diff --git a/Changes b/Changes index 9047d2592691e12aa3c7b6db34de69d8168ff3ee..0e72d1771dbe38899f02e2916c1c9f79a5f60571 100644 --- a/Changes +++ b/Changes @@ -1,9 +1,177 @@ -Revision history for Perl extension Alphy::Utils. +Revision history for Altree Perl program -0.9.2 Tue Aug 2 19:19:05 2005 - - New name : ALTree instead of ALPhy +Version v1.3.0 +============== -0.01 Sun Jun 5 19:04:07 2005 - - original version; created by h2xs 1.23 with options - -AX -n Alphy::Utils +Vincent Danjean (37): + Merge RepeatAssociationQuali and RepeatAssociationQuanti + Merge CleanCaseControl, CleanChi2 and CleanQuanti into CleanStats + Add gitignore for build files + Compute tree representation for efficient stat computation + Fix depth computation + Refactor code + Cleanup C headers + Cleanup headers + Cleanup name in XS functions + ClassicalChi2 as a C function with validation checks + Remove perl version of ClassicalChi2 + Cleanup and comments in CUtils, add debugging facilities + move ALTree/Chi2.pm function into CUtils + Rewrite CalculChi2 in C + Rewrite Chi2 resampling in C + Use Chi2 resampling accelerator... + Run altree in tree for an example + cleanup Manifest + Fix "Use Chi2 resampling accelerator..." + memory managed outside inner functions + Parallel execution of Chi2 resampling + Fix some compilation warnings and protect debugging code + Do not compile with debug code by default + Fix link so that all functions are found, even if TamuAnova is not loaded + Get the R code source of the hypergeometric distribution + Add missing MT-aware random functions + Use internal mt19937ar_t per thread structure + Use the hypergeometric distribution + If ALTREE_PARALLEL is set to -1, all available CPU are used + Increase compiler warning level + Optimize rhyper.c for our use case + Remove dependencies on PDL and PDL::GSL::CDF + Cleanup version handling + Update make-release for git + Fix typo in function name + Fix linkage for CUtils + Bump version, new release + +Version v1.2.1 +============== + +Vincent Danjean (5): + Update external perl modules + Bump version + Move to_rewrite.pm into ALTree namespace + Update MANIFEST + Ignore generated files in SVN + +Version v1.2 +============== + +Vincent Danjean (2): + pour release 1.2 + Pour release avec fix bug + +Version v1.1.1 +============== + +Vincent Danjean (3): + changement adresse e-mail + MacOSX does not handle files with different case For example, altree and ALTree can not be both existing Now, altree is moved into progs/ + +Version v1.1.0 +============== + +Claire Bardel (6): + ajout de la fonctionalité: éliminer les haplotypes présents en moins de xxx examplaires + commit avant la release de la 1.1.0 + re-commit pré-release + la dernière? + la vraie dernière? + correction meta-données (email, license) + +Vincent Danjean (32): + check for .tar.gz before trying to create it + Stop with an error when input file contains no tree + prolongation -> no-prologation, à vérifier... + ajout de FillQuanti (pas finie) et modif de ReadCorrespondQuanti + doc + verification que j'ai bien commité tout + debuggage avec Vince + bug tableaux + fin de FillQuanti, ça marche + modif de la doc pour rapporteurs + parcoursQuanti et CalculAnova modifiées mais pas finies (non testées) + pb avec l'appel de tamuanova + bash completion + correction bash_completion + modif dans la lecture de l'arbre + suite adaptation en quanti: affichage marche, pas la permutation + Youhou! Ca tourne en quanto anova 1 facteur + Qualitatif: correction bugs, déplacement de code et suite du