vquest_results(ff_fasta, ff_vquest):
f_fasta = open(ff_fasta).__iter__()
......
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