Attention une mise à jour du service Gitlab va être effectuée le mardi 30 novembre entre 17h30 et 18h00. Cette mise à jour va générer une interruption du service dont nous ne maîtrisons pas complètement la durée mais qui ne devrait pas excéder quelques minutes. Cette mise à jour intermédiaire en version 14.0.12 nous permettra de rapidement pouvoir mettre à votre disposition une version plus récente.

Commit 0a45d5f3 authored by Thonier Florian's avatar Thonier Florian
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task.py; be robust against null list of clones in vidjil files

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parent c4d9e074
Pipeline #44215 failed with stages
in 18 seconds
......@@ -39,6 +39,11 @@ def compute_contamination(sequence_file_id, results_file_id, config_id):
#open sample
with open(defs.DIR_RESULTS+db.results_file[results_file_id[i]].data_file, "r") as json_data:
d = json.load(json_data)
# Be robust against 'null' values for clones
if not d["clones"]:
d["clones"] = []
list1 = {}
total_reads1=d["reads"]["segmented"][0]
for clone in d["clones"]:
......@@ -75,6 +80,10 @@ def compute_contamination(sequence_file_id, results_file_id, config_id):
with open(defs.DIR_RESULTS+row.results_file.data_file, "r") as json_data2:
try:
d = json.load(json_data2)
# Be robust against 'null' values for clones
if not d["clones"]:
d["clones"] = []
total_reads2=d["reads"]["segmented"][0]
for clone in d["clones"]:
if clone["id"] in list1 :
......@@ -108,6 +117,10 @@ def compute_extra(id_file, id_config, min_threshold):
result[locus] = [0]
loci_min[locus] = loci_totals[locus][0] * (min_threshold/100.0)
# Be robust against 'null' values for clones
if not d["clones"]:
d["clones"] = []
for clone in d["clones"]:
germline = clone['germline']
if clone['reads'][0] >= loci_min[germline]:
......
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