- cleaned up cli option declaration

src/fr/inrialpes/exmo/align/cli/CommonCLI.java

src/fr/inrialpes/exmo/align/cli/ExtGroupEval.java

src/fr/inrialpes/exmo/align/cli/GenPlot.java

src/fr/inrialpes/exmo/align/cli/GroupAggreg.java

src/fr/inrialpes/exmo/align/cli/GroupAlign.java

src/fr/inrialpes/exmo/align/cli/GroupEval.java

src/fr/inrialpes/exmo/align/cli/GroupOutput.java

src/fr/inrialpes/exmo/align/cli/ParserPrinter.java

src/fr/inrialpes/exmo/align/cli/Procalign.java

src/fr/inrialpes/exmo/align/cli/TestGen.java

src/fr/inrialpes/exmo/align/cli/TransformQuery.java

src/fr/inrialpes/exmo/align/cli/WGroupEval.java