diff --git a/doc/source/examples.rst b/doc/source/examples.rst index f6817e9379ef2b20896a450255a8f13de2a88676..e84acfbc218e8a6cf6abeaedf64e16a11e638e7d 100644 --- a/doc/source/examples.rst +++ b/doc/source/examples.rst @@ -279,7 +279,7 @@ What is in the model? En effet, Cadbiom utilise des identifiants internes pour garantir l'unicité des biomolécules dans ses modèles. Un mapping des identifiants Cadbiom avec les identifiants standards des bases de données (telles que - Uniprot, HUGO, etc.) est alors nécessaire pour permettre à l'utilisateur de forger ses propres requêtes d'intérêt + Uniprot, HUGO, HGNC, etc.) est alors nécessaire pour permettre à l'utilisateur de forger ses propres requêtes d'intérêt (pour plus d'informations sur la recherche de molécules, voir le chapitre suivant: `Search for molecules of interest <./examples.html#search-for-molecules-of-interest>`_). Cette étape de mapping souvent fastidieuse est facilitée par le module décrit ci-dessous: @@ -364,10 +364,10 @@ because it centralizes in a standardized manner most of the information about Bi :Simplified example of CSV file (Download link\: :download:`all_entities.csv <_static/demo_files/all_entities.csv>`): .. csv-table:: - :header: cadbiomName, names, uri, entityType, entityRef, uniprot knowledgebase, chebi, hgnc symbol + :header: cadbiomName , names , uri , entityType , location , uniprot knowledgebase , chebi - VCAM1_integral_to_membrane, VCAM1, Protein_1480a71b5fcb5ed92442219cdf2c803d, Protein, integral to membrane, P19320,,VCAM1 - ATP, ATP, SmallMolecule_bccee74407d2f7a76e0e86b318622e2b, SmallMolecule,,, CHEBI:15422|CHEBI:22249 + VCAM1_integral_to_membrane , VCAM1 , Protein_xxx , Protein , integral to membrane , P19320 , + ATP , ATP , SmallMolecule_xxx , SmallMolecule , , , CHEBI:15422|CHEBI:22249 Such a file can be used to easily identify the entities of the model that we would like to remove in a future translation (Example: energy metabolism molecules such as ATP).