change nucleotide at derived position: combersome ?
https://gitlab.inria.fr/ml_genetics/private/robustness_pipeline/blob/master/npz_to_fasta.py#L39-41
c'est qqchose que vous aviez fait avec Agnes qui me parait compliqué et potentiellement peu efficace ? pourquoi sauver toutes les choses à changer dans un dictionnaire (fonction searchSNP) puis faire les changements un à un? je verrais plutot un truc du genre
def apply_mutations(pos, nuc, aln, snp_col, comp):
derived = random draw from comp[nuc]
aln[snp_col==1, pos] = derived # assignation avec mask plus efficace qu'une boucle
define comp dictionnary
[apply_mutations(pos, seq[pos], aln_anc, simu[:,col], comp) for col,pos in enumerate(pos_simu)] # où pos_simu serait le vecteur des positions variantes conservé du read_ms() (présentement ce vecteur est overwritten)
a priori le changement est bien répercuté hors de la fonction et ca me semble plus straigtforward