développement + ajout du quantitatif pour phase/paup dans altree-convert + ajout quanti dans altree-add-S + récupération de la distrib de pmin + un reste de cvs + Ajout de la possibilité de traiter plusieurs fichiers conjointement + ajout de nanova.pm + Correction de FillHeight Calcul de la matrice d'un arbre + correction de bug de la localisation du fait de la modif 9 fichiers + correction bug sur all_file foret, calcul des Vi pour tous fichiers + +Version v1.0.1 +============== + +Vincent Danjean (9): + make-release to create a release + Correct make-release for META.yml + Check for already existing version earlier + modification du numero de version dans le MAKEFILE.PL + +Version v1.0.0 +============== + +Vincent Danjean (77): + résolution du pb des _ dans les noms, plus de flexibilité dans les noms + On garde root + selection des arbres + selection des arbres (correction bugs) + paup exemples + phylip/paml exemples + bug mineur + debut reorg + run_altree + lecture refaite + restructuration Input + no CI + altree un peu mieux + option output-file + options + correction version + paup ignore le root supplémentaire inutile (comme phylip) + Deletetion of old Documentation/example_files/ Version 1.0.0 + Release 1.0.0 + +Version v0.9.2 +============== + +Vincent Danjean (34): + Amélioration README Alphy tourne en localisation + Renommage chi2.pm en Alphy::Chi2.pm + change warn for warning + orrection du chemin e la bib cutils lgne 1880 + modification in alphy-add-S + Addition of example files for case control data + prog avec pb ligne 570 + plein de modifs partout pour adapter à phylip + modifs dans alphy-add-S: il prend les nb cas/controle dans correspond.txt maintenant + modifs dans alphy-add-S: opt-s est devenu opt-e + doc + version + fix tests + version + man alphy-add-S + début de man pour alphy-add-S et alphy-convert + file to ignore + modif du manuel + version 0d + Switching Alphy to ALTree + +Version v0.01 +============== + +Vincent Danjean (8): + original version; created by h2xs 1.23 with options -AX -n Alphy::Utils + initial import + ajout du .bib + +cvs2svn (1): + New repository initialized by cvs2svn. diff --git a/MANIFEST b/MANIFEST index d4d8496a046aa66ac0bf7956e67fafc564a5b6c7..4114f3bd8d83fd1c8a7fe349eaa8d5f3e4b1fa82 100644 --- a/MANIFEST +++ b/MANIFEST @@ -1,3 +1,4 @@ +.gitignore ALTree/Base.pm ALTree/Chi2.pm ALTree/Foret.pm @@ -20,11 +21,23 @@ bash_completion Changes CUtils/c_sources/chisq.c CUtils/c_sources/chisq.h +CUtils/c_sources/datatype.h +CUtils/c_sources/debug.h CUtils/c_sources/double_permutation.c CUtils/c_sources/double_permutation.h CUtils/c_sources/fisher.c CUtils/c_sources/fisher.h CUtils/c_sources/Makefile.PL +CUtils/c_sources/mt19937ar.c +CUtils/c_sources/mt19937ar.h +CUtils/c_sources/myrand.c +CUtils/c_sources/myrand.h +CUtils/c_sources/resampling.c +CUtils/c_sources/resampling.h +CUtils/c_sources/rhyper.c +CUtils/c_sources/rhyper.h +CUtils/c_sources/stats.c +CUtils/c_sources/stats.h CUtils/c_sources/z.c CUtils/c_sources/z.h CUtils/const-c.inc @@ -54,7 +67,6 @@ Documentation/manual.tex Documentation/stage.bib Makefile.PL MANIFEST This list of files -META.yml progs/altree progs/altree-add-S progs/altree-convert diff --git a/progs/altree b/progs/altree index 2ef1b54834e618e66e318f51e98f1835a19bfd16..e1053306c28761dddd7431399f985c24800a0efd 100755 --- a/progs/altree +++ b/progs/altree @@ -10,7 +10,7 @@ use Data::Dumper; srand(654321); -use version; our $VERSION = qv(1.2.1); +use version; our $VERSION = qv(1.3.0); # Positionner la variable PERL5LIB si besoin