Attention une mise à jour du service Gitlab va être effectuée le mardi 30 novembre entre 17h30 et 18h00. Cette mise à jour va générer une interruption du service dont nous ne maîtrisons pas complètement la durée mais qui ne devrait pas excéder quelques minutes. Cette mise à jour intermédiaire en version 14.0.12 nous permettra de rapidement pouvoir mettre à votre disposition une version plus récente.

Commit 107407b2 authored by Mikaël Salson's avatar Mikaël Salson
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vidjil.cpp: Define option to use random sample for representative computation

parent a6383d82
......@@ -453,6 +453,14 @@ int main (int argc, char **argv)
"maximal number of reads to process ('" NO_LIMIT "': no limit, default), sampled reads")
-> group(group) -> transform(string_NO_LIMIT);
VirtualReadScore &readScorer = DEFAULT_READ_SCORE;
RandomScore randomScore;
app.add_flag_function("--consensus-on-random-sample",
[&readScorer, &randomScore](size_t n) {
UNUSED(n);
readScorer = randomScore;
}, "For large clones, a random sample of reads is used to compute the consensus sequence instead of a sample of the longest and highest quality reads")
->group(group);
// ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
group = "Clone analysis (second pass)";
......
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